基本信息

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基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-07

资源简介

成人心力衰竭与恢复期单细胞重建揭示心脏功能细胞图谱

该数据集聚焦于成人心力衰竭与恢复过程中的单细胞转录组重建，旨在揭示支撑心脏功能的细胞图谱。心力衰竭是循环系统疾病中危害严重的一类，其患病率与死亡率均较高，因此对人类心脏进行更精细的细胞层面刻画具有重要价值。然而，心脏组织本身细胞类型高度多样，加之样本获取受限，长期以来制约了相关研究的深入。该数据集通过优化原代人心肌细胞的分离流程以及单细胞技术方案，对心肌细胞和非心肌细胞的转录组进行了系统分析，为理解心脏在疾病与恢复状态下的细胞组成和功能变化提供了数据基础。数据集来源于 cellxgene.cziscience.com，属于单细胞数据集，主题标签为正常，分类上归属于循环系统疾病中的心力衰竭方向。

【数据集背景】

心脏疾病具有较高的患病率和死亡率，对人心进行更详细的表征十分必要。但心脏组织存在显著的细胞多样性，且样本获取渠道有限，这两方面因素在很大程度上阻碍了相关研究的推进。为突破这些限制，该数据集所对应的工作优化了原代人心肌细胞的分离流程，并对单细胞方法进行了改进，从而能够对心肌细胞和非心肌细胞的转录组进行分离与解析。这一背景使得该数据集在心力衰竭及心脏恢复过程的细胞机制研究中具有潜在价值。

【数据内容】

该数据集提供了成人心力衰竭与恢复过程的单细胞转录组重建数据，覆盖心肌细胞和非心肌细胞两类细胞群体。根据源站描述，研究从 14 名健康供者中分离并分析了心肌细胞和非心肌细胞的转录组。数据集的主题标签为正常，疾病标注为 normal。组织来源包括心脏左心室和左心房耳区。检测方法为 Smart-seq2。该数据集属于单细胞数据集，收录于 CZ CELLxGENE。

【采集与来源】

数据集来源于 cellxgene.cziscience.com。源站描述指出，样本来自 14 名健康供者，组织类型为心脏左心室和左心房耳区， assays 为 Smart-seq2。关于供者的具体人口学信息、样本采集时间、伦理审批细节以及具体实验地点等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集可用于心脏细胞多样性研究、心肌细胞与非心肌细胞的转录组比较分析，以及心力衰竭与恢复过程中细胞图谱相关的基础研究。由于主题标签为正常，且疾病标注为 normal，该数据集也可作为正常心脏组织的参考数据，用于与疾病状态下的单细胞转录组数据进行比较。具体适用场景需结合源站提供的完整描述和原始文献进一步确认。

【使用方法】

该数据集为单细胞数据集，托管于 cellxgene.cziscience.com。使用者可通过该平台访问和下载数据。关于数据的具体文件格式、下载方式、分析流程、软件依赖以及是否需要注册或申请权限等，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集基于 14 名健康供者的心脏组织样本，采用 Smart-seq2 方法进行单细胞转录组分析。源站描述中未提供关于数据质量评估指标、批次效应处理、细胞过滤标准、测序深度、覆盖度以及潜在技术偏差等详细信息。此外，该数据集的主题标签为正常，疾病标注为 normal，因此其对于心力衰竭与恢复过程的具体覆盖范围需依据源站进一步确认。源站未提供关于数据局限性的明确说明。

【引用与许可】

该数据集的英文名称为 Single-cell reconstruction of the adult human heart during heart failure and recovery reveals the cellular landscape underlying cardiac function。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款以及版权归属等信息，源站未提供。

原始链接

https://cellxgene.cziscience.com/collections/18778eff-8382-4388-9d54-d5a5939eb9ee

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/18778eff-8382-4388-9d54-d5a5939eb9ee

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

由于心脏病的普遍性和高死亡率，对人类心脏进行更详细的表征显得尤为必要；然而，这一目标在很大程度上受到了心脏组织细胞多样性和样本获取受限的阻碍。通过优化原代人类心肌细胞（CMs）的分离程序，并优化单细胞方法，我们从14位健康供体中分离并分析了CMs和非心肌细胞（NCMs）的转录组。疾病：正常。组织：心脏左心室、左心房耳区。检测方法：Smart-seq2。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别