医疗 AI-Ready 训练数据集库（上万即取即用）

致力于为医疗 AI 研究人员找到合适的数据集。已收录 2,151 个 AI-Ready 数据集，覆盖医学影像、电子病历与文本、病灶分割与标注等多模态数据。

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千方医数集 · 商业级 AI-Ready 数据集

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乳腺钼靶影像与病灶标注数据集

四体位乳腺钼靶 DICOM 影像，配病灶检出框与像素级分割掩膜，标签按 BI-RADS 术语组织。

眼底照相与 OCT 影像数据集

眼底彩照与 OCT 报告图文配对，一眼一报告可回溯，含逐项所见与 AI 辅诊结论。

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医学影像 AI-Ready 数据集

CT MRI 病理 X光

电子病历与文本数据集

电子病历病历文本

病灶分割与标注数据集

病灶分割数据标注

按任务类型浏览

图像分类目标检测语义分割

共 1886 个数据集

医疗NLP命名实体识别生物医学文献

NCBI Disease Corpus — 疾病实体标注金标准

793 篇 PubMed 摘要6,892 个疾病提及790 个唯一疾病概念PubTator 纯文本格式公开领域免费下载不适用——文献摘要语料，不含患者级数据

793 篇 PubMed 摘要 · 6,892 个疾病提及 · 医疗 NER 与概念归一化的奠基级金标准

National Center for Biotechnology Information (NCBI), National Library of Medicine, NIH url: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/CBBresearch/Dogan/DISEASE/ 64

公共卫生与流行病学电子健康记录真实世界数据药物安全

openFDA — 美国食品药品监管开放数据中枢

5,500 万+ 条监管记录25+ 个开放端点CC0 公有领域许可JSON API 与压缩包下载季度提取与持续更新2,000 万+ 份药品不良事件报告（FAERS，截至 2026-09）

美国 FDA 全品类监管数据统一 API：5,500 万+ 条记录、25+ 端点、CC0 开放

美国食品药品监督管理局（U.S. Food and Drug Administration） url: https://open.fda.gov/ 129

生理信号语音信号心血管疾病

PhysioNet/CinC Challenge 2016 心音数据集 — 听诊音正常/异常分类基准

3,240 条训练录音764 人隐藏测试 1,277 条308 人2,000 Hz .wav 单导联解压约 1.1 GBODC-By 开放下载训练集 764 名受试者（隐藏测试集另有 308 名）

公开最大心音（PCG）分类基准 · 3,240 条录音 / 764 人 · 2,000 Hz .wav

PhysioNet（MIT Laboratory for Computational Physiology 等） url: https://physionet.org/content/challenge-2016/1.0.0/ 127

医学影像医学图像分割病理图像目标检测肿瘤学

DigestPath — 消化道病理检测与分割基准

687 张印戒细胞检测图872 张结肠镜组织分割图两任务合计 631 名患者XML 边界框 + JPG 掩码签署协议后免费申请631 名患者（印戒细胞 155 名 + 组织分割 476 名，两子任务）

MICCAI 2019 消化系统病理基准：687 张印戒细胞检测图 + 872 张结肠镜组织分割图

商汤科技 / 衡道病理 / 上海交通大学医学院附属瑞金医院 / 西京医院 / 上海市松江区中心医院 url: https://digestpath2019.grand-challenge.org 88

药物发现与化学化学信息学分子生成

Open Reaction Database — 开放化学反应数据库

约 230 万条反应记录USPTO-grants 子集 1.1 GB ParquetCC-BY-SA-4.0 开放许可ProtobufParquet 结构化格式免费开放获取不适用（化学反应数据库，无患者数据）

230 万条开放化学反应，机器可读结构化 schema，AI 驱动合成预测的公共数据底座

Open Reaction Database Project url: https://open-reaction-database.org 83

生理信号神经科学时序数据癫痫脑电信号

Bonn EEG — 经典癫痫脑电分类基准

500 段单通道 EEG每段 23.6 秒173.61 HzASCII TXT 免费下载约 20 MB10 名受试者（5 名健康志愿者 + 5 名癫痫患者）

500 段单通道 EEG 的癫痫检测世界基准，5 组状态 × 23.6 秒

Universitat Pompeu Fabra（巴塞罗那庞培法布拉大学）NTSA 课题组（原始采集：德国波恩大学癫痫学系） url: https://www.upf.edu/web/ntsa/downloads 122

医学影像医疗NLP视觉问答评测基准

OmniMedVQA — 综合医学视觉问答基准

118,010 张医学影像127,995 个多选题12 种影像模态73 个来源数据集JSON 标注 + 原始图像不适用（影像问答评测基准，非患者队列）

118,010 张影像、127,995 个多选题的 12 模态医学 VQA 评测基准

上海人工智能实验室与香港大学（OpenGVLab） url: https://github.com/OpenGVLab/Multi-Modality-Arena 89

医学影像乳腺癌病理图像肿瘤学

TUPAC16 — 乳腺肿瘤增殖 WSI 评分挑战

约 821 张 WSI训练 500 + 测试 321注册后获取H&E SVS 全切片821 例 TCGA-BRCA + 73 例荷兰辅助有丝分裂病例

乳腺 WSI 肿瘤增殖评估标准挑战 · 821 张 WSI · 三大任务

Eindhoven 医学图像分析组 (IMAG/e) / Radboud DIAG url: https://tupac.grand-challenge.org/ 91

医学影像眼科影像医学图像分割皮肤影像骨骼肌肉影像

HRF — 45 幅高分辨率眼底血管分割基准

45 幅 3504×2336 眼底照健康DR青光眼各 15 幅单套专家共识血管金标准双专家视盘定位标注约 73 MB 开放直链下载45 幅眼底图像（健康、DR、青光眼各 15 幅；每幅独立病例）

45 幅 3504×2336 眼底照，健康/DR/青光眼三分组血管分割基准

Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg (FAU), Pattern Recognition Lab url: https://www5.cs.fau.de/research/data/fundus-images/ 79

电子健康记录医疗NLP时序数据重症监护

CCCDB — 中文危重症 ICU 电子病历数据库

约 3.19 GB CSV8,180 例 ICU 住院7,638 名患者10 张关系表凭证化访问7,638 名 ICU 患者（8,180 例住院）

8,180 例 ICU 住院、10 张关系表、约 3.19 GB 中文危重症 EHR

Zhejiang Provincial People's Hospital（浙江省人民医院） url: https://physionet.org/content/zhejiang-ehr-critical-care/ 141

药物发现与化学分子对接虚拟筛选

DUD-E — 分子对接诱饵基准

102 个蛋白靶标22,886 个活性配体（ChEMBL）约 110 万性质匹配诱饵（ZINC1:50）SMILESmol2SDF 三格式 + receptor.pdb不适用（纯小分子-靶标计算基准，无人类受试者数据）

102 靶标 · 22,886 活性物 · 约 110 万性质匹配诱饵的虚拟筛选基准

UCSF Irwin & Shoichet 实验室（加州大学旧金山分校药化系） url: http://dude.docking.org/ 167

电子健康记录药物发现与化学临床电子病历真实世界数据药物安全

CGRD — 中国台湾最大多院区电子病历库

约 500 万门诊患者（2000）约 290 万住院患者（2000）2000 年起每年更新ICD-9/10-CM 编码院内申请审核获取约 500 万门诊与 290 万住院患者样本（2000 年口径）

中国台湾长庚体系约 790 万患者去标识化多院区电子病历研究数据库

长庚医疗财团法人（Chang Gung Medical Foundation, CGMH） url: https://www.cgmh.org.tw 88

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