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数据标签

医学影像 AI-Ready 数据集

电子病历与文本数据集

病灶分割与标注数据集

共 1332 个数据集

CPIC — 把基因型翻译成剂量的那一层
基因组学与多组学电子健康记录医学问答与基准

CPIC — 把基因型翻译成剂量的那一层

132 个基因324 种药物29 部指南2,115 条推荐112,820 条双倍型开放式 REST无需注册不适用(指南与推荐表,无真实患者记录)

132 个基因、324 种药、29 部指南、2,115 条推荐:它不做研究,只做一件事——把文献里的证据定级,然后落成一句「该加量、减量、还是换药」

Rfam — 4,227 个 RNA 家族,每个家族一个协方差模型
基因组学与多组学医学问答与基准多模态

Rfam — 4,227 个 RNA 家族,每个家族一个协方差模型

4,227 个家族151 个 clan109,390 条种子序列协方差模型二级结构INFERNALCC0 许可不适用(RNA 家族模型库,无个体数据)

十个种子序列、一个协方差模型、一份共识二级结构:Rfam 是 RNA 世界的 Pfam,它不给你序列清单,给你的是「怎么在基因组里找出这个家族」的搜索器

RNAcentral — 六千万条非编码 RNA,四成是 rRNA
基因组学与多组学多模态医学问答与基准

RNAcentral — 六千万条非编码 RNA,四成是 rRNA

60,054,521 条序列56 个专家库113 万物种URS 统一标识MD5 去重rRNA 39.6%CC0 许可不适用(RNA 序列参考库,无个体数据)

60,054,521 条序列、56 个专家库、110 万个物种:它不产生数据,只做一件事——把同一个 RNA 分子在不同库里的十几个编号,归并成一个 URS

NeuroVault — 71 万张脑成像统计图,7.6% 的集合有 DOI
神经科学多模态医学问答与基准

NeuroVault — 71 万张脑成像统计图,7.6% 的集合有 DOI

18,020 个集合715,894 张统计图18 个模板图谱99.5% 是统计图CC0 许可COBIDAS 元数据REST API 全开放不适用(组水平统计结果,非个体数据)。但注意:单被试统计图(抽样 7.6%)理论上在极端情况下可能含可识别信息,NeuroVault 未做去标识声明

18,020 个集合、715,894 张图、18 个模板图谱:这是全球最大的脑成像「结果图」公共库,存的是 z/t/F 值不是原始影像,也是「拿别人的结论当数据」最容易翻车的地方

Complex Portal — 两万个蛋白复合物,写着每个零件有几个
基因组学与多组学药物发现与化学多模态

Complex Portal — 两万个蛋白复合物,写着每个零件有几个

20,580 个蛋白复合物27 个物种化学计量PSI-MI 标准人类 2,436 个FTP 全量 TSVXMLWeb Service 单条 JSON不适用(蛋白复合物参考目录,无个体层级数据)。疾病关联字段指向的是孟德尔遗传病与肿瘤,不是患者个体

20,580 个复合物、27 个物种、人类占 2,436 个:这是目前唯一一个把「化学计量」写进数据的蛋白机器目录,也是 STRING 与 IntAct 都缺的那一层

GBIF — 四十亿条物种出现记录,七成七是动物,一成二是公民科学
公共卫生与流行病学基因组学与多组学多模态微生物组

GBIF — 四十亿条物种出现记录,七成七是动物,一成二是公民科学

3,983,162,286 条出现记录124,867 个数据集3,651 个发布机构48,872,354 个物种Darwin Core 标准169 个参与节点API 全开放不适用(物种出现记录,无人类个体数据)。但需注意:濒危物种的精确坐标可能被用于盗猎或非法采集,GBIF 对敏感物种提供坐标模糊化机制

3,983,162,286 条记录、124,867 个数据集、48,872,354 个物种:这是全世界最大的生物多样性出现记录网络,也是唯一一个靠博物馆标本和手机照片共同撑起来的库

ENA — 八十拍字节的核酸总账,四千万次测序的入口
基因组学与多组学公共卫生与流行病学微生物组多模态

ENA — 八十拍字节的核酸总账,四千万次测序的入口

1,098,568 项研究55,877,279 个样本44,433,186 次运行80.7 PBINSDC 欧洲节点四层记录模型FTP + Portal API开放下载不适用(通用序列档案)。但需注意:人类受控访问数据在 EGA(European Genome-phenome Archive),不在 ENA 公开层;ENA 公开层的序列不含可识别个人身份的信息,但部

1,098,568 项研究、55,877,279 个样本、44,433,186 次测序运行:INSDC 欧洲节点,从 1980 年的一条序列长到今天

IMGT — 十二万条等位基因的命名权威,没有 API
基因组学与多组学变异与注释蛋白质组学药物-靶点相互作用

IMGT — 十二万条等位基因的命名权威,没有 API

12,922 个基因18,322 个等位基因42 个物种251,706 条 LIGM-DB 序列无 REST APICC BY 4.0开放下载目录不适用(免疫遗传学参考库,无个体记录;LIGM-DB 的 251,706 条序列是公开登记的序列,不含可识别个人身份的信息)

12,922 个基因、18,322 个等位基因、42 个物种:从 1989 年起,谁有资格给一个抗体基因命名,归这个库说了算

Alliance of Genome Resources — 九物种联盟,五成七是重复行
基因组学与多组学变异与注释多模态知识图谱

Alliance of Genome Resources — 九物种联盟,五成七是重复行

56,677,795 个实体1,909,959 条表型注释(去重后)51,188,465 条变异23.04 GB 下载9 个物种8 个成员库100% 挂 PMID开放 S3 桶不适用(模式生物参考库,无人类个体级记录;HUMAN 轴为基因-疾病注释,非队列数据)

56,677,795 个实体、1,909,959 条表型注释、23.04 GB 下载:八个模式生物库合并成一个库之后,字段统一了,语义没有

BV-BRC — 一千七百万个病原基因组,九成是病毒
基因组学与多组学变异与注释公共卫生与流行病学微生物组

BV-BRC — 一千七百万个病原基因组,九成是病毒

17,061,503 个基因组8,955,936,565 条基因组特征869,000,661 条专项基因17,634,751 条 AMR 记录免注册 APIFTPS 分发持续更新不适用(病原基因组库,无个体患者记录;含 2,237,561 条监测样本与 148,106 条血清学结果,但不含可识别个人身份的信息)

17,061,503 个基因组、89.6 亿条注释特征、8.69 亿条专项基因:NIAID 把细菌与病毒两个数据库焊在一起之后,数据长成了什么形状

MGI — 小鼠成为人类疾病模型的那本账
基因组学与多组学变异与注释知识图谱

MGI — 小鼠成为人类疾病模型的那本账

75,252 个基因141,808 个突变等位基因415,358 条表型注释66,340,659 个 RefSNPCC BY 4.0 许可季度更新免注册直下不适用(小鼠模式生物库,无个体动物记录,无人类患者数据)

75,252 个基因、141,808 个突变等位基因、415,358 条表型注释:一个只服务一个物种、却支撑半个生物医学的知识库

IPD-IMGT/HLA — 免疫遗传学的命名权威
基因组学与多组学变异与注释知识图谱

IPD-IMGT/HLA — 免疫遗传学的命名权威

47,424 个等位基因346 MB 扁平文本CC BY-ND 许可季度更新免注册直下JSON API 无鉴权不适用(等位基因参考库,含 78,489 条细胞系记录,无患者级数据)

47,424 个官方命名的 HLA 等位基因:从 1998 年的 964 个到今天的超多态体系

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