即取即用的 AI-Ready 医疗数据集库

它是深度学习药物发现里被引用最多的「入门靶点」：人类 β-分泌酶 1（BACE-1），阿尔茨海默病最热的一个靶点。整张表只有 1,513 个唯一分子，却同时给 IC50 连续值和 0/1 活性标签。它的价值不在规模，在于「同一批化合物、两种建模口径」——而它最锋利的地方，是那 9 条重复的 SMILES

BACE（MoleculeNet / DeepChem 发布） url: https://moleculenet.org/datasets-1 11

神经科学多模态医学问答与基准

NeuroVault — 71 万张脑成像统计图，7.6% 的集合有 DOI

18,020 个集合715,894 张统计图18 个模板图谱99.5% 是统计图CC0 许可COBIDAS 元数据REST API 全开放不适用（组水平统计结果，非个体数据）。但注意：单被试统计图（抽样 7.6%）理论上在极端情况下可能含可识别信息，NeuroVault 未做去标识声明

18,020 个集合、715,894 张图、18 个模板图谱：这是全球最大的脑成像「结果图」公共库，存的是 z/t/F 值不是原始影像，也是「拿别人的结论当数据」最容易翻车的地方

[{'@type': 'DataCatalog', 'name': 'NeuroVault API', 'url': 'https://neurovault.org/api/'}, {'@type': 'DataCatalog', 'name': 'NeuroVault 网页检索', 'url': 'https://neurovault.org/images/'}] 11

基因组学与多组学变异与注释多模态知识图谱

Alliance of Genome Resources — 九物种联盟，五成七是重复行

56,677,795 个实体1,909,959 条表型注释（去重后）51,188,465 条变异23.04 GB 下载9 个物种8 个成员库100% 挂 PMID开放 S3 桶不适用（模式生物参考库，无人类个体级记录；HUMAN 轴为基因-疾病注释，非队列数据）

56,677,795 个实体、1,909,959 条表型注释、23.04 GB 下载：八个模式生物库合并成一个库之后，字段统一了，语义没有

[{'@type': 'DataCatalog', 'name': 'Alliance of Genome Resources 下载站', 'url': 'https://download.alliancegenome.org/'}] 13

基因组学与多组学变异与注释知识图谱

MGI — 小鼠成为人类疾病模型的那本账

75,252 个基因141,808 个突变等位基因415,358 条表型注释66,340,659 个 RefSNPCC BY 4.0 许可季度更新免注册直下不适用（小鼠模式生物库，无个体动物记录，无人类患者数据）

75,252 个基因、141,808 个突变等位基因、415,358 条表型注释：一个只服务一个物种、却支撑半个生物医学的知识库

MGI（Mouse Genome Informatics，The Jackson Laboratory） url: https://www.informatics.jax.org/ 19

神经科学生理信号脑电信号多模态

IBL Brain-Wide Map — 小鼠全脑决策活动图谱

12 个实验室139 只小鼠459 个 session699 次探针插入62.2 万个单元7.5 万个良品单元279 个脑区AWS 公开桶0

12 个实验室、139 只小鼠、69.9 万次探针插入，拼出一张全脑活动图

国际脑实验室（International Brain Laboratory）联合建设，12 个实验室贡献数据；存储由 AWS Open Data 计划承担（桶 ibl-brain-wide-map-public，us-east-1）；访问入口 internationalbrainlab.org 21

生理信号脑电信号癫痫挑战赛数据集评测基准

UPenn-Mayo — 颅内脑电癫痫检测挑战赛

颅内脑电1 秒片段犬与人类双物种发作检测早期检出标签11.62 GB竞赛受限许可12

十二个受试者、四只狗、八个人、一秒一段。它用一场 Kaggle 竞赛把癫痫检测的算法门槛一次性抬到 AUC 0.96，也留下了一个更难堪的后续：前三名里有两个换一份数据就跌回随机水平

美国宾夕法尼亚大学（UPenn）神经工程与治疗中心、梅奥诊所（Mayo Clinic）癫痫与神经生理实验室；International Epilepsy Electrophysiology Portal（ieeg.org）；NINDS 与美国癫痫学会（AES）资助；Kaggle 承办 22

