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医学影像 AI-Ready 数据集

CT MRI 病理 X光

电子病历与文本数据集

电子病历病历文本

病灶分割与标注数据集

病灶分割数据标注

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图像分类目标检测语义分割

共 1627 个数据集

视觉问答医学问答评测基准手术视频医学影像

MedVidQA — 医学教学视频问答与时序答案定位数据集

3,010 个问答899 个医学教学视频95.71 小时视频MedVidCL 6,117 视频时序答案时间戳不适用（医学教学视频问答数据集，非患者队列）

3,010 个健康问答 / 899 个医学教学视频 / 95.71 小时的医学视频视觉答案定位基准

U.S. National Library of Medicine (NLM), NIH url: https://github.com/deepaknlp/MedVidQACL 28

基因组学与多组学变异与注释知识图谱生物医学文献

Sequence Ontology — 基因组注释的序列本体受控词表

ontologycontrolled-vocabularygenome-annotationgff3owlobosequence-featurevariant不适用（本体/受控词表，无患者数据）

约 2,752 个类、50 个对象属性的开放本体，是 GFF3 规范与 Chado 数据库的术语底座

Sequence Ontology（官网 http://www.sequenceontology.org/ 与 OBO Foundry 条目 obofoundry.org/ontology/so.html） url: http://www.sequenceontology.org/ 30

医疗NLP临床文本命名实体识别关系抽取肿瘤学

THYME — 临床时间表达式语料

约 172,800 个标注单元1,254 份去标识病历Anafora XML + 纯文本标注层 GitHub 公开正文需 Mayo DUA1,254 份去标识病历（Clinical TempEval 子集为 200 患者 × 3 文书）

Mayo Clinic 1,254 份病历的时间标注语料，SemEval 官方基准

Mayo Clinic（THYME 项目，与科罗拉多大学博尔德分校等合作） url: https://github.com/stylerw/thymedata/ 43

基因组学与多组学代谢组学转录组

MetaboLights — 代谢组学开放研究存档

20,575 项研究存档公开研究 3,375 项参考化合物 33,253 个数据总量 348.65 TBISA-Tab + mzML 格式免费开放获取样本 1,737,199 份（全库跨物种，截至 2026-09）

3,375 个公开代谢组学研究 + 33,253 参考化合物的 EMBL-EBI 开放存档

EMBL 欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI） url: https://www.ebi.ac.uk/metabolights 84

医学影像基因组学与多组学MRIX光影像脑肿瘤

REMBRANDT — 胶质瘤影像与基因组配对数据集

110,020 张 MR 图像130 例 MRI 患者671 例基因组临床患者10.59 GB DICOM874 例分子标本受控影像+公开组学130 例（MRI）；671 例（基因组/临床）

130 例胶质瘤 MRI 配对 671 例基因组临床数据的放射组学奠基数据集

National Cancer Institute（现由 Georgetown University ICBI 与 TCIA 托管） url: https://www.cancerimagingarchive.net/?p=43429 67

睡眠信号临床电子病历队列研究儿科生理信号电子健康记录

NCH Sleep DataBank — 全美儿童医院儿科睡眠 PSG 与 560 万条纵向 EHR

3984 份儿科 PSG3673 名唯一患者560 万条 EHR 记录2017–2019资质访问Natus Sleepworks3673 名唯一儿科患者（3984 份 PSG 睡眠研究）

3984 份儿科多导睡眠图研究、3673 名唯一患者，2017–2019 年真实临床采集，附 560 万条纵向临床数据

Nationwide Children's Hospital（全美儿童医院）Abigail Wexner Research Institute url: https://physionet.org/content/nch-sleep/ 39

基因组学与多组学测序数据公共卫生与流行病学

NCBI SRA 测序档案

3,100 万+ 公共文件47 PB+ 原始 readsINSDC 三节点云原生 AWS+GCPRNA-seq counts 日更公共数据开放（去标识化；受控人类数据约三分之一需 dbGaP 批准）

