高通量筛选癌症簇转移抑制剂数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE242877

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

外渗是癌症转移的关键步骤，然而，由于该过程背后的机制仍知之甚少，目前尚未实现对癌症外渗的分子调控。在此，我们通过高通量药物筛选鉴定出 Bay 61-3606 是一种癌症外渗抑制剂。在斑马鱼模型中，Bay 61-3606 显著减少与更高转移潜能相关的癌细胞簇外渗。这种抑制作用还扩展到小鼠肺癌模型和三阴性乳腺癌模型中，表现为远处转移减少。此外，我们的 RNA 测序结果揭示了 COL8A1 在癌细胞簇外渗中的关键作用，COL8A1 是一种由参与外渗的内皮细胞表达的细胞黏附相关分子。Bay 61-3606 处理通过 JNK 信号通路有效降低 COL8A1，导致癌细胞簇外渗受损。由于免疫细胞浸润不依赖于 COL8A1，我们的发现表明 Bay 61-3606 是一种用于抗转移治疗的强效药物。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。