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乳腺阳性影像数据集

乳腺钼靶阳性病例影像数据，覆盖肿块、钙化等典型征象，面向乳腺 AI 辅助筛查模型训练。

TCT 宫颈细胞学数据集

液基薄层细胞学（TCT）数字图像，含阴阳性判读结果，适配宫颈癌细胞学筛查模型。

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医学影像 AI-Ready 数据集

CT MRI 病理 X光

电子病历与文本数据集

电子病历病历文本

病灶分割与标注数据集

病灶分割数据标注

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共 1665 个数据集

基因组学与多组学电子健康记录医学问答与基准

CPIC — 把基因型翻译成剂量的那一层

132 个基因324 种药物29 部指南2,115 条推荐112,820 条双倍型开放式 REST无需注册不适用（指南与推荐表，无真实患者记录）

132 个基因、324 种药、29 部指南、2,115 条推荐：它不做研究，只做一件事——把文献里的证据定级，然后落成一句「该加量、减量、还是换药」

[{'@type': 'DataCatalog', 'name': 'CPIC API', 'url': 'https://api.cpicpgx.org/v1/'}, {'@type': 'DataCatalog', 'name': 'ClinPGx（CPIC 现归属站点）', 'url': 'https://www.clinpgx.org/cpic'}] 51

基因组学与多组学医学问答与基准多模态

Rfam — 4,227 个 RNA 家族，每个家族一个协方差模型

4,227 个家族151 个 clan109,390 条种子序列协方差模型二级结构INFERNALCC0 许可不适用（RNA 家族模型库，无个体数据）

十个种子序列、一个协方差模型、一份共识二级结构：Rfam 是 RNA 世界的 Pfam，它不给你序列清单，给你的是「怎么在基因组里找出这个家族」的搜索器

[{'@type': 'DataCatalog', 'name': 'Rfam FTP', 'url': 'https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Rfam/'}, {'@type': 'DataCatalog', 'name': 'Rfam 网站与 API', 'url': 'https://rfam.org/'}] 25

基因组学与多组学多模态医学问答与基准

RNAcentral — 六千万条非编码 RNA，四成是 rRNA

60,054,521 条序列56 个专家库113 万物种URS 统一标识MD5 去重rRNA 39.6%CC0 许可不适用（RNA 序列参考库，无个体数据）

60,054,521 条序列、56 个专家库、110 万个物种：它不产生数据，只做一件事——把同一个 RNA 分子在不同库里的十几个编号，归并成一个 URS

[{'@type': 'DataCatalog', 'name': 'RNAcentral API', 'url': 'https://rnacentral.org/api/v1/'}, {'@type': 'DataCatalog', 'name': 'RNAcentral FTP', 'url': 'https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/RNAcentral/'}] 28

神经科学多模态医学问答与基准

NeuroVault — 71 万张脑成像统计图，7.6% 的集合有 DOI

18,020 个集合715,894 张统计图18 个模板图谱99.5% 是统计图CC0 许可COBIDAS 元数据REST API 全开放不适用（组水平统计结果，非个体数据）。但注意：单被试统计图（抽样 7.6%）理论上在极端情况下可能含可识别信息，NeuroVault 未做去标识声明

18,020 个集合、715,894 张图、18 个模板图谱：这是全球最大的脑成像「结果图」公共库，存的是 z/t/F 值不是原始影像，也是「拿别人的结论当数据」最容易翻车的地方

[{'@type': 'DataCatalog', 'name': 'NeuroVault API', 'url': 'https://neurovault.org/api/'}, {'@type': 'DataCatalog', 'name': 'NeuroVault 网页检索', 'url': 'https://neurovault.org/images/'}] 28

基因组学与多组学公共卫生与流行病学微生物组多模态

ENA — 八十拍字节的核酸总账，四千万次测序的入口

1,098,568 项研究55,877,279 个样本44,433,186 次运行80.7 PBINSDC 欧洲节点四层记录模型FTP + Portal API开放下载不适用（通用序列档案）。但需注意：人类受控访问数据在 EGA（European Genome-phenome Archive），不在 ENA 公开层；ENA 公开层的序列不含可识别个人身份的信息，但部

1,098,568 项研究、55,877,279 个样本、44,433,186 次测序运行：INSDC 欧洲节点，从 1980 年的一条序列长到今天

[{'@type': 'DataCatalog', 'name': 'ENA FTP', 'url': 'https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/ena/'}, {'@type': 'DataCatalog', 'name': 'EBI Search（官方索引口径）', 'url': 'https://www.ebi.ac.uk/ebisearch/ws/rest/sra-run'}] 32

