妇女健康倡议(WHI)统一与插补GWAS数据

源站将其描述为 dbGaP study,并带有部分因子随机、双盲、安慰剂对照、纵向队列和病例对照等特征。除这些信息外,源站未提供更简明的摘要

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基因组分类基因型数据基因分型全基因组肿瘤总论病例对照关联分析纵向队列随机对照
phs000746: WHI Harmonized and Imputed GWAS Data

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-01

资源简介

妇女健康倡议(WHI)统一与插补GWAS数据

phs000746: WHI Harmonized and Imputed GWAS Data 是一个来自 ncbi.nlm.nih.gov 的数据集,在本站被归入肿瘤 / 癌症(总论)分类。源站将其描述为 dbGaP study,并带有部分因子随机、双盲、安慰剂对照、纵向队列和病例对照等特征。除这些信息外,源站未提供更简明的摘要。

【数据集背景】

该数据集的英文名称包含 WHI、Harmonized、Imputed、GWAS Data 等词,但源站未提供 WHI 的展开名称、项目背景、研究目的、发起机构、管理单位、研究起始与结束时间、地理范围、资助来源等背景信息。源站描述仅指出它是一项 dbGaP study,并列出部分因子随机、双盲、安慰剂对照、纵向队列、病例对照等研究设计特征。对于这些特征在该数据集中的具体含义、实施方式和与 WHI 的关系,源站未提供进一步说明。

【数据内容】

本站分类为肿瘤 / 癌症(总论)。数据集名称提示其与 GWAS 数据有关,并涉及 harmonized 和 imputed 等数据处理环节,但源站未提供具体的样本量、受试者数量、变量列表、表型定义、基因组标记数量、插补参考面板、基因型平台、数据文件格式、数据字典、病例与对照的划分标准、纵向随访节点、终点事件、肿瘤类型或癌症部位等信息。源站描述中列出的部分因子随机、双盲、安慰剂对照、纵向队列和病例对照等设计特征,是当前可确认的研究设计相关描述;除此之外,数据内容细节源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,源站将其描述为 dbGaP study。对于采集地点、采集时间、目标人群、入组与排除标准、样本收集方法、知情同意过程、伦理审查、测序或基因分型平台、质量控制流程、数据提交者、原始研究团队等信息,源站未提供。相关主题包括部分因子随机、双盲、安慰剂对照、纵向队列和病例对照,但这些主题在采集过程中的具体应用方式,源站未提供。

【适用场景】

本站将该数据集归入肿瘤 / 癌症(总论)分类,因此从分类角度看,它可能与肿瘤或癌症总论方向的数据使用场景相关。然而,源站未提供具体的适用场景、研究问题、分析目标、推荐用途或限制条件。对于是否适合用于全基因组关联分析、纵向随访分析、病例对照比较、随机对照试验框架下的二次分析、插补后关联分析等,源站未提供明确说明。使用者不应仅凭名称或分类推断其适用性。

【使用方法】

源站未提供该数据集的下载方式、访问入口、申请流程、访问权限、数据格式、文件组织、使用工具、分析流程、代码示例、版本信息或更新记录。来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,源站描述为 dbGaP study;除此之外,如何获取和使用该数据集,应以来源站的官方说明为准。源站未提供具体操作步骤或技术文档链接。

【质量与限制】

源站未提供该数据集的质量评估结果、缺失率、插补质量、基因型 calling 质量、批次效应、样本重复或重叠情况、群体分层、验证结果、已知错误、偏倚风险、隐私保护处理或使用限制。对于 harmonized 与 imputed 过程可能带来的影响,源站未提供说明。因此,无法依据现有信息判断其数据质量、完整性或局限性。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的推荐引用格式、文献出处、许可协议、数据使用协议、访问限制、商业使用规定、再分发条件或致谢要求。来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,涉及 dbGaP study;具体引用与许可事项,应查阅来源站的官方页面和适用条款。源站未提供其他引用与许可信息。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi?study_id=phs000746

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

dbGaP研究(部分析因随机、双盲、安慰剂对照、纵向队列、病例对照)。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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