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医疗 AI-Ready 训练数据集库（上万即取即用）

致力于为医疗 AI 研究人员找到合适的数据集。已收录 2,151 个 AI-Ready 数据集，覆盖医学影像、电子病历与文本、病灶分割与标注等多模态数据。

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千方医数集 · 商业级 AI-Ready 数据集

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乳腺钼靶影像与病灶标注数据集

四体位乳腺钼靶 DICOM 影像，配病灶检出框与像素级分割掩膜，标签按 BI-RADS 术语组织。

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眼底照相与 OCT 影像数据集

眼底彩照与 OCT 报告图文配对，一眼一报告可回溯，含逐项所见与 AI 辅诊结论。

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医学影像 AI-Ready 数据集

CTMRI病理X光

电子病历与文本数据集

电子病历病历文本

病灶分割与标注数据集

病灶分割数据标注

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图像分类目标检测语义分割

共 1886 个数据集

MedReason — 医学知识图谱引导的 32,682 条可解释思维链数据集
医疗NLP知识图谱医学问答与基准医学问答评测基准

MedReason — 医学知识图谱引导的 32,682 条可解释思维链数据集

文本数据合成数据知识图谱不适用（文本 QA 与推理链数据集，无患者个体）

UCSC-VLAA 用 PrimeKG 知识图谱把 7 个医学 QA 数据集转换为可核查的逐步推理链，产出 32,682 条高质量思维链，微调 MedReason-8B 在 7-8B 参数级达医学推理 SOTA，超越 Huatuo-o1-8B 达 4.2%

7 个医学 QA 数据集的 training split（MedQA/MedMCQA/PubMedQA/MMLU 或 MMLU-Pro/HuatuoGPT-o1/MedXpert/Humanity's Last Exam）经 PrimeKG 医学知识图谱引导生成逐步推理链，质量过滤后 32,682 条 67
MIMIC-Ext-CXR-QBA — 胸片视觉问答的「问题-框-答案」三元组数据集
多模态视觉问答影像-文本对齐X光影像医学问答评测基准

MIMIC-Ext-CXR-QBA — 胸片视觉问答的「问题-框-答案」三元组数据集

影像数据文本数据衍生数据65,317 名患者（Train 64,524 / Val 500 / Test 293）；227,239 项检查、376,175 张图像

从 MIMIC-CXR 的 22.8 万篇放射报告自动构建 42,172,827 条胸片 VQA 问答对——每问附细粒度解剖边界框（正负发现均定位）、层级化整句答案与结构化标签，配套场景图与 ICLR 2026 结构化 VQA 任务基准，PhysioNet 凭证访问

MIMIC-CXR 派生的胸片 VQA 数据集（42,172,827 问答对，源 227,827 篇放射报告 / 377,110 张 MIMIC-CXR-JPG 图像），PhysioNet 凭证访问 52
BAGLS-VF — 喉镜声门与左右声带像素分割数据集
医学影像内窥镜影像医学图像分割语音信号

BAGLS-VF — 喉镜声门与左右声带像素分割数据集

人工标注影像数据原始数据59250 帧视频喉镜影像（沿用 BAGLS 基础帧池，来自 640 段录音、7 家多中心机构）；BAGLS-VF 新增左/右声带两类像素级标注，患者级人数未单独披露

BAGLS 视频喉镜基准的三类像素级扩展——在 59250 帧多中心喉镜影像上把声门单类标注扩为声门区+左声带+右声带三类，半自动标准化协议产出 RGB 标签掩膜，支撑嗓音医学的声门面积量化与声带对称性分析

视频喉镜（videolaryngoscopy）图像帧（约 97% 灰度 + 约 3% 彩色 RGB）+ RGB 编码的三类标签掩膜（声门区/左声带/右声带）+ 标准化半自动标注协议；主托管 Zenodo (10.5281/zenodo.19593658)，祖代 BAGLS 见 Zenodo 10.5281/zenodo.3762320，论文见 BMC Research Notes 10.1186/s13104-026-07972-7 50
PANDA-CMS — 儿童后颅窝肿瘤 MRI 分割与小脑缄默综合征预测数据集
医学影像MRI医学图像分割脑肿瘤儿科肿瘤学

PANDA-CMS — 儿童后颅窝肿瘤 MRI 分割与小脑缄默综合征预测数据集

人工标注影像数据临床数据104 例术前儿童后颅窝肿瘤（description 原文 104 preoperative pediatric posterior fossa tumor MRIs）

