即取即用的 AI-Ready 医疗数据集库

面向 ASCO/CAP HER2 分级的 Dual-ISH 乳腺癌单核（singular nuclei）分割数据集——39 张 1600×1200 图块、1856 个 inclusive 与 1284 个 exclusive 单核、三位专家独立标注，配二值/多色/NB 三类掩码与 GitHub 代码，CC BY 4.0 公开直链

Dual-ISH（双色原位杂交）染色的乳腺癌组织切片数字图像：Carl Zeiss AxioImager Z2 扫描、20× 放大（NA 0.80）、0.325 μm/pixel，39 张 1600×1200 像素 RGB 图块，含三专家独立勾边的单核 JSON 坐标、二值/多色/核边界三类掩码、逐图核形态学 CSV（area/perimeter/solidity/circularity） 34

CT医学图像分割图像分类肿瘤学评测基准

RCC-AID — TCGA 肾细胞癌 CT 体素级分割标注开源数据集

人工标注影像数据原始数据129 例 CT / 91 患者（v2.0.0；85 clear cell + 26 papillary + 18 chromophobe；v1.0.0 旧口径为 142 CT / 101 患者）

为 TCGA 三大肾癌队列（KIRC/KIRP/KICH）补齐公开病灶标注的 CT 分割数据集——自动分割初标+学生质检+放射科医师复核，Zenodo CC BY-4.0 直链开源，v2.0.0 修复静默转换失败后保留 129 例 91 患者

TCGA-RCC 三队列（TCGA-KIRC 透明细胞 / TCGA-KIRP 乳头状 / TCGA-KICH 嫌色细胞）经 TCIA 提供的增强 CT（DICOM 转换 NIfTI），配体素级分割掩码（0 背景 / 1 肾脏 / 2 肿瘤 / 3 囊肿）+ 病例级 metadata.csv + TCIA manifest 42

电子健康记录重症监护时序数据评测基准真实世界数据

Clinical Time Series Datasets for Trajectory Flow Matching Evaluation: ICU Sepsis, ICU Cardiac Arrest, and ICU GIB Cohorts — TFM 论文配套 ICU 血流动力学轨迹评测三队列

派生队列时序数据表格数据凭证访问三队列合计 70,553 名成人 ICU 患者：ICU Sepsis 3,362（2,689/336/337）+ ICU Cardiac Arrest 64,589（51,671/6,459/6,45

PhysioNet 凭证访问资源 v1.0.0——由 eICU CRD v2.0 与 MIMIC-III v1.4 派生的三组不规则采样 ICU 血流动力学轨迹队列（入监护室前 24 小时心率-血压完整配对），NeurIPS 2024 Spotlight 论文 TFM 官方评测集，0.8/0.1/0.1 固定划分，代码 MIT 开源

eICU Collaborative Research Database v2.0（ICU Sepsis、ICU Cardiac Arrest）与 MIMIC-III v1.4（ICU GIB）派生：入 ICU 前 24 小时心率-血压完整配对轨迹（z-score 标准化、时间轴归一化 [0,1]）+ 静态/动态条件变量（APACHE-IV 概率、去甲肾上腺素输注、CART 变量、血管活性药与血制品使用）+ ICU_MORT/HOSP_MORT 结局标签，三个 CSV 文件发放 39

医学影像CTMRI医学图像分割挑战赛数据集

MedSAM2 Annotated Datasets — 3D 医学图像与视频分割基础模型 MedSAM2 配套发布的多件套标注数据

人工标注影像数据衍生数据图像源患者合计口径：DeepLesion 4,427 患者（重标注 5,000 病灶）；LLD-MMRI-2025 498 患者（3,984 病灶）；RVENet 831 患者（3,583 段视频、标

多伦多大学 bowang-lab 团队以 SAM2.1 微调的 MedSAM2 在人机协同标注中产出的新标注数据整合——CT_DeepLesion-MedSAM2 5,000 病灶 3D 掩码、LLD-MMRI-MedSAM2 3,984 肝病灶×8 序列、RVENet-MedSAM2 251,550 超声帧、LUNA25-MedSAM2 肺结节四件套 HuggingFace 公开

