tau P301L转基因斑马鱼雌雄脑单核RNA测序数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE310345

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

微管相关蛋白tau在阿尔茨海默病及相关tau蛋白病中形成病理性聚集体，动物模型被广泛用于剖析所涉及的细胞过程。表达人类突变tau的转基因斑马鱼提供了一种脊椎动物系统，可在其中检查神经元tau病理，然而此类模型的单细胞分辨率转录组资源仍然稀缺。在此，我们描述了一个单核RNA测序数据集，该数据集来自六个月龄转基因斑马鱼的整脑组织，这些斑马鱼在神经元特异性启动子下表达携带P301L突变的人类tau，并同时包含野生型对照。两种性别均被分析，每种性别和基因型有两个重复文库，总共八个文库。细胞核从混合脑组织中分离，采用基于液滴的3′检测进行处理，并测序以生成跨主要脑细胞类型的全转录组表达谱。我们提供原始测序读段、处理后的基因×细胞核计数矩阵以及细胞类型注释。

该资源可重复用于研究该模型的细胞类型特异性和性别解析的转录特征，并支持与哺乳动物数据集的比较分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。