3,100 万+ 公共文件 · 47 PB+ 原始测序数据：世界最大公共测序档案的云原生取数与重分析指南

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/ 65

生理信号语音信号COVID-19

COUGHVID — 全球最大众包咳嗽音数据集

超过 30,000 条咳嗽录音（v3）约 2.3 GB ZIP4 位医师标注 2,800+ 条125 个国家地区CC BY 4.0 开放下载超过 25,000 条录音提交（Sci Data 论文口径），Zenodo v3 累计超过 30,000 条

超过 25,000 条众包咳嗽录音，4 位医师标注 2,800+ 条专家子集

EPFL Embedded Systems Laboratory (ESL) url: https://zenodo.org/records/7024894 95

生理信号心电信号评测基准心血管疾病真实世界数据

CODE-II — 巴西远程医疗 270 万份 12 导联心电 66 类标注数据集

人工标注时序数据原始数据2,735,269 条 ECG 检查 / 2,093,807 名成人患者（1,663,122 人仅 1 份、430,685 人 2 份以上）；CODE-II-open 15,000 患者第一份检查；C

273.5 万条 12 导联 ECG · 209.4 万成人患者 · 66 类 CODE 诊断标注 · 15,000 患者公开子集 · 8,475 份多专家盲评基准

巴西 Telehealth Network of Minas Gerais（TNMG）远程心电服务原始 12 导联数字心电图（每检查最多 4 条 tracings，7-12 秒，300/500/600/1000 Hz，依采集设备）+ 66 类 CODE 诊断标签（class ID + label）+ 人口学与临床元数据（exam ID、日期、性别、出生日期、自述合并症、检查指征、心电测量值、报告类型） 38

医学影像医学问答与基准内窥镜影像医学图像分割评测基准

CVC-ColonDB — 结肠镜息肉分割经典基准

380 帧结肠镜图像15 段检查序列574×500 像素像素级二值息肉 mask原始版含 1,706 个文件（4 组）研究用途免费获取15 例结肠镜检查（各文献记载 13–15 例不一）

380 帧专家标注结肠镜息肉分割图像，源自 15 段检查序列的单中心经典基准

Computer Vision Center, Universitat Autònoma de Barcelona（CVC-UAB） url: http://mv.cvc.uab.es/projects/colon-qa/cvc-colondb 107

医学影像手术视频医学图像分割

AutoImplant — 颅骨植入体自动设计挑战

630 个 NRRD 文件（2020 届）570+100 个三元组（2021 届 SkullBreak）512×512×Z 二值体素CC BY-NC-SA 4.0 免费获取非患者队列：合成数据共 344 个颅骨（2020 届 210 + 2021 届 134），不含人口学信息

CQ500 合成颅骨缺损基准：210 颅骨 + 670 三元组，MICCAI 两届挑战

Graz University of Technology (TU Graz) — Institute of Computer Graphics and Vision url: https://autoimplant.grand-challenge.org/ 46

医学影像病理图像医学图像分割肿瘤学

CryoNuSeg — 冷冻切片 H&E 核实例分割数据集

10 器官 30 张 512×512 patch三套标注 7,596/8,044/8,251 核Kaggle V7 416.43 MBMIT 许可开放下载官方 10 折器官外推协议30 张冷冻切片 WSI 均来自不同 TCGA 患者（每器官 3 张、不同患者与组织中心）

首个全手工标注冷冻切片核分割数据集：10 器官 30 张 512×512 patch · 三套独立标注 7,596/8,044/8,251 核 · 官方 10 折器官外推基准 Dice 80.3%

Medical University of Vienna / Loughborough University / TissueGnostics GmbH（CryoNuSeg 官方，Kaggle ipateam 团队发布） url: https://www.kaggle.com/ipateam/segmentation-of-nuclei-in-cryosectioned-he-images 37

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