阿尔茨海默病新皮质第4层神经元分子韧性特征

数据集获取

源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/0d35c0fd-ef0b-4b70-bce6-645a4660e5fa

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

单细胞组学正在推进我们对阿尔茨海默病（AD）中选择性神经元易损性的理解，揭示了对神经退行性变易感或具有抵抗力的特定亚型。利用单核和空间转录组学技术检测AD早期受累（前额叶皮层和楔前叶）或晚期受累（初级视觉皮层）的新皮层区域，我们在初级视觉皮层第4层鉴定出一个具有抵抗力的兴奋性神经元群体，其表达RORB、CUX2和EYA4。随着AD进展，联合新皮层第4层神经元也保持相对完好，并共享重叠的抵抗性分子特征。在疾病早期，抵抗性神经元上调与突触维持、突触可塑性、钙稳态和神经保护相关的基因，包括GRIN2A、RORA、NRXN1、NLGN1、NCAM2、FGF14、NRG3、NEGR1和CSMD1。我们还鉴定出KCNIP4——其编码一种电压门控钾（Kv）通道相互作用蛋白，该蛋白与Kv4.2通道及早老素相互作用——是与抵抗性相关的关键因子。KCNIP4在病理早期阶段持续上调。

此外，在人源化AD小鼠模型中，AAV介导的Kcnip4过表达降低了活动依赖性基因Arc和c-Fos的表达，提示存在对抗神经元过度兴奋的代偿机制。我们的数据集为研究神经退行性变的抵抗机制提供了宝贵资源。方法学说明：该单核RNA测序数据集来源于因AD去世的患者及年龄匹配的健康对照者的死后新鲜冷冻人脑皮质。经过质控后，数据集包含427,081个细胞核，其中约85%为神经元，来自46位供体的前额叶（BA9）、楔前叶（BA7）和初级视觉皮层（BA17）。这些供体包括18位无或低度AD病理（Braak 0–II）、10位中度AD病理（Braak III–IV）和18位高度AD病理（Braak V–VI）的个体。疾病：阿尔茨海默病，正常。组织：Brodmann (1909) area 17, Brodmann (1909) area 7, Brodmann (1909) area 9。检测方法：10x 3’ v2, 10x 3’ v3, Drop-seq。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。