生理信号脑电信号癫痫队列研究

EPILEPSIAE — 欧洲癫痫长程脑电数据库

长程脑电监测颅内脑电发作预测四段时刻标注空间扩散标注症状学描述表面与颅内双模态术前评估275

三家医院、二百七十五名术前监测患者、四万五千小时连续脑电。它比此前所有公开脑电库加起来大两个数量级，却从不免费——按数据集个数分档售卖，两万五千欧元起。这份数据库真正稀缺的不是规模，是把一次发作拆成四个时刻的那种标注方式

德国弗莱堡大学医院癫痫中心、葡萄牙科英布拉大学医院、法国巴黎 Pitié-Salpêtrière 医院；欧盟第七框架计划 EPILEPSIAE 项目（Grant 211713）资助；现行由弗莱堡大学医学中心 Campus Technologies Freiburg 运营 24

医学影像图像分类

CXLSeg — 胸片肺分割数据集

243,324 张正位胸片 + 同名掩码6,500 患者子文件夹CheXpertNegBio 派生标签80:10:10 官方划分SA-UNet 基线 Dice 96.80%243,324 张正位图像 / 6,500 个患者子文件夹（母集 MIMIC-CXR 共 65,379 患者 / 377,110 张图像）

CXLSeg：MIMIC-CXR 的 243,324 张正位胸片成品分割包——图像与掩码同名成对、CheXpert/NegBio 标签随行、80:10:10 划分，把肺分割实验的开箱成本压到最低

https://physionet.org/content/chest-x-ray-segmentation/1.0.0/ 41

医学影像电子健康记录

脓毒症急诊胸部 CT — Sepsis-3 影像队列

836 次胸部 CT（NIfTI）337 例 Sepsis-3 住院14 张 CSV 表约 396 万行ExamReport 6,037 行中文检查报告PhysioNet + OMIX 双存储728 次就诊（含门诊）/ 337 例住院（103 女 + 234 男）/ 327 例住院有 CT

浙江省人民医院急诊 ICU 的 836 次脓毒症胸部 CT 与 14 张临床表格——把杭州 EHR 管线从纯表格延伸到影像的深表型续章

https://physionet.org/content/chest-ct-sepsis-er/1.0.0/ 42

生理信号脑电信号神经科学脑机接口多模态

Multisession fNIRS-EEG Post-Stroke Motor Recovery — 16 名偏瘫患者 84 次康复训练的同步脑电+近红外纵向数据集

原始数据时序数据临床评估多模态16 名上肢偏瘫卒中患者（6 女 10 男，42–71 岁）；康复会话 84 次；每例最多 6 次 session

Skoltech 联合俄罗斯联邦大脑与神经技术中心、莫斯科国立大学发布的全球首个长期同步 EEG-fNIRS 卒中公开数据集：8 导 EEG 与 70 通道 fNIRS 硬件级对齐，健手与患手各 84 次会话，附 ARAT/Fugl-Meyer 临床量表

同步采集的 8 导 EEG（NVX-52，500 Hz）+ 70 通道 fNIRS（NIRSport 16×16/8×8，760/850 nm，13.56 Hz）+ 2 路 EMG + 1 路 ECG；SRT 键压任务（健手/患手各 ≥3 run/会话）；ARAT 与 Fugl-Meyer 临床评分；人口学与病灶信息（Figshare 公开） 26

医学影像CTX光影像挑战赛数据集评测基准

COBRA2026: a large-scale multicenter pelvic cone-beam computed tomography projection dataset — 六欧洲中心盆腔放疗 CBCT 原始投影数据集

原始数据影像数据867 例患者（训练 692 / 验证 52 / 测试 123；盆腔放疗；六欧洲中心；性别/年龄/癌种分布未公开）

867 例盆腔放疗 CBCT 原始投影+采集几何+形变配准 planning CT+模拟投影的双厂商（Elekta/Varian）多中心投影域数据集：训练集 692 例约 750 GB 已于 2026-07 开放，验证/测试集封存至 2032-03 保障 COBRA2026 挑战赛独立评测，CC BY-NC 4.0

六欧洲中心直线加速器机载 CBCT 实测原始投影（Elekta 与 Varian 双厂商）+ RTK 格式采集几何 + 厂商校准/校正文件（匿名化转开放格式）+ 临床重建 CBCT + 形变配准 planning CT + 模拟 CBCT 投影；大数据本体托管 CREATIS（里昂），Zenodo 承载 DOI 索引与论文 PDF、训练集 QC 概览图 23

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UCDP 冲突数据 — 41.8 万起有组织暴力事件，记到村庄与单日

BACE — 1,522 条抑制剂，一个靶点，两类标签