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医学影像 AI-Ready 数据集

CT MRI 病理 X光

电子病历与文本数据集

电子病历病历文本

病灶分割与标注数据集

病灶分割数据标注

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图像分类目标检测语义分割

共 1426 个数据集

医学影像MRI肿瘤学脑肿瘤

FeTS — 跨机构联邦脑肿瘤分割 MRI 数据集

25,256 例 MRI 扫描6,314 名患者71 家机构 6 大洲NIfTI 格式公开挑战数据 1,470 例注册后开放获取6,314 名胶质母细胞瘤患者（联邦全量口径）

71 机构联邦脑胶质瘤 MRI 分割数据集（25,256 例扫描）

FeTS Initiative Consortium（宾夕法尼亚大学发起） url: https://www.fets.ai/ 68

重症监护电子健康记录疾病监测队列研究

自贡四院重症感染患者数据库

临床变量临床文本时序数据受限获取2,790 例住院患者；院内死亡 161 例，死亡率 5.8%

四川自贡市第四人民医院 2019 年 1 月至 2020 年 12 月收治的 2,790 例成人重症感染患者，整合电子病历、医院信息系统、检验系统与床旁护理记录，含七张表与出院后 SF-36 随访，院内死亡率 5.8%

四川省自贡市第四人民医院 2019 年 1 月至 2020 年 12 月连续收治的成人重症感染患者，源自电子病历、医院信息系统、检验信息系统与重症护理记录系统 22

医学影像医学问答与基准骨骼肌肉影像MRI评测基准

MRNet — 膝关节 MRI 损伤检测数据集

约 6.09GB zip1,370 例检查2001-2012 年数据三平面 .npy 体积申请审核获取1,312 名患者 / 1,370 例检查

1,370 例斯坦福膝关节 MRI · ACL/半月板/异常三任务 · 匹敌放射科医生的经典基准

Stanford Machine Learning Group（斯坦福大学） url: https://stanfordmlgroup.github.io/competitions/mrnet/ 79

基因组学与多组学GWAS变异与注释罕见病肿瘤学

gnomAD — Genome Aggregation Database 基因组聚合数据库

VCFCC0HailGCPAWSAzure约 30TB807,162 名个体（v4.1）

Broad Institute of MIT and Harvard, 60+ 国际研究项目合作 83

基因组学与多组学代谢组学蛋白质组学

PRIDE — 质谱蛋白质组学数据仓库

50,804 个数据集月均新增约 534 个CC0 开放获取RAWmzMLmzIdentMLmzTab月均下载约 100 TB无统一患者队列；人类疾病研究样本分散于各数据集（代表性癌症 meta 分析含 191 个癌细胞系与 246 个临床肿瘤样本）

全球最大开放质谱蛋白质组学仓库 · 50,804 个数据集 · CC0

European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) url: https://www.ebi.ac.uk/pride 76

药物发现与化学肿瘤学分子性质预测化学信息学

CTRP v2 癌细胞系药敏数据库

约 900 细胞系 × 545 化合物AUCEC50 药敏 + 分子特征开放下载 CC BY 4.0txtCSV 多表非患者数据，细胞系药敏数据

约 900 细胞系 × 545 化合物的肿瘤药敏矩阵与分子特征库

Broad Institute, Center for the Science of Therapeutics (CTD²) url: https://portals.broadinstitute.org/ctrp.v2.1/ 96

医学影像MRI心血管疾病挑战赛数据集

CMRxRecon — 心脏 MRI k 空间重建基准数据集

300 名受试者（120/60/120 划分）复值多线圈 .mat + NIFTI 分割R=4/8/10 欠采样 · 24 行 ACSSynapse 注册后开放300 名健康志愿者（160 女 / 140 男）

300 名受试者心脏 MRI 原始 k 空间 · MICCAI 2023 重建挑战赛官方基准

CMRxRecon Consortium（复旦大学、厦门大学、帝国理工学院等） url: https://cmrxrecon.github.io/ 52

医学影像手术视频内窥镜影像

MISAW — 显微吻合手术工作流识别数据集

27 个显微吻合序列30 Hz 视频+运动学同步phasestepactivity 三层标注920×540 立体显微视频Synapse 注册后开放无患者数据（6 名受试者在人造血管上操作）

27 序列显微吻合视频+运动学双模态，三层工作流粒度基准

Univ Rennes, INSERM, LTSI - UMR 1099（挑战赛组织）& 东京大学（数据采集） url: https://www.synapse.org/MISAW 56

电子健康记录医学影像重症监护临床电子病历手术视频

INSPIRE 首尔大围术期数据库 — 围术期医学

131,109 例手术6 张数据表 CSV72 项术中参数38 项实验室指标近 1,000 万条用药记录CITI 培训 + DUA 申请获取约 13.1 万例手术（131,109 例，占全院 50% 随机抽样）

首尔国立大学医院 131,109 例手术的十年围术期电子病历数据库

首尔国立大学医院（Seoul National University Hospital, SNUH） url: https://physionet.org/content/inspire/ 266

生理信号医学问答与基准心电信号心血管疾病时序数据评测基准

Chapman-Shaoxing — 12 导联心律失常 ECG

约 2.8 GB（figshare 六文件扩展版 5.1 GB）10,646 例 12 导联 ECG（扩展版 45,152 例）500 Hz × 10 秒 × 12 导联10,646 名患者（扩展版 45,152 名）

10,646 例 12 导联静息 ECG 的心律失常分类公开基准

Chapman University & Shaoxing People's Hospital（PhysioNet 托管） url: https://physionet.org/content/ecg-arrhythmia/1.0.0/ 87

药物发现与化学分子对接分子生成化学信息学

CrossDocked2020 — 蛋白-配体交叉对接数据集

约 2,256 万对接构象2,900 个结合口袋17,815 个口袋-配体对smina 交叉对接生成开放直接下载约 2,256 万个对接构象（v1.3 口径）

2,256 万交叉对接构象 · 结构基药物设计生成模型标准训练集

美国匹兹堡大学计算与系统生物学系（David R. Koes 实验室，GNINA 团队） url: http://bits.csb.pitt.edu/files/crossdock2020/ 96

医疗NLP电子健康记录临床文本命名实体识别评测基准

出院小结姓名去标识模板集

临床文本合成文本人工标注凭证访问100 份出院小结模板（50 份来自男性患者、50 份来自女性患者），衍生 16,000 份注记；原文来自 Beth Israel Lahey Health 2017–2019 年住院记录

100 份 MIMIC-IV 出院小结模板 × 16 个姓名集 × 9 种去标识方法，生成 1.6 万份注记，量化「姓名去标识在不同性别、族裔、名字流行度上是否同样有效」，答案是大多数方法存在显著差距

MIMIC-IV 预发布版本的出院小结，人工整理为 100 份带姓名与其他 PHI 标记的临床模板，再与 16 个姓名集组合生成注记，2023 年 7 月经 PhysioNet 发布 25

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