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医学影像 AI-Ready 数据集

CT MRI 病理 X光

电子病历与文本数据集

电子病历病历文本

病灶分割与标注数据集

病灶分割数据标注

按任务类型浏览

图像分类目标检测语义分割

共 1420 个数据集

基因组学与多组学医学影像单细胞基因组学病理图像肿瘤学

Human Cell Atlas — 人类细胞图谱全身单细胞参考图谱

7,050 万细胞 · 多组织多模态18 个生物网络图谱CC BY 4.0 开放Data Portal + CELLxGENE Census月度更新快照细胞级参考图谱（非患者队列）：约 7,050 万细胞 / 1.12 万捐赠者 / 527 项目（截至 2026-09）

2016 年发起的国际开放联盟 · 7,050 万细胞 · 18 个生物网络 · 多组织单细胞与空间图谱

Human Cell Atlas Consortium / HCA Data Coordination Platform (EBI, Broad Institute, UCSC) url: https://data.humancellatlas.org 62

医疗NLP药物发现与化学药物安全调查数据

CADEC — 患者自报药物不良事件标注语料

1,250 条论坛帖子约 9,111 个实体标注5 类实体 SNOMEDMedDRA 双映射免费下载仅限研究1,250 条患者自报用药评论帖子

1,250 条 AskAPatient 患者帖子，5 类实体 SNOMED CT 与 MedDRA 双映射

CSIRO（澳大利亚联邦科学与工业研究组织） url: https://data.csiro.au/collection/12232 63

多模态电子健康记录X光影像心电信号多模态影像

Symile-MIMIC 三模态临床配对数据集

真实世界数据影像数据信号数据结构化数据9,573 名患者 / 11,622 次住院

11,622 次住院的胸片 × 心电图 × 血检对齐子集，附带零样本检索评测协议

MIMIC-IV v2.2（住院与化验）+ MIMIC-CXR-JPG v2.0.0（胸片）+ MIMIC-IV-ECG v1.0（12 导联心电）三库按 hadm_id 与 subject_id 对齐后筛选，仅保留三模态齐全且满足时间窗的住院 15

电子健康记录医保理赔真实世界数据

Komodo Healthcare Map — 美国患者级理赔数据平台

["3.3 亿+去标识化患者""1 万亿+关联记录""2015 年至今""商业许可获取"]3.3 亿+ 去标识化患者（美国为主，另含加拿大）

覆盖 3.3 亿+美国患者的去标识化纵向真实世界数据平台 · 1 万亿+关联记录

name: "Komodo Health, Inc." url: "https://www.komodohealth.com" 52

神经科学公共卫生与流行病学脑影像队列研究阿尔茨海默病

AIBL — 澳大利亚老龄化影像与生活方式纵向队列

约 3,045 名受试者18 个月间隔 8 次随访MRI+PET 多示踪剂影像血液与 CSF 生物标志物LONI IDA 申请获取约 3,045 名受试者（官网口径，截至 2023-02）

1,112 人起始队列、最长 15 年随访的 AD 影像-血液-生活方式多模态纵向队列

AIBL Research Group（CSIRO / 墨尔本大学 / Edith Cowan University 等） url: https://aibl.org.au/ 96

电子健康记录公共卫生与流行病学真实世界数据疾病监测评测基准

ARMD-MGB 抗菌药耐药微生物学数据集

EHR 结构化数据实验室检验结果时序数据凭证访问22.5 万余名成人患者（匿名标识 anon_id 取值 1–226,659）；培养记录 97 万余次（order_proc_id_coded 1–970,165）；就诊记录 1–497,096

波士顿十二家医院 2015–2024 年 22.5 万余名成人、97 万余次微生物培养的药敏与临床元数据，把耐药表型、耐药酶类与用药史拼成可计算的长表

Mass General Brigham（新英格兰地区 12 家学术与社区医院）2015–2024 年临床微生物实验室培养与抗菌药物敏感性试验结果，关联同期用药、人口学与就诊记录，去标识化后经 PhysioNet 凭证发布 28

