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医学影像 AI-Ready 数据集

CT MRI 病理 X光

电子病历与文本数据集

电子病历病历文本

病灶分割与标注数据集

病灶分割数据标注

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共 641 个数据集

生理信号脑电信号临床电子病历重症监护神经科学

JSMF ACCESS intraoperative derived EEG data set — 646 例全麻手术术中额部脑电衍生特征与术后谵妄关联数据集

原始数据临床数据生理信号数据646 例手术患者（其中 626 例完成 CAM-ICU 谵妄评估；20 例谵妄结局缺失，占 3.1%；源研究主分析进一步限制至 502 例完整子集）

ACCESS 麻醉学联盟四中心 646 例非心脏全麻手术的术中连续额部脑电，经标准化至 100 Hz 后衍生为谱功率、爆发抑制与涌现轨迹摘要特征，配套 CAM-ICU 术后（PACU）谵妄结局——Jackson S. Moulton Foundation 资助、PhysioNet 受限访问发布，仅含衍生特征不含原始波形

四个医学中心（Emory University Hospital Midtown、Grady Memorial Hospital、Atlanta VA Medical Center、Waikato Hospital）的术中连续额部脑电（临床监测系统采集，Atlanta 站点用 SedLine 250 Hz，统一处理至 100 Hz）衍生特征；含人口学与合并症、麻醉药物剂量与时点、血流动力学、手术特征、CAM-ICU 谵妄结局、恢复指标、住院与再入院结局 30

医学问答与基准电子健康记录医疗NLP临床电子病历挑战赛数据集医学问答

ArchEHR-QA — 患者-电子病历证据落地的问答共享任务数据集

人工标注文本数据问答对167 例病例（PhysioNet v1.4：dev 20 + test 100 + test-2026 47；2025 共享任务实际用 120 例 = dev 20 + test 100）；患者总数

BioNLP 2025 共享任务：让模型回答患者关于自己住院经过的提问，并逐句引用电子健康记录中的临床证据——167 例 ICU/急诊病例（源自 MIMIC-III/IV），双轴评估 Factuality 与 Relevance，冠军 DMISLab 总分 53.7%

自公共健康论坛真实患者提问 + MIMIC-III/IV 派生的 ICU/急诊临床笔记节选；每例含患者叙述式问题、患者问题短语 span 标注、临床医生改写问题、笔记节选逐句切分与句级 relevance 标注（essential/supplementary/not-relevant）、临床医生撰写的带句级引用的参考答案；XML 主数据 + JSON 答案键与映射文件 42

医学影像MRI医学图像分割脑影像脑肿瘤肿瘤学

UCSD-BMETS-Longitudinal — UCSD 脑转移瘤纵向标注多模态 MRI 数据集：300 患者 1,065 时间点治疗前后影像与 BraTS 协议体素级四室分割

影像数据人工标注临床数据原始数据300 患者（167 女 + 133 男）；1,065 个 MRI 时间点（数据表 Studies 列口径 1,066）；每例 2-4 个连续时间点

同机构不同疾病辨析：UCSD 前庭神经鞘瘤纵向（rid 957）是良性听神经瘤，本集是恶性脑转移瘤；与 Yale 脑转移纵向（有纵向无分割）和 BraTS-METS 赛道（有分割偏单时相）三分天下——本集以纵向+多模态+体素级分割三合一卡位

UCSD 医院 2016-2023 年临床 MRI（300 患者，治疗前后纵向）；9 种序列标识（t1c/t1n/t2/t2f/t1postFSE/dwi/adc/swan/asl）；BraTS 协议体素级四室分割（ET label3/NETC label1/SNFH label2/RC label4）；临床 TSV + 数据字典 + MRI Metadata TSV；NIfTI（.nii.gz） 38

医学影像病理图像CT多模态肿瘤学结直肠癌

Cancer Moonshot Biobank — Colorectal Cancer Collection — NCI 癌症登月计划的结直肠癌多模态影像生物样本库子集

影像数据临床数据基因组数据约 102 例受试（集合页口径，含病理受试）；DOI 最新版拆分：放射 44 + 病理 100（版本链口径，见正文双口径存照）

NCI Cancer Moonshot Biobank 结直肠癌影像子集：TCIA 托管，放射七模态（CT/DX/MR/NM/PT/US/XA）+ H&E 全切片病理，约 102 例受试，放射公开 CC BY 4.0、头部受限、病理 CC BY 4.0，基因临床走 dbGaP 受控访问

