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医学影像 AI-Ready 数据集

CT MRI 病理 X光

电子病历与文本数据集

电子病历病历文本

病灶分割与标注数据集

病灶分割数据标注

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图像分类目标检测语义分割

共 1403 个数据集

医学影像电子健康记录乳腺影像病理图像肿瘤学乳腺癌

I-SPY — 乳腺癌新辅助治疗影像队列

985 例 DCE-MRI 队列约 2.4 TB DICOM纵向 4 时间点CC BY 4.0 开放公开下载985 例（ISPY2 Imaging Cohort 1）

985 例乳腺 DCE-MRI + 分子分型 + pCR 结局的自适应平台试验队列

The Cancer Imaging Archive (TCIA) / ACRIN / FNIH Biomarkers Consortium url: https://www.cancerimagingarchive.net/collection/ispy2/ 75

基因组学与多组学医学影像单细胞基因组学测序数据病理图像

Tabula Muris — 小鼠跨组织单细胞图谱

100,605 个单细胞20 个器官组织FACS Smart-seq2 + 10x droplet 双平台CC BY 4.0 开放获取FACS 矩阵压缩包约 290 MB不适用（动物数据：7 只 C57BL/6JN 小鼠，100,605 个单细胞）

100,605 个单细胞 × 20 个器官的小鼠跨组织转录组参考图谱

Chan Zuckerberg Biohub（Tabula Muris Consortium） url: http://tabula-muris.ds.czbiohub.org/ 60

医学影像神经科学MRI医学图像分割心血管疾病脑影像

卒中病灶 ATLAS — 慢性卒中病灶分割基准数据集

655 例训练集（T1w+掩码）955 例公开发布1,271 例全量33 个全球队列NIfTIBIDS 格式免费申请获取1,271 例卒中患者（公开发布 955 例）

全球最大开放慢性卒中 T1w 病灶分割数据集 · 训练集 655 例 · 33 个全球队列

University of Southern California（NPNL 实验室）与 ENIGMA Stroke Recovery Working Group url: http://fcon_1000.projects.nitrc.org/indi/retro/atlas.html 45

医学影像内窥镜影像医学图像分割

ETIS-Larib — 息肉分割最难公开基准

196 张 1225×966 PNG 图像196 张 BMP 像素级 mask44 个息肉34 个序列注册后开放下载患者数未公开（34 个视频序列、44 个独特息肉）

196 张高分辨率结肠镜图像、像素级息肉 mask 的困难样本分割基准

Lariboisière 医院（AP-HP, 巴黎）与 ETIS 实验室（ENSEA, CY Cergy-Pontoise 大学） url: https://polyp.grand-challenge.org/ETISLarib/ 85

医学影像X光影像骨骼肌肉影像

FracAtlas — 全身 X 光骨折多任务图谱

4,083 张 X 光图像922 个骨折实例约 323 MB ZIP四格式实例标注CC BY 4.0 免注册下载未公开（4,083 张影像、717 例骨折扫描，年龄 8 个月-78 岁）

4,083 张多任务标注全身 X 光：分类、定位、分割一体的开放骨折图谱

Islamic University of Technology & United International University（孟加拉国） url: https://doi.org/10.6084/m9.figshare.22363012 95

医疗NLP临床文本医学问答与基准

Lunguage — 胸片结构化报告与纵向时间线基准

结构化标注金标准测试集纵向序列230 名患者（1,473 份报告；其中 10 名患者的 80 份报告含纵向标注）

给报告生成 AI 一把'时间尺'：1,473 份专家结构化报告与 80 条纵向序列

MIMIC-CXR test set 子集的结构化标注（board-certified radiologists 标注验证） 54

医学影像乳腺影像医学图像分割图像分类乳腺癌评测基准

Breast-Lesions-USG — 乳腺超声病灶策划基准数据集

256 例乳腺超声扫描256 名患者266 个病灶掩膜CC BY 4.0含 BIRADS 与病理标签256 名患者

256 例乳腺超声扫描 · 256 名患者 · 266 个病灶 · BIRADS 描述符与患者级临床标签

波兰科学院基础技术研究所 (IPPT PAN) / The Cancer Imaging Archive url: https://www.cancerimagingarchive.net/collection/breast-lesions-usg/ 31

基因组学与多组学测序数据变异与注释

Ensembl — 基因组注释与比较基因组学

["4,800+ 真核基因组""31,300+ 原核基因组""注释+变异+调控""开放无使用限制""RESTBioMartPerl"]不适用（参考基因组注释资源，不含个体患者）

脊椎动物参考注释事实标准 · 4,800+ 真核基因组 · 开源无限制

name: "EMBL-EBI 与 Wellcome Sanger Institute" url: "https://www.ensembl.org" 75

医学影像CT肿瘤学肺癌

Lung-PET-CT-Dx — 肺癌 PET/CT 双模态诊断

355 名肺癌受试者127.18 GB DICOM 影像251,135 幅图像CC BY 4.0 免费下载PASCAL VOC XML 标注355 名经活检病理确诊的肺癌受试者

355 例病理确诊肺癌的 PET/CT 双模态影像，251,135 幅逐层边界框标注

TCIA（The Cancer Imaging Archive）· 哈尔滨医科大学第二附属医院 url: https://www.cancerimagingarchive.net/collection/lung-pet-ct-dx/ 67

电子健康记录药物发现与化学药物安全队列研究

CDARS — 全港临床 EHR 数据库

1,100 万+ 患者55 亿+ 条记录1995 年至今持续更新申请审核制ICD-9-CM 编码1,100 万+ 名患者（含 1993 年以来临床细节）

香港医管局全港性临床数据库 · 1,100 万患者 · 55 亿条记录

香港医院管理局（Hospital Authority, Hong Kong SAR） url: https://www3.ha.org.hk/data 107

基因组学与多组学测序数据GWAS

HPRC 人类泛基因组参考

47 人 94 单倍型草图Release 2: 232 人 464 组装119M 新碱基SV 检出 +104%多平台长读长测序47 名（Release 1）/ 232 名（Release 2）健康个体，全部来自 1000 Genomes Project 血缘并有广泛同意框架

47 人 94 单倍型草图到 232 人 464 组装：把人类参考基因组从一条线变成一张图

https://humanpangenome.org/data/ 58

药物发现与化学公共卫生与流行病学药物安全疾病监测真实世界数据

JADER 日本药品不良事件报告数据库 — 日本 PMDA 自发药物警戒库

PMDA 公开免费下载无需注册图片验证码MedDRAJ 编码四表病例编号关联全量覆盖更新（非增量）含 R2R3 混存结构逾 96.5 万例（2004-04~2025-01，J-STAGE 口径）；2025 年末约 90 万份（去重口径）

PMDA 药品副作用报告数据库 · 2004 年 4 月起逾 96 万例 · 四表关系结构 · 免费公开下载

Pharmaceuticals and Medical Devices Agency (PMDA), Japan url: https://www.pmda.go.jp/safety/info-services/drugs/adr-info/suspected-adr/0004.html 52

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