MedSAM2 人机协同标注流水线产出的 3D 病灶掩码与视频帧掩码，图像源为 DeepLesion CT、LLD-MMRI-2025 多序列肝 MRI、RVENet 超声心动视频与 LUNA25 CT——逐件发布物清单见正文 §2 与附录 35

医学问答与基准医学问答医学考试评测基准

XMedBench

评测数据翻译数据JSON格式21,326 道四选项多选题（无患者维度）：英语 7,327 / 中文 8,759 / 法语 321 / 西班牙语 2,742 / 阿拉伯语 1,088 / 印地语 1,089（六语言文件逐一实测）

FreedomIntelligence 出品的 21,326 题六语言医疗多选题评测基准——英语/中文/法语/西班牙语/阿拉伯语/印地语统一 MCQA 格式，Apollo 论文（arXiv:2403.03640）三件套之一，Apache-2.0 于 HuggingFace 公开

上游考题汇编与翻译：英（MedQA-USMLE 4-options + MedMCQA + MMLU 医学 6 子类）、中（MedQA-MCMLE + CMMLU 医学 7 子目录 + CMB-single 2,000 + CMExam 2,000）、西（HEAD-QA 全部）、法（FrenchMedMCQA）、阿拉伯/印地（MMLU 医学部分翻译版）——统一为 question/options/answer/source 四字段 JSON 29

医学影像MRI医学图像分割脑影像挑战赛数据集评测基准

ISLES 2026 — ATLAS v3.0 加持的第七届缺血性卒中病灶分割挑战赛

人工标注影像数据原始数据1,453 例公开训练数据（train 1,282 + validation 171）+ 362 例隐藏泛化测试集，合计 1,815 例 T1w MRI（官方宣传口径约 2,000 例，见双口径登记）

第七届 ISLES 挑战赛以 ATLAS v3.0 为训练本体：1,453 例公开原生空间 T1w MRI（60+ 中心；955 结转 + 169 SOOP + 329 新增）加 362 例隐藏泛化测试集，强制原生空间多期梗死分割，Grand Challenge Docker 容器在线评测，MICCAI 2026 SWITCH+ 卫星会公布正式榜单

ATLAS v3.0（NITRC INDI 托管，S3 路径 fcp-indi/data/Projects/INDI/ATLAS/R3.0）：原生空间剥颅骨 T1w MRI + 专家手工勾画缺血性梗死病灶二值掩膜（全例覆盖）+ JSON 侧信息（DAYS_POST_STROKE / CHRONICITY / CENTER） 89

医学影像MRI医学图像分割脑肿瘤挑战赛数据集肿瘤学

BraTS-METS — BraTS 脑转移瘤分割赛道：从独立挑战到 Cluster Task 3 与 Lighthouse 的三届演进

人工标注影像数据原始数据2023 届：1303 studies 全量标注（402 训练 3076 病灶/31 验证 139 病灶/59 测试 218 病灶）；TIB 数据记录另存 238 patients 口径；2024 届

BraTS 系列脑转移瘤分割赛道数据集百科：2023 年 8 个国际来源 1303 studies 病灶级专家标注（402 训练/31 验证/59 测试），2024 年并入 Cluster of Challenges Task 3 扩展至治疗前与治疗后影像（651/88/119），2025 年升级 Lighthouse 多医生标注与全程视频记录；lesion-wise Dice+HD95 病灶级评测体系，Synapse 分发——脑转移瘤这一「多病灶、小体积、高异质」分割难题的官方基准

8 个国际来源数据集（2023 官方口径；MDPI Sensors 综述存照 11 源机构：美 9+德 1+埃及 1）多中心临床常规脑 mpMRI（2023 届 T1/T2/FLAIR/T1PG；2024 届 T1/T1CE/T2/T2-FLAIR，1.0mm 各向同性重采样），2024 届起纳入治疗前与治疗后影像；由 UPenn/UCSF/Mayo Clinic AISINAI 联合组织，经算法预分割-学生标注-神经放射科医生复核-终审定稿四层流水线产出病灶级分割标签 55

