即取即用的 AI-Ready 医疗数据集库

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医学影像 AI-Ready 数据集

CT MRI 病理 X光

电子病历与文本数据集

电子病历病历文本

病灶分割与标注数据集

病灶分割数据标注

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图像分类目标检测语义分割

共 1413 个数据集

医学影像医学图像分割图像分类肿瘤学

DDTI — 甲状腺结节超声分割开放库

637 张像素级标注超声图像约 18.75 MB（Kaggle 镜像）XML 多边形轮廓 + TI-RADS 字段开放获取（免费）约 99–400 例（口径不一，详见 §3.2）

637 张像素级标注甲状腺超声图像的经典小样本基线

Cim@Lab, Universidad Nacional de Colombia（哥伦比亚国立大学）& IDIME url: http://cimalab.intec.co/applications/thyroid/ 76

医疗NLP医学问答与基准评测基准

CBLUE 中文生物医学语言理解评测基准 — 18 任务医疗 NLP 评测基准

约 195MB ZIP18 个子任务约 34 万条标注样本CC BY-NC-SA 4.0天池实名申请获取非患者数据，评测语料

首个中文医疗 NLP 多任务评测基准：18 个子任务、约 34 万条标注样本、天池长期打榜

中国中文信息学会医疗健康与生物信息处理专业委员会（CHIP）× 阿里云天池 url: https://tianchi.aliyun.com/cblue 97

基因组学与多组学GWAS测序数据转录组

GTEx — 人类组织基因表达调控图谱

约 1.74 万 RNA-seq 样本（V8）948 名供体 · 54 种组织WGS 中位 32×汇总数据开放免注册基因型需 dbGaP 申请948 名供体 · 1.74 万组织样本

全球最大健康人多组织表达与 eQTL 参考图谱 · 948 供体 · 54 组织

NIH Common Fund GTEx 项目（Broad Institute LDACC） url: https://gtexportal.org/home/ 230

基因组学与多组学测序数据微生物组

curatedMetagenomicData — 人体宏基因组整合库

22,588 个样本93 项研究TreeSummarizedExperiment (R)MetaPhlAn 3 + HUMAnN 3粪便样本占 93%22,588 个样本（2,599 名纵向受试者，非单患者临床库）

Bioconductor 上最大的开放人体宏基因组资源 · 2.2 万+ 样本 · 93 项研究一键可分析

Waldron Lab（CUNY）& Segata Lab（University of Trento）& Huttenhower Lab（Harvard T.H. Chan） url: https://bioconductor.org/packages/curatedMetagenomicData/ 66

电子健康记录公共卫生与流行病学队列研究流行病学调查数据

CHARLS — 中国老龄健康与养老全国追踪队列

基线 17,708 人2018 追访 19,816 人5 轮追踪 2011-2020,28 省 150 县 450 村社区Stata .dta 免费实名申请静脉血 9 类生物标志物约 1.9 万名 45 岁以上受访者(基线 17,708;2018 追访 19,816)

覆盖 28 省 150 县 450 村、1.9 万 45 岁以上受访者的 5 轮全国老龄追踪队列

北京大学国家发展研究院 CHARLS 项目组 url: https://charls.pku.edu.cn/ 181

基因组学与多组学医学影像单细胞基因组学病理图像肿瘤学

Human Cell Atlas — 人类细胞图谱全身单细胞参考图谱

7,050 万细胞 · 多组织多模态18 个生物网络图谱CC BY 4.0 开放Data Portal + CELLxGENE Census月度更新快照细胞级参考图谱（非患者队列）：约 7,050 万细胞 / 1.12 万捐赠者 / 527 项目（截至 2026-09）

2016 年发起的国际开放联盟 · 7,050 万细胞 · 18 个生物网络 · 多组织单细胞与空间图谱

Human Cell Atlas Consortium / HCA Data Coordination Platform (EBI, Broad Institute, UCSC) url: https://data.humancellatlas.org 62

医疗NLP药物发现与化学药物安全调查数据

CADEC — 患者自报药物不良事件标注语料

1,250 条论坛帖子约 9,111 个实体标注5 类实体 SNOMEDMedDRA 双映射免费下载仅限研究1,250 条患者自报用药评论帖子

1,250 条 AskAPatient 患者帖子，5 类实体 SNOMED CT 与 MedDRA 双映射

CSIRO（澳大利亚联邦科学与工业研究组织） url: https://data.csiro.au/collection/12232 63

多模态电子健康记录X光影像心电信号多模态影像

Symile-MIMIC 三模态临床配对数据集

真实世界数据影像数据信号数据结构化数据9,573 名患者 / 11,622 次住院

11,622 次住院的胸片 × 心电图 × 血检对齐子集，附带零样本检索评测协议

MIMIC-IV v2.2（住院与化验）+ MIMIC-CXR-JPG v2.0.0（胸片）+ MIMIC-IV-ECG v1.0（12 导联心电）三库按 hadm_id 与 subject_id 对齐后筛选，仅保留三模态齐全且满足时间窗的住院 15

电子健康记录医保理赔真实世界数据

Komodo Healthcare Map — 美国患者级理赔数据平台

["3.3 亿+去标识化患者""1 万亿+关联记录""2015 年至今""商业许可获取"]3.3 亿+ 去标识化患者（美国为主，另含加拿大）

覆盖 3.3 亿+美国患者的去标识化纵向真实世界数据平台 · 1 万亿+关联记录

name: "Komodo Health, Inc." url: "https://www.komodohealth.com" 52

神经科学公共卫生与流行病学脑影像队列研究阿尔茨海默病

AIBL — 澳大利亚老龄化影像与生活方式纵向队列

约 3,045 名受试者18 个月间隔 8 次随访MRI+PET 多示踪剂影像血液与 CSF 生物标志物LONI IDA 申请获取约 3,045 名受试者（官网口径，截至 2023-02）

1,112 人起始队列、最长 15 年随访的 AD 影像-血液-生活方式多模态纵向队列

AIBL Research Group（CSIRO / 墨尔本大学 / Edith Cowan University 等） url: https://aibl.org.au/ 96

电子健康记录公共卫生与流行病学真实世界数据疾病监测评测基准

ARMD-MGB 抗菌药耐药微生物学数据集

EHR 结构化数据实验室检验结果时序数据凭证访问22.5 万余名成人患者（匿名标识 anon_id 取值 1–226,659）；培养记录 97 万余次（order_proc_id_coded 1–970,165）；就诊记录 1–497,096

波士顿十二家医院 2015–2024 年 22.5 万余名成人、97 万余次微生物培养的药敏与临床元数据，把耐药表型、耐药酶类与用药史拼成可计算的长表

Mass General Brigham（新英格兰地区 12 家学术与社区医院）2015–2024 年临床微生物实验室培养与抗菌药物敏感性试验结果，关联同期用药、人口学与就诊记录，去标识化后经 PhysioNet 凭证发布 28

医学影像医学问答与基准手术视频评测基准

SERV-CT — 立体内镜 3D 重建验证基准

16 组立体对720×576 PNG16-bit 视差深度图CC BY 4.0 免费下载2 只猪尸体样本2 只 ex vivo 小型猪尸体(16 组立体对,非人类患者)

16 组锥形束 CT 参考立体对,免费开放的内镜 3D 重建验证基准

University College London (UCL WEISS) url: https://rdr.ucl.ac.uk/articles/dataset/SERV-CT_A_disparity_dataset_from_cone-beam_CT_for_validation_of_endoscopic_3D_reconstruction/26352199 56

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