fastMRI乳腺

fastMRI乳腺公开数据集,包含300例乳腺DCE-MRI径向k空间数据及重建图像,涵盖恶性肿瘤和良性病变,支持图像重建和机器学习研究。

纽约大学格罗斯曼医学院放射学中心高级成像创新与研究部纽约大学格罗斯曼医学院放射学中心高级成像创新与研究部
arXiv
2024-06-08 更新
浏览 58
医学影像MRIk-spaceKneeBrainProstateBreastDICOMraw datareconstructionAI
fastMRI Breast

基本信息

模态
医学影像
创建/更新时间
2024-06-08

资源简介

fastMRI乳腺

【一句话概览】

纽约大学朗格尼分校提供的去标识化影像数据集包含多个子数据集组的原始k空间数据,其整理属于经IRB批准的研究。原始数据和DICOM数据分别通过转换为厂商中立的ISMRMD格式和RSNA临床试验处理器完成去标识化,并对每张DICOM图像进行人工检查以排查意外受保护健康信息,同时抽查元数据与图像内容。数据集标签涉及MRI、k空间、膝、脑、前列腺、乳腺、DICOM、原始数据、重建和AI(来源 fastmri.med.nyu.edu)。

【数据集背景】

本数据集源站标题为《fastMRI Dataset》。

【数据内容】

源站原始描述:The deidentified imaging dataset provided by NYU Langone comprises raw k-space data in several sub-dataset groups. Curation of these data are part of an IRB approved study. Raw and DICOM data have been deidentified via conversion to the vendor-neutral ISMRMD format and the RSNA clinical trial processor, respectively. We also performed manual inspection of each DICOM image for the presence of any unexpected protected health information (PHI), with spot checking of both metadata and image content

中文译文(机器翻译,仅供快速理解,请以原文为准):NYU Langone提供的去标识化影像数据集包含多个子数据集组中的原始k空间数据。这些数据的整理是一项经IRB批准的研究的一部分。原始数据和DICOM数据已分别通过转换为供应商中立的ISMRMD格式和RSNA临床试验处理器进行了去标识化处理。我们还对每张DICOM图像进行了人工检查,以查找是否存在任何意外的受保护健康信息(PHI),并对元数据和图像内容进行了抽查。

【主题与分类】

主题标签:MRI、k-space、Knee、Brain、Prostate、Breast、DICOM、raw data、reconstruction、AI。

【适用方向】

影像类数据可用于医学图像分析模型(检测、分割、分类)的训练与评测,也可用于标注质量与成像参数相关性的研究。

【获取与许可】

源站页面:https://fastmri.med.nyu.edu/

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使用方式

数据集获取

源站:https://fastmri.med.nyu.edu/

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号(该平台要求数据下载前注册登录);
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

fastMRI Breast是由纽约大学格罗斯曼医学院放射学中心高级成像创新与研究部创建的公开可用的乳腺动态对比增强MRI径向k空间数据集。包含300个病例,涵盖恶性肿瘤和良性病变,提供原始k空间数据、重建图像及DICOM文件,支持乳腺图像重建和机器学习方法研究。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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