医学影像医学问答与基准手术视频评测基准

SERV-CT — 立体内镜 3D 重建验证基准

16 组立体对720×576 PNG16-bit 视差深度图CC BY 4.0 免费下载2 只猪尸体样本2 只 ex vivo 小型猪尸体(16 组立体对,非人类患者)

16 组锥形束 CT 参考立体对,免费开放的内镜 3D 重建验证基准

University College London (UCL WEISS) url: https://rdr.ucl.ac.uk/articles/dataset/SERV-CT_A_disparity_dataset_from_cone-beam_CT_for_validation_of_endoscopic_3D_reconstruction/26352199 56

医学影像医学问答与基准医学图像分割CT挑战赛数据集

BTCV — 腹部 CT 多器官分割基准

50 例增强腹部 CT13 类器官逐体素标注NIfTI 格式Synapse 注册后免费获取约 6 GB（Abdomen）50 名患者（30 训练 + 20 测试）

50 例增强 CT、13 器官逐体素标注的 MICCAI 2015 挑战赛基准

Vanderbilt University Medical Center（MICCAI 2015 BTCV 挑战赛） url: https://www.synapse.org/#!Synapse:syn3193805 96

电子健康记录重症监护真实世界数据评测基准时序数据

FIDDLE 重症 EHR 特征矩阵

EHR 结构化数据特征矩阵生理信号凭证访问MIMIC-III 侧 17,710 名患者 / 23,620 次 ICU 住院（仅 MetaVision 系统 2008–2012）；eICU-CRD 侧 139,367 名患者 / 200,859

用同一套预处理管线把 MIMIC-III 与 eICU-CRD 各转成五组任务的特征矩阵，覆盖院内死亡、急性呼吸衰竭与休克三类结局，最高约 8,000 维，让「换了预处理就不可比」变成可对照的实验

MIMIC-III v1.4（Beth Israel Deaconess Medical Center）与 eICU-CRD v2.0（全美多中心）经 FIDDLE 管线按默认设置转换为特征矩阵；MIMIC-III 侧取 10 张源表，eICU 侧取 18 张源表 16

医学影像病理图像医学图像分割挑战赛数据集

COSAS 2024 — 跨域腺癌分割

580 张 H&E 病理 patch约 1500×1500 像素手工轮廓像素级标注训练集注册后获取580 张 H&E patch（两任务各 290 张；患者级计数官方未披露）

580 张 H&E 病理 patch、6 器官与 6 扫描仪双赛道域泛化挑战赛

COSAS 2024 组织委员会（西交利物浦大学 / 上海交通大学医学院附属瑞金医院 / 深圳大学 / 广西医科大学 / Histo Pathology Diagnostic Center） url: https://cosas.grand-challenge.org 36

医学影像医学图像分割内窥镜影像结直肠癌肿瘤学

BKAI-IGH NeoPolyp — 结肠镜息肉分割与肿瘤性检测

7,466 标注图像4 种光成像模式6 种 Paris 分型3 类息肉分类~314 MB (Small)单中心数据集，越南河内 IGH

BKAI Center for AI, Hanoi University & Institute of Gastroenterology and Hepatology 104

医疗NLP命名实体识别临床文本生物医学文献罕见病

MACCROBAT — 病例报告实体标注

200 篇病例报告 standoff 对25,144 个实体59,164 条标注约 1.02 MB ZIPCC BY 4.0 开放下载200 例患者（每篇病例报告对应 1 例患者叙事）

200 篇病例报告、41 类实体/事件、59,164 条标注的医学 NER 开放语料

加州大学洛杉矶分校（UCLA）团队，figshare 托管 url: https://figshare.com/articles/dataset/MACCROBAT2018/9764942 39

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