斑马鱼与青鳉心脏冷冻损伤后转录组比较分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE94617

标准获取流程：

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3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

心力衰竭源于人类心脏在心肌梗死（MI）后无法补充受损组织，形成难以消除的瘢痕，进而导致功能障碍和组织重塑。与人类不同，许多动物，包括某些鱼类和两栖类，能够再生心脏。为寻找能促进人类心脏再生的因素，已在包括斑马鱼（Danio rerio）在内的多种模型系统中开展了比较分析。然而，再生模型与非再生模型之间深刻的生理差异，往往难以提取出与心脏再生直接相关的有用数据。近期，另一种淡水硬骨鱼——青鳉（Oryzias latipes）——被报道在心脏损伤后缺乏新生血管化和心肌细胞（CM）增殖的激活，并表现出过度纤维化和难以消除的瘢痕。

这一发现提供了一个独特的机会，可以直接比较再生（斑马鱼）和非再生（青鳉）模型在心脏损伤后的修复反应，这两种模型具有共同的生理条件和解剖结构，以及系统发育上相近的直系同源基因。在此，我们通过斑马鱼和青鳉之间的比较转录组分析，研究了促进心脏再生的潜在触发因素。我们生成了一个包含超过15000个直系同源基因的详细数据集，涵盖了心脏损伤后第一周内的多个时间点。基于基因本体论的分析显示，两种模型在免疫反应和血管生成等过程中存在差异反应。通路分析进一步提出了可能导致这些差异反应的潜在候选因素，包括Toll样受体激动剂poly I:C。总之，这些数据为免疫反应在再生过程中的复杂作用提供了进一步的见解，并作为一个平台，用于识别和测试额外的调控

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。