医学影像医学图像分割目标检测评测基准队列研究

Fetal Abdominal Structures Segmentation Dataset — 胎儿腹围标准切面 1588 张超声图与四结构专家掩码

人工标注影像数据原始数据169 名足月孕妇（年龄 ≥18 岁）；1588 张胎儿腹围标准切面超声图像；约 9.4 张/人

巴西 UFSC 单中心前瞻采集的胎儿腹部超声分割数据集：169 名足月孕妇、1588 张 AC 标准切面 PNG 图像、3D Slicer 逐像素标注腹主动脉/肝内段脐静脉/胃/肝四类结构，CC BY 4.0 全公开直链，已成胎儿超声分割与 SAM 适配评测的常用基准

巴西 UFSC 大学医院（Florianópolis, Santa Catarina）2021-09 至 2023-09 前瞻采集的胎儿腹围（AC）轴位标准切面超声图像（PNG，原 DICOM）+ 3D Slicer v5.2.2 逐像素标注的四类内部结构掩码（.npy：腹主动脉/肝内段脐静脉/胃/肝） 53

医学影像图像分类医学图像分割目标检测疾病监测公共卫生与流行病学

Clinical Bacteria DataSet — 呼吸道标本革兰染色细菌显微检测分割数据集

显微图像病理图像细菌检测革兰染色呼吸道标本多类别标注边界框分割掩码1705

Clinical Bacteria DataSet：1705 张革兰染色显微全幅图像、11,824 个阴/阳性球菌与杆菌实例，服务 M-ROSE 微生物快速现场评价的检测与分割基准数据集

Clinical Bacteria DataSet（Zenodo 10.5281/zenodo.10526360） url: https://doi.org/10.5281/zenodo.10526360 34

医疗NLP关系抽取命名实体识别药物发现与化学药物-靶点相互作用挑战赛数据集

DrugProt — 生物医学化学品-蛋白相互作用抽取黄金语料

人工标注文本数据原始数据无患者数据：5,000 篇 PubMed 文献摘要（文献挖掘语料，不涉及患者个人信息）

BioCreative VII Track 1 化学品-基因/蛋白相互作用关系抽取黄金标准语料：5,000 篇 PubMed 摘要、1,200,788 tokens、108,387 实体注释、21,053 条公开人工关系覆盖 13 类细粒度相互作用，另附 236 万篇摘要、5,399 万实体注释的大规模银标扩展与衍生知识图谱，CC BY-4.0 全开放

DrugProt 黄金训练/开发集（Zenodo 5042151：训练 3,500 篇 + 开发 750 篇，实体 108,387，公开关系 21,053）+ Large Scale 银标扩展（Zenodo 5119878：2,366,081 篇摘要、53,993,602 实体注释） 38

医学影像X光影像医学图像分割目标检测挑战赛数据集儿科

Children's dental panoramic radiographs dataset for caries segmentation and dental disease detection — 儿童龋齿全景片分割+检测双任务数据集，MICCAI STS 挑战赛 2D track 基础数据

人工标注影像数据原始数据106 名 2-13 岁儿童（123 张片筛选出 100 张高质量全景片，48 男/52 女）；并入成人三库后总计 2885 张

四川大学华西口腔医院牵头的国际多中心团队 2023 年发布于 Scientific Data 的儿童口腔全景 X 光片数据集：106 名 2-13 岁儿童筛出 100 张高质量全景片做牙齿分割、193 张儿童片做 6 类牙病检测，并入 2692 张成人片成 2885 张总库，后被 MICCAI STS 2023/2024 挑战赛采用为 2D track 基础数据

杭州下沙区牙科医院 2022 年 3-6 月采集的儿童口腔 X 光片（全景+口内+CBCT，IQSC 质量筛选）+ EISeg 牙齿分割掩码 + LabelMe 6 类牙病检测框 JSON + 并入三库成人全景片，figshare 公开托管 35

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SiNuS — 首个公开的单核分割数据集：Dual-ISH 乳腺癌 HER2 分级