克罗恩病病灶单细胞分析识别与抗TNF治疗耐药相关的致病细胞模块

数据集获取

源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/2b02dff7-e427-4cdc-96fb-c0f354c099aa

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

细胞因子阻断对回肠克罗恩病(iCD)的临床益处仅限于部分患者。在此，我们对iCD病变应用单细胞技术，以探究细胞异质性是否导致治疗耐药。我们发现，一部分患者在炎症组织中表达一个独特的细胞模块，该模块由IgG浆细胞、炎性单核吞噬细胞、活化T细胞和基质细胞组成，我们将其命名为GIMATS模块。对配体-受体相互作用对的分析识别出一个可能驱动GIMATS模块的独特网络连接。引人注目的是，GIMATS模块也存在于四个独立iCD队列(n = 441)的部分患者中，并且其在诊断时的存在与抗TNF治疗后未能实现持久无皮质类固醇缓解相关。这些结果强调了当前诊断检测的局限性，以及单细胞图谱工具有潜力识别治疗反应的新型生物标志物和定制治疗机会。疾病：正常。组织：回肠固有层。检测：10x 3‘ v1，10x 3’ v2。单细胞数据集(CZ CELLxGENE)。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。