Dr(结肠癌)

该数据集整合了结肠腺癌(COAD)患者的临床表格数据与长链非编码RNA(lncRNA)表达谱,通过构建预后特征模型,用于评估患者的风险分层和预后预测,主要应用于结肠癌的生物标志物发现、预后模型研究及个性化医疗方向。

DataONE
2019-10-31 更新
浏览 48
结肠癌生物标志物
Dr (Colon Cancer)

基本信息

大小
0.000004176 GB
创建/更新时间
2019-10-31

资源简介

Dr(结肠癌)

【数据集背景】

本数据集源站标题为《Dr (Colon Cancer)》。

【数据内容】

源站原始描述:Colon adenocarcinoma (COAD) is the commonest colon cancer exhibiting high mortality. Due to the association with cancers progression, long noncoding RNAs (lncRNAs) become prognostic biomarkers. This study, using relevant clinic information and expression profiles of lncRNA originating in The Cancer Genome Atlas database, aims to construct a prognostic lncRNA signature to estimate the prognosis for patients. In the training cohort, prognosis related lncRNAs were selected from differently expresse…

【获取与许可】

源站页面:https://search.dataone.org/view/sha256:70597508e6a2fdd7e0daad3af08b68407e76834bc335cb106341fb404aeccc71

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源站:https://search.dataone.org/view/sha256:70597508e6a2fdd7e0daad3af08b68407e76834bc335cb106341fb404aeccc71

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    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集是一个针对结肠腺癌(COAD,结肠癌中最常见且高死亡率的类型)的预后研究数据集。它整合了来自癌症基因组图谱(TCGA)数据库的临床信息与长链非编码RNA(lncRNA)表达谱数据。通过差异表达分析、单因素Cox分析、LASSO回归及多因素Cox分析,筛选出与预后相关的lncRNA,并构建了一个基于lncRNA的预后特征模型。该模型可用于计算每位COAD患者的风险评分,并将患者划分为低风险和高风险组,以评估患者的预后情况,其中高风险组患者预后显著较差。该数据集主要用于结肠癌的生物标志物发现、预后预测模型构建及个性化医疗研究方向。

数据加载示例(表格/文本类)

import pandas as pd, glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))

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