104 例术前儿童后颅窝肿瘤 MRI + 分割掩码 + 临床数据的 figshare 公开数据集——面向自动肿瘤分割与小脑缄默综合征（CMS）预测双任务，GPL 3.0+ 软件许可用于数据集的罕见样本；与库内前列腺癌 PANDA（rid 560/27）、panda-plus（rid 640）同名不同体，勿合并

figshare 公开数据集 article id 30281506（doi:10.6084/m9.figshare.30281506.v1）：anonymized_data.zip（术前 MRI + 分割掩码 + 临床数据，含匿名化处理）+ Data Usage Agreement.pdf；版本 v1；发布时点 2025-10-05T16:06:12Z 55
PrimeKG — 哈佛精准医疗知识图谱：129,375 节点与 405 万关系把 20 个医学生物数据源焊成一张图
知识图谱药物发现与化学药物-靶点相互作用基因组学与多组学罕见病

PrimeKG — 哈佛精准医疗知识图谱：129,375 节点与 405 万关系把 20 个医学生物数据源焊成一张图

原始数据文本数据知识图谱129,375 个实体节点（疾病 17,080、蛋白 27,671、生物过程 28,642 等 10 类）；无患者级个体数据

Harvard Medical School Zitnik Lab 构建的精准医疗基础设施——把 DrugBank、MONDO、HPO、GO、Reactome、UBERON 等 20 个数据源经本体调和与实体消解融合为 10 类节点、30 种无向边的异构图，专为药物重定位与多模态 AI 而生，整合数据 CC0 1.0 发放

DrugBank、MONDO、UMLS、HPO、GO、Reactome、UBERON、Entrez Gene、Orphanet、Mayo Clinic、SIDER、DrugCentral、CTD、DisGeNET、Bgee、NCBI Gene、OMIM（2023 扩展）等 20 个医学生物数据源的整合（完整清单与各自角色见正文附录 A） 156
MAVIS — 显微血管吻合术工作流与器械分割视频数据集
医学影像手术视频医学图像分割多模态视觉问答评测基准

MAVIS — 显微血管吻合术工作流与器械分割视频数据集

影像数据人工标注视频数据19 段视频（3 名微血管吻合术外科医生，1 mm 人工血管吻合，配对本操作）；帧级 10,652 帧

KIST 联合高丽大学医学院采集的 19 段显微血管吻合术视频（10,652 帧 @1920×1080）——帧级 6 阶段/4 相位/8 步工作流标注 + 逐帧七类器械像素级分割掩码 + 模板化 VQA，随 SurgMLLMBench 基准发布并 CC BY-NC-4.0 于 HuggingFace 公开直链

KIST Center for Humanoid Research 联合高丽大学医学院采集的 19 段显微血管吻合术操作视频（1920×1080，1 FPS 采样）+ 逐帧三层级工作流标注（6 阶段/4 相位/8 步）+ 像素级多边形器械分割掩码（COCO 格式，七类器械 + 分割 PNG）+ 模板化 VQA 问答对 55
Helsinki Neonatal EEG — 79 例新生儿癫痫脑电秒级专家标注参考集
生理信号脑电信号神经科学癫痫儿科重症监护

Helsinki Neonatal EEG — 79 例新生儿癫痫脑电秒级专家标注参考集

人工标注原始数据时序数据79 例足月新生儿（term neonates）；共识 39 例有发作、22 例无发作

赫尔辛基大学医院 NICU 79 例足月新生儿多通道 EEG，中位 74 分钟、256 Hz、CC BY 4.0 于 Zenodo 公开；3 位专家独立盲标发作秒级起止，共识 39 例有发作 / 22 例无发作，是新生儿癫痫自动检测与观察者间一致性研究的公开金标准

赫尔辛基大学医院 NICU 多通道脑电：79 个 EDF 文件（referential montage、256 Hz、微伏）+ 3 位专家秒级标注（annotations_2017，CSV A/B/C 与 MAT，1 Hz、1=发作/0=非发作）+ clinical_information.csv（性别、出生体重、胎龄、天龄、神经诊断、神经影像所见） 75
CMB-GEC — 癌症登月生物样本库胃食管癌纵向影像病理集
医学影像CT病理图像多模态队列研究肿瘤学

CMB-GEC — 癌症登月生物样本库胃食管癌纵向影像病理集

影像数据病理数据临床数据纵向随访27 名患者（集合页去重口径；Radiology 子表 12 例 / Histopathology 子表 26 例，非加和）

NCI 癌症登月生物样本库九大癌种子集之一：27 名胃食管癌患者的 CT/MR/PET 影像与全切片病理纵向随访集，放射影像 CC BY 4.0 开放、病理切片 NIH 受控访问，托管于 TCIA

NCI Cancer Moonshot Biobank – Gastroesophageal Cancer (CMB-GEC) 队列去标识化放射影像（CT/MR/PT DICOM）+ 全切片病理图像（SVS + JSON 元数据）；关联基因组/表型/临床数据托管 dbGaP，临床子集托管 CTDC，影像另可通过 IDC 访问 68
OCTA-25K-IQA-SEG — 大规模 OCTA 图像质量评估与 FAZ 分割基准
医学影像眼科影像医学图像分割图像分类糖尿病视网膜病变评测基准

