医疗 AI-Ready 训练数据集库（上万即取即用）

致力于为医疗 AI 研究人员找到合适的数据集。已收录 2,043 个 AI-Ready 数据集，覆盖医学影像、电子病历与文本、病灶分割与标注等多模态数据。

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千方医数集 · 商业级 AI-Ready 数据集

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乳腺钼靶影像与病灶标注数据集

四体位乳腺钼靶 DICOM 影像，配病灶检出框与像素级分割掩膜，标签按 BI-RADS 术语组织。

TCT 宫颈细胞学数据集

液基薄层细胞学（TCT）数字图像，含阴阳性判读结果，适配宫颈癌细胞学筛查模型。

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医学影像 AI-Ready 数据集

CT MRI 病理 X光

电子病历与文本数据集

电子病历病历文本

病灶分割与标注数据集

病灶分割数据标注

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图像分类目标检测语义分割

共 1813 个数据集

药物发现与化学虚拟筛选肿瘤学

NCI-ALMANAC — 抗癌药联用筛选数据库

104 种 FDA 抗癌药5,232 个药物对60 个 NCI-60 细胞系2,809,671 个剂量组合观测免费公开下载不适用（体外细胞系数据，无人类受试者）

104 种 FDA 抗癌药 × 5,232 药物对 × NCI-60，281 万剂量组合点

美国国家癌症研究所（NCI）Developmental Therapeutics Program（DTP） url: https://dtp.cancer.gov/ncialmanac 82

电子健康记录重症监护时序数据

MIMIC-IV-ED — 急诊科临床数据库

约 0.5GB CSV42.5 万次急诊就诊2011-2019 年数据星型 6 表结构需 CITI 培训Demo 免认证21 万名患者

全球最大公开急诊科 EHR 数据库 · 42.5 万就诊 · MIMIC-IV 官方急诊模块

MIT 计算生理学实验室 & 贝斯以色列女执事医疗中心 url: https://physionet.org/content/mimic-iv-ed/ 164

基因组学与多组学测序数据微生物组队列研究

American Gut Project — 全球最大公民科学微生物组参考库

15,096 个微生物组样本11,336 名参与者16S V4 测序 + 问卷元数据开放获取11,336 名参与者（15,096 个样本，截至 2017-05）

11,336 名公民科学家贡献 15,096 个 16S 样本的开放人类微生物组参考库

UC San Diego Knight Lab / The Microsetta Initiative url: https://microsetta.ucsd.edu/ 66

医疗NLP药物发现与化学知识图谱代谢组学化学信息学

ChEBI — 生物医学化学实体本体

201,471 条实体（release 244）61,961 条全人工整理>439,000 条跨库交叉引用OWLOBOSDFSQL 开放下载CC BY 4.0 免费获取不适用（化学实体本体，非患者数据）

超 20 万条目手工整理化学实体本体，小分子 AI 研究的语义底座

EMBL-EBI（欧洲生物信息学研究所） url: https://www.ebi.ac.uk/chebi/ 87

基因组学与多组学蛋白质组学变异与注释肿瘤学

VDJdb — TCR 抗原特异性策展库

约 30 MB TSV13 万+ 条记录CC BY-NC 4.0免费开放下载不适用（分子序列级策展库，非患者队列）

10 万+ TCR-表位配对，4 级置信度评分

Institute of Bioorganic Chemistry, Russian Academy of Sciences / Pirogov Russian National Research Medical University url: https://vdjdb.cdr3.net/ 67

基因组学与多组学微生物组测序数据

MGnify — 微生物组分析平台

近 50 万次分析301,808 个基因组REST API + FTP蛋白库 CC0 1.0不适用（样本级平台，非患者级队列）

EMBL-EBI 宏基因组分析平台 · 近 50 万次分析 · 301,808 个基因组

EMBL-EBI（欧洲分子生物学实验室-欧洲生物信息学研究所） url: https://www.ebi.ac.uk/metagenomics/ 42

医学影像眼科影像医学图像分割神经退行性疾病

ROSE — OCTA 视网膜血管分割基准数据集

229 张 OCTA 图像304×304 与 840×840 像素中心线+像素双级标注Zenodo CC BY 免费获取ROSE-1 39 名受试者；ROSE-2 112 只眼

229 张人工标注 OCTA 图像，SVC/DVC 双层微血管中心线与像素双级标注

中国科学院宁波材料技术与工程研究所（NIMTE, CAS）iMED-Lab url: https://imed.nimte.ac.cn/dataofrose.html 98

生理信号电子健康记录睡眠信号队列研究

NSRR — 全球最大开放睡眠研究数据共享平台

50 个数据集9 TB+ 在线数据约 47,841 名个体EDF+XML+CSV 三层格式DAUA 免费申请获取约 47,841 名个体（50 个数据集，截至 2024-01）

50 个数据集 · 9 TB+ 睡眠数据 · 近 4.8 万名受试者

National Sleep Research Resource（NHLBI 资助，Brigham and Women's Hospital 运营） url: https://sleepdata.org 152

基因组学与多组学药物发现与化学代谢组学化学信息学

HMDB — 人类代谢组全景参考库

253,245 条代谢物273 万张谱图61 种生物样本657 种疾病关联CC BY-NC 4.0 开放下载非患者队列：253,245 条代谢物条目（截至 2026-09，含预测/预期层级）

22 万+ 条代谢物、273 万张谱图的全球最大人类代谢组参考库

University of Alberta（阿尔伯塔大学）Wishart 团队 / The Metabolomics Innovation Centre（TMIC） url: https://hmdb.ca/ 140

医学影像眼科影像医学图像分割皮肤影像青光眼骨骼肌肉影像

DRISHTI-GS — 青光眼视盘/视杯分割基准

101 幅眼底照像2896×1944 PNG4 名专家软标注 + CDR约 1.16 GB（镜像）免费非商业申请获取101 幅眼底照像（单眼为单位，患者级数量未单独披露）

101 幅眼底照像 · 4 名专家软标注的视盘/视杯分割基准

IIIT Hyderabad（CVIT / MIP 组）与 Aravind Eye Hospital, Madurai url: http://cvit.iiit.ac.in/projects/mip/drishti-gs/mip-dataset2/Home.php 66

电子健康记录卫生服务研究临床电子病历调查数据重症监护

HCUP-NEDS — 全美急诊样本

约 3,000 万+ 就诊年（未加权）加权估计 1.4 亿+ 就诊年2006–2023 数据年每数据年 1,000 美元CSV + SASStata 装载程序每年约 3,000 万+ 急诊就诊（就诊级记录，非患者级）

全美最大急诊就诊抽样库：每年 3,000 万+ 就诊

Agency for Healthcare Research and Quality (AHRQ) — Healthcare Cost and Utilization Project (HCUP) url: https://www.hcup-us.ahrq.gov/nedsoverview.jsp 78

电子健康记录卫生服务研究医保理赔

HCUP-NIS — 全美住院样本

每年约 700 万条出院记录36 个数据年（1988-2023）加权代表 3,300 万+ 次住院约 760-1,033 MB 压缩 ASCII年付费购买 + DUA 签署获取每年约 700 万名出院患者样本（2023 年 6,743,716 条记录）

全美最大 all-payer 住院出院样本，年约 700 万记录加权代表 3,300 万+ 住院

AHRQ Healthcare Cost and Utilization Project (HCUP) url: https://hcup-us.ahrq.gov/db/nation/nis/ 84

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