PXD000004：使用SILAM小鼠脑标准品鉴定和定量人死后额叶皮质蛋白质组

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD000004

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

来自一名认知和神经病理学正常的人类受试者的前额叶皮层组织切片获自宾夕法尼亚大学（UPenn）脑库。将300–350 mg灰质用特氟龙研杵在1.5 ml溶液A（0.32 M蔗糖、1 mM MgCl2和0.1 mM CaCl2）中匀浆。保存约100 μl匀浆液，用1% SDS增溶并通过离心澄清。为制备[13C6]脑内标（ISTD），将400 mg标记的MouseExpress脑组织（Cambridge Isotopes, MA）如上所述在4 ml缓冲液A中匀浆，以1,000 × g离心10分钟以澄清，于4°C在摇床上振摇30分钟，再以10,000 × g离心20分钟。将沉淀（粗膜级分）溶于2 ml含1% SDS的20 mM Tris pH 7.4中。所有制备物中的总蛋白用micro BCA assay（Pierce）定量，所有溶液均补充蛋白酶和磷酸酶抑制剂混合物（Sigma）以及1 mM氟化钠和原钒酸钠（Sigma）。将人皮层匀浆液与[13C6]脑内标（1 μg/μl）按2:1（μg/μg）比例混合并进行LC-MS/MS处理：将40 μl制备物用十二烷基硫酸锂（LDS）（Invitrogen）缓冲液于95°C加热20分钟，在1.5 mm 4–12% Bis-Tris凝胶（Invitrogen）上分离，切成五个级分，再切成约2 mm的方块，在200 μl含25 mM NH4HCO3的50%乙腈（ACN）中洗涤，在300 μl 10 mM DTT中还原，在300 μl 55 mM碘乙酰胺（Sigma）中烷基化，并用80–120 μl胰蛋白酶（0.025 μg/μl）（Promega）于37°C消化过夜，使胰蛋白酶的量按质量计为待消化总蛋白的1:5。通过涡旋混合和超声处理（各20分钟，重复两次），将肽从凝胶块中回收至200 μl含3%甲酸的50/50 H2O/ACN中。随后将样品蒸发至100 μl体积，用含0.1%甲酸的H2O补至1 ml，用Oasis® HLB小柱（Waters）脱盐，几乎蒸干，并重悬于约45 μl含0.1%甲酸的H2O中

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。