TRANSBIG乳腺癌

关于该数据集的背景,源站未提供 TRANSBIG 项目的发起背景、研究机构、研究目的、时间跨度、样本招募方式、伦理审批信息以及相关论文等

synapse
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其他预测基因表达谱微阵列芯片转录组数据肿瘤学乳腺肿瘤预后预测分子分型生物标志物
TRANSBIG Breast Cancer

基本信息

模态
其他
任务类型
预测
创建/更新时间
2026-10-01

资源简介

TRANSBIG乳腺癌

TRANSBIG Breast Cancer 是一个在收录分类中归入肿瘤 / 乳腺癌方向的数据集,来源站为 synapse.org,源站说明它是通过 Bioconductor 提供的 TRANSBIG Breast Cancer 数据集,并带有 HGU133A 标识。

【数据集背景】

关于该数据集的背景,源站未提供 TRANSBIG 项目的发起背景、研究机构、研究目的、时间跨度、样本招募方式、伦理审批信息以及相关论文等。目前可以确认的是,其名称中包含 Breast Cancer,且收录分类为肿瘤 / 乳腺癌,这两点相互呼应,说明它被放置在乳腺癌相关数据范围中。除名称、分类、来源站和源站描述外,源站未提供更多背景说明。因此,无法据此判断它来自哪一项具体研究、针对哪类乳腺癌人群、采用何种研究设计,也无法说明它与临床实践或基础研究之间的具体关系。以上内容源站未提供。

【数据内容】

源站未提供该数据集的具体数据内容,包括但不限于样本数量、文件数量、文件格式、数据表结构、变量名称、注释信息、分组标签、临床信息、随访信息、预处理结果或原始数据情况。源站描述仅说明这是 TRANSBIG Breast Cancer dataset (HGU133A) as provided via Bioconductor。该描述中出现了 HGU133A 标识,但源站未进一步解释该标识在数据集中的具体含义,也未说明它在数据组织、分析流程或结果解读中扮演什么角色。因此,关于数据内容的细节均无法在现有信息基础上展开。若需要了解实际内容,应前往 synapse.org 对应页面查看。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 synapse.org。源站描述指出,它通过 Bioconductor 提供,并称其为 TRANSBIG Breast Cancer 数据集,带有 HGU133A 标识。除这些信息外,源站未提供采集地点、采集时间、样本来源、受试者信息、实验平台细节、数据处理步骤、贡献者、上传者、版本历史或维护方式。也无法确认它是原始数据、处理后数据,还是二者兼有。关于采集与来源的进一步说明,源站未提供。

【适用场景】

从收录分类看,该数据集属于肿瘤 / 乳腺癌方向,因此可被理解为面向乳腺癌相关数据研究的使用对象。但源站未提供它适合的具体分析任务、研究问题、建模目标或评价方式。例如,是否用于分类、分型、预后评估、生物标志物发现、差异分析、生存分析或方法比较,源站均未提供。因此,任何具体适用场景都不能仅凭现有信息确定。使用者应依据 synapse.org 原始页面、Bioconductor 说明以及随数据附带的文档判断其适用范围。除分类和来源描述所体现的方向外,适用场景的更多信息源站未提供。

【使用方法】

源站未提供该数据集的下载入口、访问权限、文件获取方式、读取工具、预处理步骤、分析代码、参数设置或使用教程。源站描述提到其通过 Bioconductor 提供,但未展开说明在 Bioconductor 中应如何定位、加载或处理该数据,也未说明是否需要额外依赖或注释包。因此,无法给出具体操作步骤。若需使用,应前往 synapse.org 对应页面,并参考源站或相关提供渠道的说明。关于使用方法的完整信息,源站未提供。

【质量与限制】

源站未提供该数据集的质量评估信息,包括缺失值情况、批次效应、样本量是否充分、注释是否完整、数据是否经过标准化、是否存在版本差异、是否适合直接比较或合并分析等。源站也未说明其局限性、已知偏差、使用注意事项或潜在风险。描述中虽然出现 HGU133A 标识,但源站未说明该标识与数据质量、技术限制或解释边界之间的关系。因此,无法对质量与限制作出判断。以上内容源站未提供。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用格式、文献出处、DOI、作者列表、许可协议、使用条款、商用限制、再分发条件或署名要求。使用者如果需要引用或传播,应以 synapse.org 原始页面展示的信息为准,并查看 Bioconductor 相关说明中是否包含引用与许可要求。就目前可确认的信息而言,引用与许可的具体内容源站未提供。

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站:https://synapse.org/Synapse:syn163017

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

这是通过 Bioconductor 提供的 TRANSBIG 乳腺癌数据集(HGU133A)。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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