PXD000653：脑脊液蛋白质组图谱：人脑脊液LC-MS/MS，第3部分
该数据集来自人脑脊液蛋白质组分析，取21名神经系统健康供者混合脑脊液3 mL，经溶液内胰蛋白酶消化后，用酰肼修饰磁珠进行N-连接糖肽固相富集，再通过混合模式反相阴离子交换柱分为20个组分，各组分分别用Orbitrap Velos Pro质谱仪进行LC-MS/MS分析，数据经SearchGui检索、P
基本信息
资源简介
PXD000653：脑脊液蛋白质组图谱：人脑脊液LC-MS/MS，第3部分
PXD000653 数据集聚焦于人脑脊液蛋白质组的系统分析，属于神经系统疾病相关数据资源。该数据集来源于对21名神经系统健康供者混合脑脊液样本的处理与分析，取3 mL混合脑脊液进行溶液内胰蛋白酶消化，随后利用酰肼修饰磁珠对N-连接糖肽进行固相富集，并通过混合模式反相阴离子交换柱将糖肽分为20个组分，每个组分分别采用Orbitrap Velos Pro质谱仪进行LC-MS/MS分析。所得数据经SearchGui检索、PeptideShaker汇总后导出至CSF-PR。该数据集为脑脊液糖蛋白质组研究提供了可参考的质谱分析流程与结果数据。
【数据集背景】
脑脊液是中枢神经系统的重要生物流体，其蛋白质组成可反映神经系统生理与病理状态。对该数据集的构建旨在对人脑脊液蛋白质组进行映射分析，特别是针对N-连接糖肽的富集与鉴定。样本来自21名神经系统健康供者的混合脑脊液，这一设计有助于获得具有群体代表性的脑脊液蛋白质组基础数据。数据集被归类于神经系统疾病/其他类别，来源站为ebi.ac.uk，主题标签涉及Homo sapiens、Cerebrospinal fluid、LC-MS/MS等。
【数据内容】
该数据集包含人脑脊液样本经N-连接糖肽富集和分馏后产生的LC-MS/MS数据。具体而言，3 mL混合脑脊液经溶液内胰蛋白酶消化，随后使用酰肼修饰磁珠进行N-连接糖肽固相富集，富集后的糖肽通过混合模式反相阴离子交换柱分为20个组分。每个组分分别进行LC-MS/MS分析，质谱平台为Orbitrap Velos Pro。所得质谱数据经SearchGui检索，并通过PeptideShaker进行汇总，最终导出至CSF-PR。数据内容涉及糖肽的鉴定信息，但具体鉴定数量、蛋白质种类及糖基化位点等细节源站未提供。
【采集与来源】
样本来源为21名神经系统健康供者的混合脑脊液，取样体积为3 mL。样本处理包括溶液内胰蛋白酶消化、基于酰肼修饰磁珠的N-连接糖肽固相富集，以及使用Promix MP柱进行的混合模式反相阴离子交换分馏，共获得20个组分。每个组分在Orbitrap Velos Pro质谱仪上单独进行LC-MS/MS分析。数据处理使用SearchGui进行数据库检索，PeptideShaker用于结果汇总，并导出至CSF-PR。数据来源站为ebi.ac.uk。其他采集时间、地点及伦理审批信息源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于脑脊液蛋白质组学及糖蛋白质组学相关研究，可用于方法学参考，例如N-连接糖肽的固相富集流程、混合模式反相阴离子交换分馏策略以及Orbitrap Velos Pro质谱仪在脑脊液糖肽分析中的应用。也可作为健康对照脑脊液糖蛋白质组的基础数据，用于与神经系统疾病样本的比较研究。此外，该数据集可用于评估SearchGui与PeptideShaker在脑脊液糖肽数据检索与汇总中的表现。具体应用场景需结合源站提供的完整数据与元数据。
【使用方法】
使用者可通过来源站ebi.ac.uk获取该数据集。数据以LC-MS/MS原始文件及检索结果形式存在，经SearchGui检索和PeptideShaker汇总后导出至CSF-PR。使用时可参考源站提供的项目页面，了解样本处理、分馏与质谱采集参数。由于数据涉及20个组分的分别分析，使用者需按组分整合或分别处理质谱数据。具体下载方式、文件格式及检索参数等细节源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于21名神经系统健康供者的混合脑脊液，样本具有群体混合特征，但无法反映个体间差异。样本量为3 mL，经糖肽富集与分馏处理，可能对低丰度糖肽的检测存在偏好或损失。质谱分析在Orbitrap Velos Pro上进行，数据经SearchGui和PeptideShaker处理，但具体鉴定置信度、错误发现率及覆盖度等质量指标源站未提供。此外，数据集仅涵盖N-连接糖肽，不包含非糖基化肽段信息。其他限制如样本稳定性、批间差异等源站未提供。
【引用与许可】
该数据集的引用方式、许可协议及使用条款源站未提供。使用者应访问来源站ebi.ac.uk获取相关引用信息与许可要求。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD000653
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
将来自21名神经系统健康供体混合样本的3 mL脑脊液进行溶液内胰蛋白酶消化，随后使用酰肼修饰磁珠进行N-连接糖肽的固相富集（SPEG）。糖肽进一步通过混合模式反相-阴离子交换（MM(RP-AX)）使用Promix MP柱分级为20个组分。每个组分分别在Orbitrap Velos Pro质谱仪上通过LC-MS/MS进行分析。所得数据使用SearchGui搜索，在PeptideShaker中汇总，并导出至CSF-PR。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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