基因组学与多组学变异与注释多模态知识图谱

Alliance of Genome Resources — 九物种联盟，五成七是重复行

56,677,795 个实体1,909,959 条表型注释（去重后）51,188,465 条变异23.04 GB 下载9 个物种8 个成员库100% 挂 PMID开放 S3 桶不适用（模式生物参考库，无人类个体级记录；HUMAN 轴为基因-疾病注释，非队列数据）

56,677,795 个实体、1,909,959 条表型注释、23.04 GB 下载：八个模式生物库合并成一个库之后，字段统一了，语义没有

[{'@type': 'DataCatalog', 'name': 'Alliance of Genome Resources 下载站', 'url': 'https://download.alliancegenome.org/'}] 31

基因组学与多组学变异与注释知识图谱

IPD-IMGT/HLA — 免疫遗传学的命名权威

47,424 个等位基因346 MB 扁平文本CC BY-ND 许可季度更新免注册直下JSON API 无鉴权不适用（等位基因参考库，含 78,489 条细胞系记录，无患者级数据）

47,424 个官方命名的 HLA 等位基因：从 1998 年的 964 个到今天的超多态体系

IPD-IMGT/HLA（EMBL-EBI / Anthony Nolan Research Institute） url: https://www.ebi.ac.uk/ipd/imgt/hla/ 45

公共卫生与流行病学生物医学文献调查数据

Dryad — 论文附录数据的第一落点

65,786 个已发布数据集50,000,000+ 文件CC0 1.0 全库强制DOI 前缀 10.5061免注册直下JSON API 无鉴权不适用（通用存储库，收录 65,786 个独立数据集）

CC0 强制的通用数据存储库：2024/25 财年 65,786 个已发布数据集、5,000 万+ 文件、全部 DOI 化

Dryad Digital Repository url: https://datadryad.org 33

神经科学生理信号脑电信号多模态

SpikeInterface — 细胞外电生理统一分析框架

MIT 许可58 个 PyPI 版本23 个 spike sorter17 个外部 sorter4 个内部 sorter0.105.3 当前版Python 3.10+10 种以上格式0

23 个 spike sorter、一个接口，和两次让旧代码全部失效的版本变更

ETH Zurich、University of Edinburgh、CNRS Lyon、Flatiron Institute、Allen Institute for Brain Science 等机构联合开发；代码托管于 github.com/SpikeInterface/spikeinterface；发布渠道 PyPI 34

神经科学生理信号脑电信号多模态

IBL Brain-Wide Map — 小鼠全脑决策活动图谱

12 个实验室139 只小鼠459 个 session699 次探针插入62.2 万个单元7.5 万个良品单元279 个脑区AWS 公开桶0

12 个实验室、139 只小鼠、69.9 万次探针插入，拼出一张全脑活动图

国际脑实验室（International Brain Laboratory）联合建设，12 个实验室贡献数据；存储由 AWS Open Data 计划承担（桶 ibl-brain-wide-map-public，us-east-1）；访问入口 internationalbrainlab.org 36

神经科学生理信号电子健康记录多模态

DANDI Archive — 神经电生理数据联邦档案库

NWB 格式BIDS 格式OME-Zarr上千个 dandisets版本化数据集CC-BY-4.0元数据 CC0单文件 5 TB 上限embargo 6 个月0

它不是一个数据集，是上千个数据集的容器。首页写着一千零五十九个、九百二十二太比特，同一个站的 API 却报九百三十八、一千二百零九；四个官方来源给出四个规模数字。这个库真正值得学的是它怎么把「版本」和「许可」做成硬约束

美国 BRAIN Initiative 资助；分布式档案库由劳伦斯伯克利国家实验室、MIT、CatalystNeuro 等机构联合建设；存储由 AWS Open Data 计划承担；访问入口 dandiarchive.org 37

生理信号脑电信号癫痫队列研究

EPILEPSIAE — 欧洲癫痫长程脑电数据库

长程脑电监测颅内脑电发作预测四段时刻标注空间扩散标注症状学描述表面与颅内双模态术前评估275

三家医院、二百七十五名术前监测患者、四万五千小时连续脑电。它比此前所有公开脑电库加起来大两个数量级，却从不免费——按数据集个数分档售卖，两万五千欧元起。这份数据库真正稀缺的不是规模，是把一次发作拆成四个时刻的那种标注方式

德国弗莱堡大学医院癫痫中心、葡萄牙科英布拉大学医院、法国巴黎 Pitié-Salpêtrière 医院；欧盟第七框架计划 EPILEPSIAE 项目（Grant 211713）资助；现行由弗莱堡大学医学中心 Campus Technologies Freiburg 运营 35

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