即取即用的 AI-Ready 医疗数据集库

千方医数集致力于为医疗 AI 研究人员找到合适的数据集，让你的 AI 感知模型能够更快地学习、更准确地运行，并无缝适应现实世界的环境。

医学影像 AI-Ready 数据集

CT MRI 病理 X光

电子病历与文本数据集

电子病历病历文本

病灶分割与标注数据集

病灶分割数据标注

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图像分类目标检测语义分割

共 1379 个数据集

医学影像药物发现与化学病理图像虚拟筛选评测基准

以 ARO 抗菌耐药本体为骨架的 6,489 个 AMR 检测模型与 279,120 条耐药等位基因参考库

CARD — The Comprehensive Antibiotic Resistance Database (经由 card.mcmaster.ca 下载端与 arpcard GitHub) 27

医学影像多模态心血管疾病重症监护影像-文本对齐临床电子病历

MIMIC-IV-ECHO — 心脏超声影像与结构化测量匹配子集

206,488 次超声检查结构化测量524,137 个 DICOM 文件91,372 名测量患者4,572 名影像患者2008-2022 测量2017-2019 影像91,372 名患者（结构化测量）；4,572 名患者（DICOM 影像）

52 万 DICOM 影像 · 20.6 万次超声检查 · 可关联 MIMIC-IV 全院 EHR

MIT Laboratory for Computational Physiology / PhysioNet（BIDMC 采集） url: https://physionet.org/content/mimic-iv-echo/1.0.1/ 32

视觉问答医学问答评测基准手术视频医学影像

MedVidQA — 医学教学视频问答与时序答案定位数据集

3,010 个问答899 个医学教学视频95.71 小时视频MedVidCL 6,117 视频时序答案时间戳不适用（医学教学视频问答数据集，非患者队列）

3,010 个健康问答 / 899 个医学教学视频 / 95.71 小时的医学视频视觉答案定位基准

U.S. National Library of Medicine (NLM), NIH url: https://github.com/deepaknlp/MedVidQACL 24

基因组学与多组学变异与注释知识图谱生物医学文献

Sequence Ontology — 基因组注释的序列本体受控词表

ontologycontrolled-vocabularygenome-annotationgff3owlobosequence-featurevariant不适用（本体/受控词表，无患者数据）

约 2,752 个类、50 个对象属性的开放本体，是 GFF3 规范与 Chado 数据库的术语底座

Sequence Ontology（官网 http://www.sequenceontology.org/ 与 OBO Foundry 条目 obofoundry.org/ontology/so.html） url: http://www.sequenceontology.org/ 29

医疗NLP临床文本命名实体识别关系抽取肿瘤学

THYME — 临床时间表达式语料

约 172,800 个标注单元1,254 份去标识病历Anafora XML + 纯文本标注层 GitHub 公开正文需 Mayo DUA1,254 份去标识病历（Clinical TempEval 子集为 200 患者 × 3 文书）

Mayo Clinic 1,254 份病历的时间标注语料，SemEval 官方基准

Mayo Clinic（THYME 项目，与科罗拉多大学博尔德分校等合作） url: https://github.com/stylerw/thymedata/ 43

基因组学与多组学代谢组学转录组

MetaboLights — 代谢组学开放研究存档

20,575 项研究存档公开研究 3,375 项参考化合物 33,253 个数据总量 348.65 TBISA-Tab + mzML 格式免费开放获取样本 1,737,199 份（全库跨物种，截至 2026-09）

3,375 个公开代谢组学研究 + 33,253 参考化合物的 EMBL-EBI 开放存档

EMBL 欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI） url: https://www.ebi.ac.uk/metabolights 78

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BBBC — Broad Bioimage Benchmark Collection 显微图像分析基准集

PDB 蛋白质数据银行

AlphaFold Protein Structure Database — 蛋白质结构预测数据库

BCNB (早期乳腺癌芯针活检) — 计算病理多示例学习数据集

CIMA — 结直肠癌免疫微环境 CODEX 高维空间成像数据集

MIMIC-CXR — 大规模胸片+放射报告多模态数据集

CARD — 综合抗生素耐药性数据库