诱导型去稳定结构域Cre小鼠品系靶向疾病相关小胶质细胞的单细胞空间转录组

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3Ab6595fad9810f6c5544716b721816d036e8443f9619db035b47179ecf36cc11b

标准获取流程：

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   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集包含使用Bruker Nanostring CosMx技术对10微米厚的新鲜冷冻冠状脑切片进行单细胞空间转录组学实验的结果，实验分组如下：5xFAD半合子、Cst7 DD-Cre、Ai14tdTomato双杂合子（AD，n=3）以及接受TMP治疗的Cst7 DD-Cre/Ai14tdTomato双杂合子（WT，n=1）小鼠，还有接受cuprizone（CPZ）和TMP治疗的Cst7 DD-Cre/Ai14tdTomato双杂合子小鼠（CPZ，n=2）。数据集以.RDS文件形式提供，其中包括原始计数和校正计数，以及全面的元数据。元数据包括实验分组、样本ID、细胞类型注释以及每个细胞的X-Y坐标。利用能够以时间性方式对微胶质细胞亚群进行遗传操作的小鼠模型，可以研究微胶质细胞在阿尔茨海默病（AD）进展过程中的功能。

我们开发了表达Cre重组酶（Cre）的小鼠品系，用于构成型……，# 诱导型去稳定结构域Cre小鼠品系的单细胞空间转录组学，以靶向疾病相关小胶质细胞 数据集DOI：10.5061/dryad.15dv41p9d ## 数据和文件结构描述 样本制备： 将异戊烷新鲜冷冻的大脑半球包埋在OCT化合物中，并在冷冻切片机上制备10μm厚的冠状切片。将六个半脑直接安装在VWR Superfrost Plus显微镜载玻片上，并储存在−80°C直至固定。用于空间转录组学的小鼠包括：5xFAD半合子、Cst7 ^DD-Cre^、Ai14^tdTomato^ 双杂合子（n = 3），以及经TMP处理的 Cst7 ^DD-Cre^/Ai14^tdTomato^ 双杂合子（n = 1），还有经铜腙（CPZ）和TMP处理的 Cst7 ^DD-Cre^/Ai14^tdTomato^ 双杂合子小鼠（n = 2）。组织按照Nanostring CosMx新鲜冷冻载玻片RNA检测制备手册进行处理。 数据处理： 空间转

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。