即取即用的 AI-Ready 医疗数据集库

都灵大学 DeepHealth 项目产物：292 张全切片提取 9,536 个 H&E patch，NORM/HP/TA/TVA 六类分类与腺瘤异型增生分级双任务，两档分辨率揭示'不同病变需不同观察尺度'，官方 ResNet-18 基线 BA 0.46 → 多分辨率级联集成 0.67，CC BY 4.0 于 IEEE DataPort 开放

都灵大学结直肠息肉筛查病人 H&E 全切片（Hamamatsu Nanozoomer S210，20×，0.4415 μm/px）两档视野尺寸 patch（PNG）+ 6 类标签与 4 类 type 的 CSV 元数据（含 WSI 引用、ROI 与 patch 坐标） 58

药物发现与化学化学信息学知识图谱微生物组评测基准

MDAD

5,055 条验证关联1,388 种药物180 种微生物824 株菌株993 篇文献来源GitHub 直链下载不涉及患者（非临床影像/病历数据集；为文献策展的微生物-药物关联对，1,388 药物 × 180 微生物物种层面的关联对集合）

微生物-药物关联数据库：5,055 条临床/实验验证的微生物-药物关联（1,388 药物 × 180 微物），深圳大学与中国矿业大学 2018 年构建，引用超百次的微生物组药物学基准，官网已失效、数据仅存 GitHub 单点

TTD 与 DrugBank 等药物数据库 + 993 篇文献的临床/实验验证关联挖掘（1970s 起），逐条附 PubMed ID、药物分子式或 DrugBank 链接、微生物菌株与 Uniprot 靶点注释 46

医学影像MRI医学图像分割挑战赛数据集儿科

LISA 2025

人工标注影像数据原始数据79 例 0.064T 儿科脑 MRI 体积（71 训练 + 8 内部验证 + 12 官方验证）；Task 1 QA 首届口径 432 扫描/144 名受试者（+42/14 验证、27/9 隐藏测试）

MICCAI 2025 第二届低场强儿科脑 MRI 分割与质控挑战赛暨全球首个公开超低场（0.064T）儿科脑数据集：79 例 Hyperfine SWOOP 床旁 MRI、七类伪影 QA 与海马/基底节分割双任务，乌干达-南非-美国低资源网络采集，LNCS 16411 开放获取

Hyperfine SWOOP 0.064T 永磁便携式超低场儿科脑 T2 MRI（三正交方向采集，TR 1.5s/TE 5ms/TI 400ms，超分辨率重建 1.0×1.0×1.0 mm³ 等向）+ 体素级分割标注（双侧海马、双侧尾状核、豆状核、双侧侧脑室）+ 七类伪影 QA 分级标签；Synapse 托管 40

医学影像病理图像转录组肿瘤学

HEST-1k — 病理×空间转录组配对库

1,229 个 ST 样本配对 WSI210 万表达-形态对超 7,640 万细胞核全量超 1 TBH5ADTIFFH5Parquet1,229 个空间转录组样本（153 个独立队列，26 个器官）

1,229 个 ST 样本与 H&E 全切片一一配对，210 万表达-形态对覆盖 153 队列

Mahmood Lab（哈佛医学院 / Mass General Brigham） url: https://huggingface.co/datasets/MahmoodLab/hest 59

医学影像CTMRI医学图像分割挑战赛数据集脑影像

TopCoW Challenge — 面向 CT 与 MR 血管造影的 Willis 环拓扑感知分割

CTAMRA血管分割多类分割拓扑指标像素级标注配对影像226

TopCoW Challenge：Willis 环多类血管分割与拓扑感知评测数据集（CTA + MRA）

TopCoW Challenge (https://topcow23.grand-challenge.org/ ; https://topcow24.grand-challenge.org/) + Zenodo 存档 15692630 / 15665435 + arXiv:2312.17670 54

医疗NLP语音信号临床文本电子健康记录评测基准

PriMock57 — 模拟基层问诊多模态语料

语音数据文本数据人工标注57 名扮演患者（actor）；7 名临床医生；5 名评估 GP。全部为模拟问诊，无真实患者参与。

57 场模拟基层医疗问诊的公开多模态数据集——8 小时 38 分双声道音频、人工逐句转写与临床 SOAP 记录三件套，附 5 名全科医生的人类评估标注与 18 项自动指标相关性研究，成为会话式医疗 ASR 与问诊记录生成两大任务的通用基准

