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数据标签

医学影像 AI-Ready 数据集

电子病历与文本数据集

病灶分割与标注数据集

共 1021 个数据集

arXiv 预印本 — 326 万篇,医学影像模型的真正首发地
医疗NLP公共卫生与流行病学评测基准

arXiv 预印本 — 326 万篇,医学影像模型的真正首发地

3,226,976 篇1991 年至今eess.IV 医学影像元数据 CC0逐篇选许可Atom API每日约 1,000+ 篇不适用(学术预印本文献,无患者数据;部分论文含公开数据集上的实验,但数据集本身不在 arXiv 内)

它不是一个数据集,是一个每天新增一千多篇论文的开放档案:eess.IV(影像与视频处理)是医学影像方法的首发地,通常比期刊早 6–18 个月。元数据全部 CC0,正文许可由作者逐篇选择——这意味着你拿到的每一篇,可用范围都不一样,而这是把它当训练语料时最容易忽略的一处

BACE — 1,522 条抑制剂,一个靶点,两类标签
药物发现与化学化学信息学分子性质预测虚拟筛选评测基准

BACE — 1,522 条抑制剂,一个靶点,两类标签

1,522 条记录1,513 个唯一 SMILES595 列描述符pIC50 + 二分类单一靶点scaffold 划分9 条重复 SMILES不适用(体外化合物活性数据,无个体;全部为文献报道的体外实验结果)

它是深度学习药物发现里被引用最多的「入门靶点」:人类 β-分泌酶 1(BACE-1),阿尔茨海默病最热的一个靶点。整张表只有 1,513 个唯一分子,却同时给 IC50 连续值和 0/1 活性标签。它的价值不在规模,在于「同一批化合物、两种建模口径」——而它最锋利的地方,是那 9 条重复的 SMILES

QMOF — 20,372 个金属有机框架,四种泛函的带隙
药物发现与化学化学信息学量子化学分子性质预测虚拟筛选

QMOF — 20,372 个金属有机框架,四种泛函的带隙

20,372 个 MOF231 万原子79 种元素四档泛函带隙DDEC6CM5Bader 电荷CC BY 4.0需注册 CSD 才能取初始结构不适用(材料化学数据库,无生物个体;结构来源中 0 个涉及人体样本)

它是第一个把周期性 DFT 系统性地做在 MOF 上的公开库:500 个原子的大晶胞、170 CPU 年的算力、四种泛函的同一批结构。它最锋利的地方不是规模,而是那组「PBE 带隙双峰、HSE06 变单峰」的对照——同一批材料,换个泛函,结论会翻转

SHARE — 28 国 17.5 万人,欧洲老去过程的统一标尺
电子健康记录队列研究调查数据公共卫生与流行病学全球健康

SHARE — 28 国 17.5 万人,欧洲老去过程的统一标尺

28 个国家175,000 名受访者690,000 次访谈10 个波次22 年跨度21 项干血斑标志物四国行政记录链接严禁商用175,000(28 国 50 岁以上受访者;DBS 子样本约 27,000)

同一份问卷、同一套变量名、同一套缺失码,在 28 个国家问了 22 年:它让「德国的老人比意大利健康吗」这个问题第一次变得可以计算——而它最锋利的部分,是那 2.7 万份干血斑

Add Health — 2 万个美国青少年,从 12 岁追到 44 岁
电子健康记录队列研究调查数据公共卫生与流行病学基因组学与多组学

Add Health — 2 万个美国青少年,从 12 岁追到 44 岁

90,118 份校内问卷20,745 人家访6 波随访32 年跨度干血斑生物标志物DNA 甲基化双轨访问禁 LLM 使用20,745(Wave I 家访全样本;公开版子样本 6,504)

1994 年在 145 所中学里问出 9 万份问卷,抽 2 万人做家访,然后每 5–7 年回去一次,一直到 2025 年他们 44 岁——这不是一个数据集,是一代人被反复测量的三十年