TCIA 托管的 CMB-CRC 集合：放射影像 DICOM（CT/DX/MR/NM/PT/US/XA 七模态）+ H&E 全切片病理图像（SVS + JSON 元数据）；配套基因、表型与临床数据托管于 dbGaP 与 CTDC；版本链 V1→V9 详见正文附录 44

医学影像病理图像图像分类肿瘤学结直肠癌多模态

CoMPAS GI Histopathology Part 1-2 — 杜克大学 550 张 IBD 胃肠道 H&E 全切片病理图像与去标识化患者元数据开放集

影像数据原始数据临床数据约 550 张 H&E 全切片（~500 GB）；患者级数量未披露；Duke 项目页标注受试年龄 2-21 岁

杜克大学 Syed 实验室 NIH R01DK131491 资助的 CoMPAS 项目首个公开数据分卷——从 Duke BRPC 临床归档取出约 550 张炎症性肠病（克罗恩病/溃疡性结肠炎）H&E 胃肠道全切片，经 BRPC 数字化去标识化后按 CC BY-4.0 挂 Zenodo 开放，文件仍受登录申请门槛管控

Duke BioRepository and Precision Pathology center (BRPC) 临床归档 H&E 胃肠道组织病理全切片（经 DUHS IRB Pro00117942、waiver of consent 取得）+ PRCC honest broker 去标识化的患者元数据（Excel/.csv） 34

医学影像PETCT多模态影像-文本对齐肿瘤学

PETWB-REP — 490 例多癌种全身 FDG PET/CT 中英双语报告配对数据集

影像数据文本数据原始数据衍生数据490 例（195 女 + 295 男；平均年龄 61.4 ± 12.8 岁）；每例含配对 PET/CT 影像 + 报告

上海单中心 2021-2024 回顾性采集的 490 例全身 18F-FDG PET/CT：BIDS 组织、RSNA 匿名器+CtaDeface 双文件去脸、SUVbw 归一与配准衍生、Google 翻译+核医学专家逐份审校的中英双语放射报告配对——面向肿瘤分割、报告生成与影像-文本多模态融合

上海联影（环球）医学影像诊断中心 2021-2024 年常规诊疗回顾性全身 18F-FDG PET/CT（Siemens Biograph 64）+ PACS 导出的中文放射报告（Google 翻译后双语专家审校成英文）——按 BIDS 组织的 NIfTI 原图（去脸匿名）与 SUV/配准衍生影像 + metadata.csv + report_zh.csv + report_en.csv 52

医学问答与基准医疗NLP临床文本电子健康记录评测基准

ER-REASON — 急诊室 LLM 临床推理基准

文本数据临床记录人工标注真实世界数据3,437 患者 / 3,984 次 ER 就诊 / 25,174 份临床笔记（另：194 例 SCT 习题 / 787 SCT 条目 / 2,555 条医师标注 / 72 份专家推理理由）

UCSF 急诊科 25,174 份去标识化纵向临床笔记构建的 LLM 临床推理评测基准：3,437 患者 / 3,984 次就诊 / 194 例脚本一致性测试（SCT）题 / 2,555 条急诊医师标注，凭证访问（PhysioNet DUA）

UCSF 急诊科（2022-03-01 至 2024-03-31）去标识化纵向临床笔记（HIPAA Safe Harbor + Expert Determination 双方法，UCSF Information Commons 执行），经 PhysioNet 凭证访问发布 v1.0.0 48

医学影像MRI脑肿瘤队列研究肿瘤学

Yale Brain Metastases Longitudinal — 耶鲁脑转移瘤纵向 MRI 数据集：1,430 患者 11,892 studies 近 20 年随访四序列影像与临床元数据

影像数据原始数据1,430 例经病理或影像学确认的脑转移患者（TCIA 与论文口径一致）

TCIA 旗下最大公开脑转移瘤纵向 MRI 数据集百科：耶鲁纽黑文医院 2004–2023 年 11,892 studies 纵向随访，1,430 例经病理/影像确诊脑转移患者，T1W/T1CE/T2/FLAIR 四序列 NIfTI，附 1,430 行临床与采集参数表；CC BY 4.0，43 GB，TCIA + DOI 10.7937/3YAT-E768——将「近 20 年真实世界放疗前后多时间点随访」作为首要而不是附属资产的脑转移瘤影像语料底座

耶鲁纽黑文医院（Yale New Haven Hospital）电子病历系统 2004–2023 年脑转移相关 MRI；四序列 mpMRI（T1W/T1CE/T2/FLAIR，1.5T 或 3T，Siemens Healthineers 或 GE Healthcare），NIfTI 导出并经 HD-BET 脑实质提取去标识化；临床与采集元数据抽取自 EMR 与 DICOM 46

