阿尔茨海默病缠结神经元单胞体转录组

数据集获取

源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/b953c942-f5d8-434f-9da7-e726ba7c1481

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

阿尔茨海默病（AD）中，神经原纤维缠结（NFTs）内的Tau聚集与神经退行性变和认知衰退密切相关。然而，区分易聚集与抗聚集细胞状态的分子特征尚不清楚。我们开发了一种基于FACS的方法，用于从冷冻人脑组织中高通量分离带有NFTs的单个胞体，并对来自8名Braak VI期AD供体前额叶皮层的63,110个带有或不带有NFTs的胞体，以及来自8名年龄匹配的健康供体的57,534个胞体进行了转录组分析。我们量化了20种新皮层亚型对NFT形成和细胞死亡的易感性，并鉴定了与NFTs相关的共享及细胞类型特异性特征。携带NFTs的神经元共同表现出突触传递相关基因的显著上调，包括一组富集于突触囊泡循环的63个核心基因。氧化磷酸化和线粒体功能障碍高度依赖于细胞类型。凋亡仅轻度富集，且携带NFTs与未携带NFTs的神经元对死亡的易感性高度相似。

我们的分析表明，NFTs代表了对压力和突触功能障碍的细胞类型特异性代偿反应。我们为生物标志物的发现以及tau依赖性和tau非依赖性神经退行性机制的研究提供了资源。注：FACS分选的细胞群：来自AD供体的MAP2+/AT8-胞体（又称MAP2或无NFT）；来自AD供体的MAP2+/AT8+胞体（又称AT8或含NFT）；来自健康对照的MAP2+胞体（又称MAP2对照）。疾病：阿尔茨海默病、正常。组织：前额叶皮层。检测方法：10x 3‘ v2、10x 3’ v3。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。