Babylon Health + University of Aberdeen 采集的 57 场模拟基层医疗问诊（5 天 / 7 名临床医生 / 57 名员工扮演患者），包含：双声道 WAV 音频（16bit/16kHz，医生与患者分轨）、Praat TextGrid 人工逐句转写、57 份 JSON 格式 SOAP 问诊记录、病例卡与咨询核对清单、以及 5 名全科医生的人类评估标注（后期编辑 / 错误陈述 / 遗漏）与 18 项自动指标分数。 45

眼科影像多模态影像图像分类青光眼糖尿病视网膜病变

Harvard-FairVision — 首个 2D+3D 眼科公平性大规模数据集

30,000 名受试者SLO 眼底 + OCT B-scan 双模态约 600 GBCC BY-NC-ND 4.0,6 个身份属性30,000 名受试者

30,000 名受试者的 SLO 眼底 + OCT 双模态影像与六维人口学属性的公平性研究平台

Harvard Ophthalmology AI Lab, Department of Ophthalmology, Harvard Medical School url: https://huggingface.co/datasets/harvardairobotics/FairVision 42

医学影像医学图像分割脑影像挑战赛数据集心血管疾病

Cerebral Artery Segmentation Challenge 2023 — 首届脑动脉 TOF-MRA 分割挑战赛与 100 例公开标注

人工标注影像数据原始数据训练集 100 例（有标注）+ 测试集 50 例（隐藏标签）= 150 例；患者级数量未披露

MICCAI 2023 首届脑动脉分割挑战赛：100 例训练 3D TOF-MRA、各向同性 1mm、单类二值动脉标注、14,349 张切片；50 例隐藏测试集四指标加权排名（DSC/AHD×全域/狭窄区），冠军 PhiWCH 0.88284；清华+华盛顿大学联合组织，Zenodo 与 CodaLab 许可口径不一致

有症状性颅内动脉狭窄患者的 3D TOF-MRA（各向同性 1mm 重采样，尺寸 208×320×96 至 784×784×255）+ 脑动脉二值分割掩码；.nii.gz，nnUNet 目录结构 49

医学影像乳腺影像X光影像图像分类医学图像分割评测基准

Breast Cancer Digital Repository — 葡萄牙波尔图乳腺 X 光多源病案影像库

病灶级标注多边形分割掩码BI-RADS 分类临床电子病历多设备异构灰度 TIFF 影像1010

BCDR：胶片与全视野数字乳腺摄影双子库、BI-RADS 病灶分割与临床史三合一的老牌 CADx 基准

Breast Cancer Digital Repository (BCDR) — CETA-CIEMAT / INEGI / FMUP-HSJ 共建，IMED 项目与 ALOE 平台支持 url: https://www.qianfanghub.com/ai-ready-dataset/bcdr 48

医学影像内窥镜影像手术视频图像分类目标检测评测基准

Galar — 大规模多标签视频胶囊内镜数据集

人工标注影像数据原始数据多标签标注80 段 VCE 视频（自 449 段记录中预选，仅含病理发现者；患者级计数论文未披露）

德国德累斯顿 80 段视频胶囊内镜、351 万逐帧标注帧、29 类技术/解剖/病理标签——跨两中心三型胶囊系统、5 名标注员交叉验证，迄今规模最全面的 VCE 多标签数据集，figshare+ 以 CC BY 4.0 公开约 580GB

德国两中心视频胶囊内镜录像（2011-08 至 2023-03）：Olympus™ Endocapsule 10 System（336×336，22 视频/2,750,514 帧）+ PillCam™ SB2/SB3/Colon2（512×512，58 视频/763,025 帧）；逐帧标注为 29 类技术/解剖/病理标签；7-Zip 压缩发布约 580GB 52

医学影像医学图像分割图像分类评测基准

PFUS1 — 盆底经会阴超声八结构分割数据集

人工标注影像数据原始数据101–110 例（四方口径：Zenodo/GitHub 110｜论文摘要/官方页 111｜Table 1 101｜目录 102 folders）

PFUS1 是塞维利亚大学发布的盆底经会阴超声中矢状面 Valsalva 动作视频数据集：101–110 例患者、8 个盆底解剖结构逐帧分割掩码、Canon Aplio i700 采集、700×500 帧、CVAT 标注，附 FPN+ResNet50 基准（DSI 0.79），CC BY 4.0 于 Zenodo 公开直链。

塞维利亚大学（Universidad de Sevilla）与 Valme 大学医院：盆底经会阴超声中矢状面 Valsalva 动作视频逐帧 PNG 序列 + 8 结构 JSON 分割掩码（CVAT 标注） 45

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Duke DME OCT 数据集 — Chiu 2015 视网膜层与水肿分割基准

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