白足鼠与小鼠感染SARS-CoV-2肺组织转录组分析

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A0f496262d13fa481b068914d8e3255112fb31f5816700549a451688503dab914

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集包含感染SARS-CoV-2的白足鼠(Peromyscus leucopus)和K18-hACE2小鼠(Mus musculus)肺组织以及对照组的RNA测序(RNA-seq)数据。本研究旨在分析病毒感染后两种啮齿动物这一关键器官的转录图谱，并识别和比较差异表达基因。白足鼠在感染后第3天和第6天采集感染样本，小鼠则在感染后第2、4和7天采集。提取总RNA，制备RNA-seq文库，并使用高通量测序平台进行测序。所得原始测序读段经过处理，并比对到白足鼠和小鼠编码DNA序列(CDS)参考集。基因表达水平通过平均基因读段和管家基因甘油醛-3-磷酸脱氢酶(Gapdh)进行定量和标准化，并以数值的自然对数表示。1. 数据收集/生成方法描述：白足鼠是多种人畜共患病的储存宿主，也是北美最丰富的哺乳动物之一。

由于它们生活在人类附近，我们从人畜共患病的角度对严重急性呼吸综合征冠状病毒2型感染此动物模型的可能性感兴趣。手稿正在准备中；网址待定。首次试验的实验设计涉及使用成年雄性和雌性白足鼠LL种群。动物通过鼻吸入方式接受单独的组织培养基（DMEM）（对照组）或SARS-CoV-2病毒的α变异株WA1株。我们给动物接种了病毒（滴度为2x10^4）或单独的DMEM。动物在感染后第3天或第6天被安乐死。对于第二次试验，白足鼠的年龄为1-3岁，我们采用了相同的设计。肺组织用于RNA分离和进一步测序以获取读数。小鼠也接种了相同病毒的2.5x10^4剂量，并收集了肺组织…，# 白足鼠和小鼠转录组

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。