医学影像眼科影像图像分类青光眼临床电子病历

Hillel Yaffe Glaucoma Dataset — 金标准注释眼底彩照青光眼检测数据集

影像数据标签数据原始数据288 名患者（747 张眼底彩照；186 名 GON+ 患者，占 64.6%）

以色列 Hillel Yaffe 医学中心 288 名患者 747 张眼底彩照的「临床金标准」青光眼检测数据集：标签源自完整眼科检查+OCT+视野+至少一年随访而非仅凭图像主观判读，ODC-By 1.0 于 PhysioNet 完全开放，配套 GONet 模型论文

以色列 Hillel Yaffe 医学中心眼科青光眼单元 2022–2024 年临床数据：TOPCON DRI OCT Triton 相机（45° FOV）拍摄的 747 张眼底彩照（JPG，2576×1934 或 1960×1934）+ Labels.csv（Image Name/Patient/Label/Quality Score） 44

医学影像病理图像医学图像分割图像分类评测基准肿瘤学

Annotated Whole-Slide Images of Core Needle Prostate Biopsies — 西班牙单机构前列腺穿刺活检 H&E 全切片 15,480 条像素级专家注释数据集

人工标注影像数据原始数据32 位患者 / 60 条穿刺活检芯 / 37 张 WSI

西班牙坎塔布里亚 Marqués de Valdecilla 医院牵头的 37 张前列腺穿刺活检（CNB）H&E 全切片（WSI）、60 条活检芯、32 位患者、15,480 条泌尿病理学家像素级共识注释，含临床诊断表与芯映射表，CC BY 4.0 于 Zenodo 全公开直链

西班牙 Hospital Universitario Marqués de Valdecilla 单机构前列腺穿刺活检 H&E 全切片图像（含 IHC 辅助参考）+ 泌尿病理学家共识像素级专家注释 + clinical_diagnosis.csv 临床诊断表 + core_mapping.csv 芯-切片-患者映射表 + classes.txt 类别定义 33

心血管疾病医学影像时序数据评测基准

Ideal Left Ventricle Cardiac Flow — 理想化左心室三维 CFD 血流动力学仿真数据集

3D CFD 仿真流场（非真实患者数据）理想化半椭球 LV 腔动壁仿真层流 Re≈5500 不可压缩牛顿血液流心动周期 T=1s 时序场量快照无患者——理想化左心室腔 CFD 仿真（几何源自 Zheng 2012 与 Vedula 2014 文献标准模型，ESV=67 mL 生理校准）；论文教程另含 figshare 开源患者特异性几何与

马德里理工大学 UPM 团队（Lazpita/Le Clainche）发布的理想化左心室腔三维 CFD 血流动力学仿真数据集：半椭球动壁腔体、不可压缩牛顿血液流、层流 Re≈5500、60 bpm E/A 波生理入流、δt=5e-4 秒、双商业求解器交叉验证，配套涡环形成-演化研究与 ModelFLOWs-app 公开教程，结果发表于 Results in Engineering 24 (2024) 103644

ModelFLOWs-app 数据库 Cardiac Flow 条目（Google Drive 公开文件夹）：理想化左心室腔三维瞬态 CFD 流场（官网生成口径 Ansys Fluent 2024R2；论文验证口径 Fluent 2023 R1 + STAR-CCM+ 2023.06 双求解器），动壁半椭球腔 ESV=67mL，Re≈5500，δt=5e-4s，60 bpm E/A 波入流 35

生理信号心电信号医学影像挑战赛数据集心血管疾病

ECG-Image-Database — 大规模成对心电图图像与数字波形库

影像数据原始数据时序数据2,243 条 ECG 记录（PTB-XL 977 + Emory 1,000 + Akershus 266）；Ahus 子集 266 条对应 266 名患者，其余两源患者数未披露

2,243 条 12 导联 ECG 记录生成 37,191 张图像并逐图配对 WFDB 数字波形——PTB-XL、Emory、Akershus 三源，28 种真实世界伪影变体，支撑 Moody 2024 与 Kaggle ECG 图像数字化挑战赛，CC BY-ND 4.0 公开

PTB-XL 977 条（德国 PTB 公开 12 导联库，经许可 CC BY 4.0 再分发）+ Emory Healthcare 1,000 条（美国临床 12 导联）+ Akershus University Hospital 266 条（挪威热敏纸真实 ECG）——数字信号经 ECG-Image-Kit 合成打印、扫描、拍照与退化图像，逐图配对 WFDB 波形，Kaggle 托管 39

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