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医学影像 AI-Ready 数据集

CT MRI 病理 X光

电子病历与文本数据集

电子病历病历文本

病灶分割与标注数据集

病灶分割数据标注

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图像分类目标检测语义分割

共 1433 个数据集

医学影像医学图像分割脑影像

TopBrain 2.0 — 全脑 48 类血管分割挑战

人工标注原始数据影像数据90 个标注 volumes（CTA+MRA 血管造影）——50 训练公开（25 对）+40 隐藏测试；48 类标志性脑血管（动脉+静脉）体素标注+中心线口径测量

90 例 48 类全脑血管分割三代挑战家族：TopCoW→TopBrain→临床——nnUNet 80% Dice 基线+污染指标首创+TA36 一模两赛

TopCoW 公开影像（NEJM AI 2026）二次精标——UZH IRB 批准；统一神经解剖学标注方案；40/42/34 标签代数（CTA/MRA/共享）；TA36 36 类 TopAneu 兼容标签；podium Docker 公开 82

医疗NLP多模态生物医学文献

Open-PMC-18M | 生物医学多模态视觉-语言数据集

约 1800 万对图文对放射学显微镜VLP 三模态PMC 来源文献来源数据集

Vector Institute (https://vectorinstitute.ai) | PMC Open Access Subset (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/tools/openftlist/) 94

药物发现与化学医疗NLP药物安全知识图谱虚拟筛选

SIDER — 药物副作用资源数据库

1430 种药物5868 种副作用约 50MB 总下载TSV 格式药物-副作用关联数据库，无患者级数据

1430药物 · 5868副作用 · 14万药-ADR对 · 全球首个机器可读ADR数据库 · EMBL

EMBL Heidelberg — sideeffects.embl.de url: https://sideeffects.embl.de 124

眼科影像医学图像分割图像分类评测基准青光眼

G1020 — 青光眼视盘视杯分割眼底基准数据集

人工标注影像数据原始数据432 患者 / 1,020 张图像（724 健康 + 296 青光眼；每人 1-12 张，无患者横跨两类）

德国 Kaiserslautern 私人诊所 2005-2017 年采集的 1,020 张高分辨率彩色眼底图（432 患者、724 健康/296 青光眼），提供青光眼二分类、视盘/视杯分割、vCDR 与 ISNT 四象限标注，以「无采集约束、贴近真实筛查」著称的青光眼 AI 通用基准

德国 Kaiserslautern 私人临床诊所 2005-2017 年采集的 45° 视野彩色眼底图（.JPG，裁黑边后 1944×2108 至 2426×3007 像素）+ labelme 视盘/视杯边界与边界框标注 JSON + 青光眼临床诊断 + vCDR + ISNT 四象限神经视网膜边缘宽度 36

医学影像X光影像图像分类

image-embeddings-mimic-cxr — 4,096 维胸片嵌入

嵌入向量表示学习TFRecordMIMIC-CXR v2.0.0 全部图像级嵌入（377,110 张 DICOM 逐图 4,096 维向量）

把 37 万张胸片压成 4,096 个数：Google 出品的免 GPU 分类的起点

MIMIC-CXR v2.0.0 DICOM 经 CXR Foundation V1.0 服务生成的嵌入（Google） 47

公共卫生与流行病学全球健康流行病学

Global Burden of Disease (GBD) — 全球疾病负担综合评估面板数据集

375种疾病与伤害88种风险因素204国家+660子国家级覆盖全球204国约80亿人口

375种疾病·88种风险因素·204国·660子国家级·1990-2023·310K+数据源

IHME (Institute for Health Metrics and Evaluation), University of Washington url: https://www.healthdata.org/ 98

医学影像CTX光影像医学图像分割目标检测

前列腺癌病理全切片生化复发预测挑战赛——AI C-index 0.740 撞平病理分级、融合 CAPRA-S 升至 0.799 的诚实刻度样本

Radboudumc 前列腺根治术 H&E WSI（pyramidal TIF，2 TB）——删失生存标签 CSV（event+follow_up_years） 48

医学影像眼科影像医学图像分割图像分类

OIMHS — 黄斑裂孔 OCT 四结构人工分割数据集

人工标注影像数据原始数据3,859 张 OCT B-scan，来自 125 只眼 / 119 例黄斑裂孔患者（女 89 / 男 30，平均 64.1 岁）

3,859 张黄斑裂孔 OCT B-scan 的视网膜/裂孔/囊泡/脉络膜四结构人工分割——3 名初级医师 Clip Studio Paint 独立勾画 + 1 名专家复核生成 ground truth，标注者内 IoU 最高 0.957，数据集 CC0 论文 CC BY-4.0 双许可

浙江省人民医院 2017-01 至 2022-01 采集的黄斑裂孔患者视网膜 OCT B-scan（384×496 / 512×496 / 768×496 三种分辨率）+ 三类解剖结构的像素级人工分割掩码（retina / MH / IRC / choroid，Clip Studio Paint 勾画）+ 患者年龄/性别/MH 分级文本 56

医疗NLP电子健康记录

MIMIC-III NIHSS 标注集 — 卒中量表注释数据

312 例卒中患者2,929 个 NIHSS 条目2,733 条 item-score 关系双人 BRAT 标注 Kappa 0.901MIMIC-III HADM_ID 锚定312 例卒中患者（220 训练 + 92 测试出院小结）

NIHSS Annotations：312 例卒中患者 × 2,929 个量表条目 × 2,733 条条目-分数关系——把自由文本里的神经科评分变成可计算的结构化数值

https://physionet.org/content/stroke-scale-mimic-iii/1.0.0/ 52

生理信号电子健康记录队列研究睡眠信号

MrOS Sleep Study — 老年男性居家 PSG 队列

约 2,911 名老年男性3,933 例整夜 PSG 记录EDFXMLCSV 三类格式免费注册获取6 个美国临床中心2,911 名老年男性（Visit 1 PSG 合格）

2,911 名老年男性居家多导睡眠与长期健康随访队列

美国国家睡眠研究资源（NSRR） url: https://sleepdata.org/datasets/mros 77

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