PXD000594：Glossina morsitans morsitans 围食膜蛋白质组成研究

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD000594

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：采采蝇是多种非洲锥虫的生物学媒介。为了生存、增殖并建立中肠感染，锥虫必须穿越采采蝇的围食膜基质（PM），这是一种包围血餐的无细胞肠道内衬。在这一多层结构的穿越过程中，寄生虫至少在其迁移和发育期间穿越两次，但其穿越机制尚不清楚。为了更好地理解锥虫穿越采采蝇PM的分子事件，采用基于质谱的方法，以莫桑比克舌蝇（Glossina morsitans morsitans）作为模式生物，研究PM的蛋白质组成。方法：采采蝇PM蛋白的尿素-SDS提取物要么进行溶液内胰蛋白酶消化，要么通过一维SDS-PAGE分离，并将所得条带用胰蛋白酶消化。两种制备物中的胰蛋白酶片段均经过纯化，并通过二维液相色谱-串联质谱（2D-LC-MS/MS）进行分析。串联质谱数据使用Mascot（版本2.3.02，Matrix Science）搜索引擎，针对从VectorBase（https://www.vectorbase.org/proteomes）下载的Glossina-morsitans-Yale_PEPTIDES_GmorY1.1数据库进行搜索。

搜索参数为：对于使用LTQ-Orbitrap Velos进行溶液内消化的样品，前体质量容差设为10 ppm；而对于分辨率较低的LTQ仪器，则为0.6 Da。两种仪器的碎片质量容差均为0.6 Da。允许有一个漏切位点，将 carbamidomethylation 设为固定修饰，并将氧化（M）作为可变修饰。对于溶液内数据，假发现率低于1%，且个体离子得分大于30被视为表明身份或广泛同源性（p < 0.05）。结果：总体上，鉴定出超过200种蛋白质，其中一些含有几丁质结合域（CBD），这是昆虫围食膜蛋白的标志，包括新型的peritrophins和类peritrophin糖蛋白，它们在维持围食膜结构中至关重要，并可能作为锥虫

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。