Europe PMC — 4,911 万条生命科学文献,1.3 亿条机器标注
医疗NLP生物医学文献知识图谱命名实体识别公共卫生与流行病学

Europe PMC — 4,911 万条生命科学文献,1.3 亿条机器标注

4,911 万条文献1,244 万条全文835 万条开放获取13 亿条标注34 个预印本服务器开放式 REST无需注册不适用(文献书目库,个体患者数据仅以论文内聚合形式出现)

它不是 PubMed Central 的欧洲镜像:多了预印本、专利、Agricola,多了一整套资助方反查,还多了 13 亿条文本挖掘标注——这是目前唯一能「按钱查论文、按论文查数据」的公开文献基础设施

CPIC — 把基因型翻译成剂量的那一层
基因组学与多组学电子健康记录医学问答与基准

CPIC — 把基因型翻译成剂量的那一层

132 个基因324 种药物29 部指南2,115 条推荐112,820 条双倍型开放式 REST无需注册不适用(指南与推荐表,无真实患者记录)

132 个基因、324 种药、29 部指南、2,115 条推荐:它不做研究,只做一件事——把文献里的证据定级,然后落成一句「该加量、减量、还是换药」

Rfam — 4,227 个 RNA 家族,每个家族一个协方差模型
基因组学与多组学医学问答与基准多模态

Rfam — 4,227 个 RNA 家族,每个家族一个协方差模型

4,227 个家族151 个 clan109,390 条种子序列协方差模型二级结构INFERNALCC0 许可不适用(RNA 家族模型库,无个体数据)

十个种子序列、一个协方差模型、一份共识二级结构:Rfam 是 RNA 世界的 Pfam,它不给你序列清单,给你的是「怎么在基因组里找出这个家族」的搜索器

RNAcentral — 六千万条非编码 RNA,四成是 rRNA
基因组学与多组学多模态医学问答与基准

RNAcentral — 六千万条非编码 RNA,四成是 rRNA

60,054,521 条序列56 个专家库113 万物种URS 统一标识MD5 去重rRNA 39.6%CC0 许可不适用(RNA 序列参考库,无个体数据)

60,054,521 条序列、56 个专家库、110 万个物种:它不产生数据,只做一件事——把同一个 RNA 分子在不同库里的十几个编号,归并成一个 URS

NeuroVault — 71 万张脑成像统计图,7.6% 的集合有 DOI
神经科学多模态医学问答与基准

NeuroVault — 71 万张脑成像统计图,7.6% 的集合有 DOI

18,020 个集合715,894 张统计图18 个模板图谱99.5% 是统计图CC0 许可COBIDAS 元数据REST API 全开放不适用(组水平统计结果,非个体数据)。但注意:单被试统计图(抽样 7.6%)理论上在极端情况下可能含可识别信息,NeuroVault 未做去标识声明

18,020 个集合、715,894 张图、18 个模板图谱:这是全球最大的脑成像「结果图」公共库,存的是 z/t/F 值不是原始影像,也是「拿别人的结论当数据」最容易翻车的地方

Complex Portal — 两万个蛋白复合物,写着每个零件有几个
基因组学与多组学药物发现与化学多模态

Complex Portal — 两万个蛋白复合物,写着每个零件有几个

20,580 个蛋白复合物27 个物种化学计量PSI-MI 标准人类 2,436 个FTP 全量 TSVXMLWeb Service 单条 JSON不适用(蛋白复合物参考目录,无个体层级数据)。疾病关联字段指向的是孟德尔遗传病与肿瘤,不是患者个体

20,580 个复合物、27 个物种、人类占 2,436 个:这是目前唯一一个把「化学计量」写进数据的蛋白机器目录,也是 STRING 与 IntAct 都缺的那一层

IMGT — 十二万条等位基因的命名权威,没有 API
基因组学与多组学变异与注释蛋白质组学药物-靶点相互作用

IMGT — 十二万条等位基因的命名权威,没有 API

12,922 个基因18,322 个等位基因42 个物种251,706 条 LIGM-DB 序列无 REST APICC BY 4.0开放下载目录不适用(免疫遗传学参考库,无个体记录;LIGM-DB 的 251,706 条序列是公开登记的序列,不含可识别个人身份的信息)

12,922 个基因、18,322 个等位基因、42 个物种:从 1989 年起,谁有资格给一个抗体基因命名,归这个库说了算

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