PXD007588：异烟肼暴露后结核分枝杆菌菌株不同细胞组分的蛋白质谱

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD007588

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在全球估计的1000万例结核病（TB）病例中，过去十年间，新发病例中约14%对异烟肼（INH）耐药，既往接受过治疗的病例中约29%对INH耐药。INH是最古老的药物之一，但也是清除结核分枝杆菌（Mtb，TB的致病菌）较为强效的药物之一。由于异烟肼（INH）对结核分枝杆菌（Mtb）的有效性，许多研究仍聚焦于更好地理解其在不同细菌代谢途径中的作用。我们最近开展了一项研究，评估在临床和实验室环境中，当Mtb克隆株对INH产生耐药性时，不同细胞组分中蛋白质丰度的变化。在此，我们想要确定哪些蛋白质变化是由于最初暴露于INH而发生或开始的。此外，我们还想评估这些变化在INH敏感或耐药菌株中是否以不同方式发生，并评估来自Mtb两个不同遗传谱系的不同细胞区室。为此，我们通过液相色谱（nano-HPLC）联用质谱，使用Orbitrap Velos仪器分析了每个细胞区室（胞质、细胞壁、膜和分泌蛋白）的蛋白质组，并使用t检验对每对比较进行统计分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。