人类小脑单细胞eQTL图谱揭示特发性震颤中少突胶质细胞的脆弱性

该数据集来自 cellxgene.cziscience.com,是特发性震颤患者与健康对照死后小脑皮层的单核 eQTL 数据集,采用 SPLiT-seq 检测,属于单细胞数据集(CZ CELLxGENE)

cellxgene
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基因组回归essential tremornormal
A single-cell eQTL atlas of the human cerebellum reveals vulnerability of oligodendrocytes in essential tremor

基本信息

模态
基因组
任务类型
回归
创建/更新时间
2026-10-07

资源简介

人类小脑单细胞eQTL图谱揭示特发性震颤中少突胶质细胞的脆弱性

该数据集为一份聚焦人类小脑皮层的单核表达定量性状基因座(eQTL)图谱资源,研究对象涵盖特发性震颤患者与健康对照人群。数据采集自死后小脑皮层样本,采用 SPLiT-seq 检测技术,属于单细胞(单核)层面的数据集,收录于 CZ CELLxGENE 平台。其核心价值在于将细胞类型分辨率的表达信息与遗传变异关联起来,为理解特发性震颤中小脑细胞群体的分子脆弱性提供基础数据。数据集同时包含疾病与正常两类样本,主题标签为 essential tremor 与 normal,适用于神经科学、遗传学及单细胞组学相关研究。

【数据集背景】

特发性震颤是一种常见的神经系统疾病,其病理机制尚未完全阐明。小脑被认为是该病的关键受累区域之一。该数据集以人类小脑皮层为组织来源,通过单核 eQTL 分析策略,试图在细胞类型水平上揭示遗传变异对基因表达的调控作用,并特别关注少突胶质细胞在特发性震颤中的脆弱性。数据集同时纳入特发性震颤患者与健康对照,为病例对照比较提供了基础。

【数据内容】

该数据集为单核 eQTL 数据集,样本来自死后人类小脑皮层。疾病维度包括特发性震颤与正常两类;组织维度为小脑;检测方法为 SPLiT-seq。作为单细胞数据集,其数据在 CZ CELLxGENE 平台上以单细胞分辨率组织,可用于探索不同细胞类型的表达特征及其与遗传变异的关联。数据集名称本身提示其分析重点之一在于揭示少突胶质细胞在特发性震颤中的脆弱性。

【采集与来源】

数据来源于 cellxgene.cziscience.com,即 CZ CELLxGENE 平台。原始样本为死后采集的人类小脑皮层组织,涵盖特发性震颤患者与健康对照。检测采用 SPLiT-seq 技术。源站描述中明确标注了疾病、组织与检测方法信息,并说明该资源属于单细胞数据集。除上述信息外,样本的具体数量、供体人口学特征、测序深度等细节,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于神经科学领域中对特发性震颤的分子机制研究,尤其是小脑皮层细胞类型特异性的表达调控分析。可用于 eQTL 分析、单细胞表达图谱构建、病例对照差异表达探索,以及少突胶质细胞等特定细胞群体的脆弱性研究。同时,也可作为单细胞组学方法学研究的参考数据,或用于与其他小脑相关数据集的整合分析。由于包含正常对照,亦可用于比较疾病与正常状态下的小脑皮层单核表达特征。

【使用方法】

该数据集托管于 CZ CELLxGENE 平台,用户可通过该平台访问和下载。具体的数据格式、文件结构、访问链接、下载方式及分析工具接口,源站未提供。使用时应遵循平台的一般数据访问规范,并结合 SPLiT-seq 数据的特点进行预处理与质控。由于涉及死后人类组织样本,使用前需关注相关的伦理与数据使用要求。

【质量与限制】

该数据集基于死后小脑皮层样本,采用 SPLiT-seq 检测,属于单核 eQTL 资源。其质量评估指标、批次信息、细胞过滤标准、eQTL 显著性阈值等,源站未提供。限制方面,样本来源为死后组织,可能受死后间隔及组织保存条件影响;SPLiT-seq 技术具有其特定的捕获效率与偏好性;数据集仅涵盖小脑皮层,不涉及其他脑区。上述潜在限制需结合源站未提供的具体质控信息加以判断。

【引用与许可】

该数据集的引用方式、许可协议、使用条款及版权信息,源站未提供。用户在使用与传播时应自行查阅 CZ CELLxGENE 平台上的相关说明,并遵循平台及原始数据提供方的要求。

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使用方式

数据集获取

源站:https://cellxgene.cziscience.com/collections/b3ab2f02-ba90-4abf-87c2-f9d5bd850abc

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

来自特发性震颤患者和健康对照者死后人小脑皮层样本的单核eQTL数据集。疾病:特发性震颤,正常。组织:小脑。检测方法:SPLiT-seq。单细胞数据集(CZ CELLxGENE)。

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