单细胞转录组与Shh扰动揭示丘脑核团发育轨迹

数据集获取

源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/d5cad3f0-56b6-4fbe-8f2b-be92a8c7820f

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

丘脑是脊椎动物大脑的主要信息枢纽，在感觉和运动信息处理、注意力及记忆中发挥重要作用。复杂的丘脑核团阵列由有限的神经祖细胞池发育而来。我们应用纵向单细胞RNA测序和Sonic hedgehog（Shh）的区域性消除，绘制了丘脑祖细胞、中间祖细胞和有丝分裂后神经元在汇聚成不同丘脑核团过程中的发育轨迹。这些数据揭示，丘脑的复杂结构在胚胎脑发育早期即已建立，其通过源自Shh依赖性和非依赖性祖细胞的四个细胞分化谱系的协调作用而实现。我们系统表征了定义这些丘脑谱系随时间的基因表达程序，并证明Shh耗竭后这些程序的破坏会导致类似婴儿型帕金森病的显著运动障碍。这些结果揭示了丘脑发育的关键原理，并为丘脑功能障碍所致的神经发育障碍提供了机制性见解。疾病：正常。

组织：间脑。检测方法：10x 3’ v3。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。