OCTA-25K-IQA-SEG — 大规模 OCTA 图像质量评估与 FAZ 分割基准

人工标注影像数据原始数据未披露患者总数；25,665 张 OCTA 图像（10,480 + 14,042 质量评估集 + 1,101 + 1,143 分割集，其中 3×3-1.1k-seg 复用 10k 主集）

中山眼科中心等九作者构建的 25,665 张 OCTA 血管造影图像基准：双任务（图像级质量三分类 Ungradable/Gradable/outstanding + 像素级 FAZ 分割），五骨干 IQA 评测 + nnU-Net 分割，浅层最佳 Dice 0.95/深层 0.89，Zenodo 公开、Topcon Triton SS-OCTA 采集、320×320 统一缩放

中山大学中山眼科中心社区筛查采集的 OCTA en-face 图（Topcon Triton DRI-OCT SS-OCTA，1050 nm，100,000 A-scans/s，统一缩放 320×320），含健康及 DR/糖尿病黄斑水肿/白内障/AMD/CSC 患者；图像级质量三分类标签 + 像素级 FAZ 掩码（Labelme 勾画，3 位眼科医生标注 + 资深医生终审 + 10% 复核）；外部测试集来自四川大学华西医院 66
AGE Challenge — AS-OCT 房角闭合评估
医学影像眼科影像图像分类目标检测挑战赛数据集青光眼

AGE Challenge — AS-OCT 房角闭合评估

人工标注影像数据原始数据199 名患者 / 300 只眼；4800 张标注 AS-OCT 图像（train/val/test 各 1600 张）

MICCAI 2019 联合 OMIA 的首个房角闭合青光眼评估挑战赛：中山眼科中心牵头，4800 张前节 OCT 图、199 名患者、300 只眼，双任务（闭角分类 + 巩膜突定位），4 名眼科医生标注 + 房角镜金标准，现场赛 8 队，最佳定位误差约 10 µm

CASIA SS-1000 OCT（Tomey, Nagoya, Japan）扫频源前节 OCT；每 volume 128 张 B-scan 等距抽 16 张，沿中垂线切成左右房角图，汇总 4800 张 JPG；配单一 XLSX 标注（闭角标签 + 左右巩膜突 X/Y 坐标） 50
Keratoconus Stage Detection — Pentacam 角膜地形图圆锥角膜分期数据集
眼科影像图像分类医学图像分割

Keratoconus Stage Detection — Pentacam 角膜地形图圆锥角膜分期数据集

原始数据临床数据人工标注3162 眼（共 1751 个患者号：1411 人双眼齐备 ×2 + 340 人单眼；PLOS 论文口径为从 12,242 眼中筛选 3,156 眼）

3162 眼 / 448 个角膜地形与断层参数 + 四簇分期标签，源自哈佛 Dataverse 无监督聚类复现数据（PLOS ONE 2018，日本多中心）：库内首个「角膜地形图」条目，用 PCA + 流形学习 + 密度聚类把每只眼归入正常/顿挫型/轻度/晚期四簇，并以 ESI 扩张指数客观校验；CC0 公版许可、匿名直下

日本多中心 CASIA SS-1000 扫频 OCT（Kaggle/第三方另称 Pentacam）角膜地形与断层测量导出的 448 列参数（Ks/Kf/AvgK/CYL/Ecc/Apex/Thinnest/BFS/OSI/CSI/DSI/KCI/KPI/ESI 等），配 4 簇分期标签；数据托管于哈佛 Dataverse（DOI 10.7910/DVN/G2CRMO），Kaggle 再托管为 Keratoconus Stage Detection 44
LISC — 白细胞分割与分类数据库
医学影像病理图像图像分类医学图像分割评测基准

LISC — 白细胞分割与分类数据库

人工标注影像数据原始数据8 名健康受试者外周血；400 张样本取自 100 张显微镜载玻片（五分类主集 242 张）

伊朗德黑兰大学 2010-2011 年发布的外周血涂片白细胞显微图像数据集——720×576 BMP 彩色图像、专家手工核/胞浆分割掩码、血液学家五分类标注，240 余篇论文在 LISC 上横向比拼分割与分类准确率，历久弥新的白细胞图像基准

外周血涂片白细胞显微图像（BMP，彩色 RGB，720×576 px）+ 专家手工核/胞浆二值分割掩码（Ground Truth Segmentation，目录 areaforexpert1）+ 血液学家五分类标签 + 无 GT 附加图像（More Dataset） 84

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