表观遗传紊乱驱动干性、衰老逃逸与肿瘤异质性 [WGBS]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE303273

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肿瘤异质性是肿瘤演化的基础，也是治疗耐药的关键。多数癌症以广泛的表观基因组重排为特征，这种重排可产生具有多种身份和恶性特征的细胞；然而，其发生机制尚不清楚。我们发现，斑马鱼肝细胞中高水平的表观遗传调控因子和癌基因 UHRF1 可迅速诱导 DNA 甲基化组紊乱、异染色质丢失和 DNA 损伤，导致细胞周期停滞、atm-tp53 介导的衰老以及干性获得。大多数细胞被清除，但其中一些 UHRF1 表达降低的细胞转变为具有增殖能力的细胞，生成异质性肿瘤，这些肿瘤由具有祖细胞样特征的癌细胞和持续衰老细胞组成，后者作为新癌细胞的储存库。来自 UHRF1 驱动的斑马鱼肿瘤的基因特征，定义了人类一种未成熟且侵袭性的肝细胞癌亚类。由此将表观遗传紊乱、干性和衰老逃逸定义为发生侵袭性且未成熟肝肿瘤的必要步骤。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。