IBDverse：细胞类型分辨的遗传变异塑造炎症性肠病风险
该单细胞数据集对来自421名个体的血液、回肠和直肠活检的180万个细胞进行聚类，其中125人患克罗恩病。数据用于获得克罗恩病和溃疡性结肠炎等炎症性肠病遗传原因的见解
基本信息
资源简介
IBDverse：细胞类型分辨的遗传变异塑造炎症性肠病风险
该单细胞数据集对来自421名个体的血液、回肠和直肠活检的180万个细胞进行聚类，其中125人患克罗恩病。数据用于获得克罗恩病和溃疡性结肠炎等炎症性肠病遗传原因的见解。疾病标签为克罗恩病和正常，组织涉及血液、回肠、直肠，检测方法为10x 3' v3，属于CZ CELLxGENE单细胞数据集（来源 cellxgene.cziscience.com）。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：我们对来自421名个体（包括125名克罗恩病患者）的血液、回肠和直肠活检样本中的180万个细胞进行了聚类。我们利用这些数据来深入了解克罗恩病和溃疡性结肠炎等炎症性肠病的遗传病因。疾病：克罗恩病、正常。组织：血液、回肠、直肠。检测：10x 3' v3。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。
【主题与分类】
主题标签：Crohn disease、normal。本站分类：消化系统疾病。
【获取与许可】
源站页面：https://cellxgene.cziscience.com/collections/7f7fdf50-aa0e-4a6f-979c-53655cac9d5d
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/7f7fdf50-aa0e-4a6f-979c-53655cac9d5d
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
我们对来自421名个体（包括125名克罗恩病患者）的血液、回肠和直肠活检样本中的180万个细胞进行了聚类。我们利用这些数据来深入了解克罗恩病和溃疡性结肠炎等炎症性肠病的遗传病因。疾病：克罗恩病、正常。组织：血液、回肠、直肠。检测：10x 3’ v3。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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