PXD013197：酪氨酰-tRNA合成酶MMP切割片段的LC-MS/MS分析

资源简介

PXD013197：酪氨酰-tRNA合成酶MMP切割片段的LC-MS/MS分析

该数据集名为“PXD013197: LC-MS/MS analyses of MMP cleavage fragments of tyrosyl-tRNA synthetase”，来源于ebi.ac.uk，在站内被归类为肿瘤/癌症（总论）方向。数据集围绕酪氨酰-tRNA合成酶（tyrosyl-tRNA synthetase）展开，重点记录该蛋白经基质金属蛋白酶（MMP）酶切后所产生的切割片段，并借助液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）对片段进行分析。实验流程包括：先使用MMP对酪氨酰-tRNA合成酶进行酶切，再通过SDS-PAGE分离切割片段，随后对主要条带进行胰蛋白酶消化，最终以LC-MS/MS完成检测。该数据集的主题标签涉及MMP、蛋白酶、LC-MS/MS，并标注了智人（Homo sapiens，NEWT:9606）以及相关质谱术语。整体而言，它为研究酪氨酰-tRNA合成酶在蛋白酶作用下的切割行为提供了质谱层面的实验记录。

【数据集背景】

酪氨酰-tRNA合成酶是一种在蛋白质翻译过程中负责将酪氨酸连接到对应tRNA上的酶。除经典翻译功能外，该蛋白还可能在其他生物过程中发挥作用。基质金属蛋白酶（MMP）是一类能够降解或修饰细胞外基质及多种底物的蛋白酶，在肿瘤进展、组织重塑和炎症等过程中具有重要地位。该数据集以酪氨酰-tRNA合成酶为底物，研究MMP对其的切割作用，属于蛋白质酶切与质谱鉴定相结合的研究方向。站内将其归入肿瘤/癌症（总论）分类，提示该数据可能与肿瘤相关蛋白酶活动的研究背景有关。源站未提供更具体的疾病机制、样本来源或生物学假设。

【数据内容】

数据集的核心内容是酪氨酰-tRNA合成酶经MMP酶切后产生的切割片段的LC-MS/MS分析结果。实验首先将酪氨酰-tRNA合成酶与MMP共同孵育，使蛋白酶对底物进行切割；随后利用SDS-PAGE电泳将切割产物按分子量分离，形成可见的条带。研究者选取其中的主要条带，进行胰蛋白酶胶内消化，将蛋白质切割为适合质谱检测的肽段，再通过LC-MS/MS进行序列和组成分析。主题标签中包括Mmp、Protease、Lc-ms/ms，以及智人来源标注和质谱相关受控词汇。源站未提供具体的肽段序列、质谱峰列表、鉴定数量或切割位点信息。

【采集与来源】

该数据集的来源站为ebi.ac.uk。根据源站描述，实验对象为酪氨酰-tRNA合成酶，处理方式为MMP酶切，分离方式为SDS-PAGE，主要条带经胰蛋白酶消化后进入LC-MS/MS分析。主题标签中标注了NEWT:9606，即Homo sapiens（human），说明该数据集涉及人类来源的蛋白或样本背景。质谱相关标签中包含MS:1002666等受控词汇，用于描述质谱实验类型或相关参数。源站未提供样本具体组织来源、MMP的具体亚型、实验重复次数、仪器型号或色谱条件等细节。

【适用场景】

该数据集适用于蛋白酶切割研究、蛋白质组学方法开发以及LC-MS/MS鉴定流程的参考。具体而言，可用于了解MMP对酪氨酰-tRNA合成酶这类翻译相关蛋白的切割片段特征，也可作为SDS-PAGE分离结合胰蛋白酶消化和LC-MS/MS检测的示例数据。在肿瘤/癌症（总论）分类下，该数据可能为研究肿瘤微环境中蛋白酶活性与底物修饰提供线索。此外，对质谱数据再分析、肽段鉴定流程验证或蛋白酶底物筛选方法比较的研究者，也可能使用该数据集。源站未提供其具体应用案例或已验证的下游分析结论。

【使用方法】

使用者可根据数据集名称在ebi.ac.uk相关资源中检索和获取数据。典型使用流程包括：下载LC-MS/MS原始数据或衍生结果，结合蛋白质序列数据库进行肽段鉴定，分析MMP切割后产生的肽段覆盖区域，并推断可能的切割位点。若需复现实验，可参考源站描述的实验步骤：MMP酶切、SDS-PAGE分离、主要条带胰蛋白酶消化、LC-MS/MS检测。由于源站未提供详细参数，使用者在进行定量比较或跨数据集整合时，应谨慎对待。源站未提供具体的数据格式、文件大小、下载方式或软件推荐。

【质量与限制】

该数据集基于SDS-PAGE与LC-MS/MS的经典蛋白质组学流程，能够提供切割片段的质谱鉴定信息。然而，源站描述较为简略，未提供实验重复、统计分析方法、质谱仪器型号、色谱梯度、数据库版本、错误发现率阈值等关键质量控制信息。主题标签中虽包含智人标注和质谱受控词汇，但未说明样本的具体细胞或组织来源。此外，MMP的具体种类、酶切条件、酶与底物比例等信息也未给出。因此，该数据集在重复性和定量解释方面存在一定限制。源站未提供关于数据完整性、原始数据质量评分或验证实验的进一步说明。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用文献、作者列表、贡献者信息或具体许可条款。使用者如需引用或使用该数据集，应直接访问ebi.ac.uk对应页面，查看其最新的引用要求和许可声明。源站未提供数据使用限制、商业许可或再分发条件的说明。