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医学影像 AI-Ready 数据集

CT MRI 病理 X光

电子病历与文本数据集

电子病历病历文本

病灶分割与标注数据集

病灶分割数据标注

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图像分类目标检测语义分割

共 1430 个数据集

电子健康记录医学影像重症监护临床电子病历手术视频

INSPIRE 首尔大围术期数据库 — 围术期医学

131,109 例手术6 张数据表 CSV72 项术中参数38 项实验室指标近 1,000 万条用药记录CITI 培训 + DUA 申请获取约 13.1 万例手术（131,109 例，占全院 50% 随机抽样）

首尔国立大学医院 131,109 例手术的十年围术期电子病历数据库

首尔国立大学医院（Seoul National University Hospital, SNUH） url: https://physionet.org/content/inspire/ 266

生理信号医学问答与基准心电信号心血管疾病时序数据评测基准

Chapman-Shaoxing — 12 导联心律失常 ECG

约 2.8 GB（figshare 六文件扩展版 5.1 GB）10,646 例 12 导联 ECG（扩展版 45,152 例）500 Hz × 10 秒 × 12 导联10,646 名患者（扩展版 45,152 名）

10,646 例 12 导联静息 ECG 的心律失常分类公开基准

Chapman University & Shaoxing People's Hospital（PhysioNet 托管） url: https://physionet.org/content/ecg-arrhythmia/1.0.0/ 87

药物发现与化学分子对接分子生成化学信息学

CrossDocked2020 — 蛋白-配体交叉对接数据集

约 2,256 万对接构象2,900 个结合口袋17,815 个口袋-配体对smina 交叉对接生成开放直接下载约 2,256 万个对接构象（v1.3 口径）

2,256 万交叉对接构象 · 结构基药物设计生成模型标准训练集

美国匹兹堡大学计算与系统生物学系（David R. Koes 实验室，GNINA 团队） url: http://bits.csb.pitt.edu/files/crossdock2020/ 96

医疗NLP电子健康记录临床文本命名实体识别评测基准

出院小结姓名去标识模板集

临床文本合成文本人工标注凭证访问100 份出院小结模板（50 份来自男性患者、50 份来自女性患者），衍生 16,000 份注记；原文来自 Beth Israel Lahey Health 2017–2019 年住院记录

100 份 MIMIC-IV 出院小结模板 × 16 个姓名集 × 9 种去标识方法，生成 1.6 万份注记，量化「姓名去标识在不同性别、族裔、名字流行度上是否同样有效」，答案是大多数方法存在显著差距

MIMIC-IV 预发布版本的出院小结，人工整理为 100 份带姓名与其他 PHI 标记的临床模板，再与 16 个姓名集组合生成注记，2023 年 7 月经 PhysioNet 发布 25

医学影像医学问答与基准图像分类皮肤影像评测基准皮肤癌

MED-NODE — 临床皮肤照片黑色素瘤数据集

约 24.7MB zip170 张图像70 黑色素瘤 + 100 痣非皮肤镜临床照片免费下载引用论文即可使用170 张图像

最常用的非皮肤镜临床照片基准 · 170 张图像 · 真实世界评估场景

格罗宁根大学 & 格罗宁根大学医学中心（UMCG）皮肤科 url: https://www.cs.rug.nl/~imaging/databases/melanoma_naevi 54

药物发现与化学基因组学与多组学分子性质预测肿瘤学药物-靶点相互作用虚拟筛选

DepMap / CCLE — 癌症依赖图谱与癌细胞系百科全书

Chronos 分数RNA-seq突变拷贝数2,000+ 癌细胞系（24+ 癌种）

Broad Institute Project Achilles + CCLE, 全球多中心贡献 103

医学影像CT骨骼肌肉影像目标检测医学图像分割

MedPelvis3D — 99 例骨盆 CT 的 57 点 3D 地标与三骨段网格

人工标注影像数据原始数据点云数据99 例去标识骨盆 CT（59 男 / 40 女）；57 个解剖地标/例；297 个网格组件；4,950,000 点参考点云

解放军总医院 99 例去标识骨盆 CT（59 男/40 女），每例 CT 体数据 + 三标签掩膜 + 3 个 STL 网格 + 57 个专家 3D 地标 + 5 万点参考点云，LPS 毫米坐标，配 scikit-image 0.26.0 重生成的零缺陷网格与 3.44/4.56 mm 标注一致性实测

解放军总医院回顾性骨盆 CT（NIfTI，512×512 面内，层厚 0.625 mm）+ 三标签骨分割掩膜 + 重生成 STL 网格 + 57 地标 CSV + 5 万点 npy + 队列元数据 CSV 27

医学影像病理图像CT基因组学与多组学蛋白质组学肿瘤学

CPTAC-STAD — 胃癌影像-蛋白-基因组配对公共集

影像数据原始数据汇总 168 例（放射 CT/US 20 例；病理 WSI 168 例）；论文分析集 159 例肿瘤 + 30 例配对正常（165 例入组）

NCI CPTAC 胃腺癌队列影像公开发布——20 例 CT/超声 DICOM（38,660 张）与 168 例病理全切片（703 studies，1.1TB），CC BY-4.0 全开放，经 CRDC 与 15 层多组学论文（Cell Rep Med 2026；159 肿瘤+30 NAT，5 个 ecotypes）互联的胃癌多模态建模资源

TCIA CPTAC-STAD collection Version 1（DOI 10.7937/jw9a-8k71）：CT/US DICOM（20 例/22 study/99 series/38,660 张/21GB）+ H&E 病理 WSI SVS（168 例/703 study/1.1TB）；关联 PDC 蛋白组、GDC CPTAC-3 基因组、IDC 云端镜像 55