即取即用的 AI-Ready 医疗数据集库

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医学影像 AI-Ready 数据集

CT MRI 病理 X光

电子病历与文本数据集

电子病历病历文本

病灶分割与标注数据集

病灶分割数据标注

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图像分类目标检测语义分割

共 1652 个数据集

公共卫生统计死亡登记流行病学

CDC WONDER — 美国公共卫生统计查询平台

30+ 在线数据库1999-2020 死因聚合XML API 免鉴权公共领域免费全美死亡证书聚合（2020 年 3,383,729 例）

30+ 公共卫生数据库 · 1999-2020 死因统计 · 免费 XML API

U.S. Centers for Disease Control and Prevention (CDC) / National Center for Health Statistics (NCHS) url: https://wonder.cdc.gov/ 73

药物发现与化学分子对接虚拟筛选

DUD-E — 分子对接诱饵基准

102 个蛋白靶标22,886 个活性配体（ChEMBL）约 110 万性质匹配诱饵（ZINC1:50）SMILESmol2SDF 三格式 + receptor.pdb不适用（纯小分子-靶标计算基准，无人类受试者数据）

102 靶标 · 22,886 活性物 · 约 110 万性质匹配诱饵的虚拟筛选基准

UCSF Irwin & Shoichet 实验室（加州大学旧金山分校药化系） url: http://dude.docking.org/ 113

电子健康记录药物发现与化学临床电子病历真实世界数据药物安全

CGRD — 中国台湾最大多院区电子病历库

约 500 万门诊患者（2000）约 290 万住院患者（2000）2000 年起每年更新ICD-9/10-CM 编码院内申请审核获取约 500 万门诊与 290 万住院患者样本（2000 年口径）

中国台湾长庚体系约 790 万患者去标识化多院区电子病历研究数据库

长庚医疗财团法人（Chang Gung Medical Foundation, CGMH） url: https://www.cgmh.org.tw 75

医学影像骨骼肌肉影像CT医学图像分割

CTSpine1K — 千例脊柱CT椎体分割数据集

1,005 例脊柱 CT11,172 个标注椎体约 150GB NIfTICC BY-NC-SA 4.0官方三段划分1,005 例受检者

1,005 例多中心脊柱 CT，11,172 个椎体实例级标注

中国科学院计算技术研究所智能信息处理重点实验室（MIRACLE 中心） url: https://github.com/MIRACLE-Center/CTSpine1K 68

医学影像电子健康记录乳腺影像病理图像肿瘤学乳腺癌

I-SPY — 乳腺癌新辅助治疗影像队列

985 例 DCE-MRI 队列约 2.4 TB DICOM纵向 4 时间点CC BY 4.0 开放公开下载985 例（ISPY2 Imaging Cohort 1）

985 例乳腺 DCE-MRI + 分子分型 + pCR 结局的自适应平台试验队列

The Cancer Imaging Archive (TCIA) / ACRIN / FNIH Biomarkers Consortium url: https://www.cancerimagingarchive.net/collection/ispy2/ 79

基因组学与多组学医学影像单细胞基因组学测序数据病理图像

Tabula Muris — 小鼠跨组织单细胞图谱

100,605 个单细胞20 个器官组织FACS Smart-seq2 + 10x droplet 双平台CC BY 4.0 开放获取FACS 矩阵压缩包约 290 MB不适用（动物数据：7 只 C57BL/6JN 小鼠，100,605 个单细胞）

100,605 个单细胞 × 20 个器官的小鼠跨组织转录组参考图谱

Chan Zuckerberg Biohub（Tabula Muris Consortium） url: http://tabula-muris.ds.czbiohub.org/ 63

医学影像神经科学MRI医学图像分割心血管疾病脑影像

卒中病灶 ATLAS — 慢性卒中病灶分割基准数据集

655 例训练集（T1w+掩码）955 例公开发布1,271 例全量33 个全球队列NIfTIBIDS 格式免费申请获取1,271 例卒中患者（公开发布 955 例）

全球最大开放慢性卒中 T1w 病灶分割数据集 · 训练集 655 例 · 33 个全球队列

University of Southern California（NPNL 实验室）与 ENIGMA Stroke Recovery Working Group url: http://fcon_1000.projects.nitrc.org/indi/retro/atlas.html 48

医学影像内窥镜影像医学图像分割

ETIS-Larib — 息肉分割最难公开基准

196 张 1225×966 PNG 图像196 张 BMP 像素级 mask44 个息肉34 个序列注册后开放下载患者数未公开（34 个视频序列、44 个独特息肉）

196 张高分辨率结肠镜图像、像素级息肉 mask 的困难样本分割基准

Lariboisière 医院（AP-HP, 巴黎）与 ETIS 实验室（ENSEA, CY Cergy-Pontoise 大学） url: https://polyp.grand-challenge.org/ETISLarib/ 87

医学影像X光影像骨骼肌肉影像

FracAtlas — 全身 X 光骨折多任务图谱

4,083 张 X 光图像922 个骨折实例约 323 MB ZIP四格式实例标注CC BY 4.0 免注册下载未公开（4,083 张影像、717 例骨折扫描，年龄 8 个月-78 岁）

4,083 张多任务标注全身 X 光：分类、定位、分割一体的开放骨折图谱

Islamic University of Technology & United International University（孟加拉国） url: https://doi.org/10.6084/m9.figshare.22363012 102

医疗NLP临床文本医学问答与基准

Lunguage — 胸片结构化报告与纵向时间线基准

结构化标注金标准测试集纵向序列230 名患者（1,473 份报告；其中 10 名患者的 80 份报告含纵向标注）

给报告生成 AI 一把'时间尺'：1,473 份专家结构化报告与 80 条纵向序列

MIMIC-CXR test set 子集的结构化标注（board-certified radiologists 标注验证） 55

医学影像乳腺影像医学图像分割图像分类乳腺癌评测基准

Breast-Lesions-USG — 乳腺超声病灶策划基准数据集

256 例乳腺超声扫描256 名患者266 个病灶掩膜CC BY 4.0含 BIRADS 与病理标签256 名患者

256 例乳腺超声扫描 · 256 名患者 · 266 个病灶 · BIRADS 描述符与患者级临床标签

波兰科学院基础技术研究所 (IPPT PAN) / The Cancer Imaging Archive url: https://www.cancerimagingarchive.net/collection/breast-lesions-usg/ 31

基因组学与多组学测序数据变异与注释

Ensembl — 基因组注释与比较基因组学

["4,800+ 真核基因组""31,300+ 原核基因组""注释+变异+调控""开放无使用限制""RESTBioMartPerl"]不适用（参考基因组注释资源，不含个体患者）

脊椎动物参考注释事实标准 · 4,800+ 真核基因组 · 开源无限制

name: "EMBL-EBI 与 Wellcome Sanger Institute" url: "https://www.ensembl.org" 81

定制数据集服务

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