PRJNA1029759:热量限制对年轻ApoE/LDLr-/-小鼠动脉粥样硬化的相反作用

热量限制(CR)已被证明是导致与肥胖相关的心血管疾病(CVD)减少的最有效饮食干预。因此,评估了CR对年轻ApoE/LDLr-/-小鼠动脉粥样硬化发展的影响

ena
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基因组分类热量限制动脉粥样硬化ApoE/LDLr-/-小鼠肠道微生物组16S rRNA测序循环系统疾病
PRJNA1029759: Opposite effect of caloric restriction on atherosclerosis in young ApoE/LDLr-/- mice

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-11-08

资源简介

PRJNA1029759:热量限制对年轻ApoE/LDLr-/-小鼠动脉粥样硬化的相反作用

PRJNA1029759 数据集围绕热量限制对年轻 ApoE/LDLr-/- 小鼠动脉粥样硬化发展的影响展开。热量限制已被证明是减少与肥胖相关心血管疾病的最有效饮食干预手段,该研究据此在年轻 ApoE/LDLr-/- 小鼠中评估热量限制对动脉粥样硬化发展的作用。实验采用 8 周龄雄性小鼠,接受对照饮食 8 周;为评估单独饲养是否影响所测参数,对照动物分别以群养(AL)或单养(stressAL、sAL)方式自由摄食,单养的热量限制组小鼠则接受比 AL 组少 30% 的饮食。研究还通过 Illumina 技术(MiSeq 系统、2x300bp 双端运行)对小鼠肠道微生物组进行 V3-V4 16S rRNA 基因测序分析。该数据集来源于 ebi.ac.uk,在站内归入循环系统疾病 / 其他分类。

【数据集背景】

热量限制被证明是导致与肥胖相关的心血管疾病减少的最有效饮食干预,因此有必要在动物模型中评估其对动脉粥样硬化发展的影响。该研究选择年轻 ApoE/LDLr-/- 小鼠作为对象,考察热量限制对动脉粥样硬化发展的作用。研究设计同时关注饲养方式这一潜在影响因素:对照动物被置于群养笼(AL)或单独饲养(stressAL、sAL)并自由摄食,以判断单独饲养是否影响所测试的参数;单独饲养的热量限制小鼠则接受比 AL 组少 30% 的饮食。

【数据内容】

该数据集的核心内容是针对上述小鼠开展的肠道微生物组分析,采用 V3-V4 16S rRNA 基因测序,测序平台为 Illumina MiSeq 系统,运行方式为 2x300bp 双端测序。数据集英文名称中明确体现了研究主题,即热量限制对年轻 ApoE/LDLr-/- 小鼠动脉粥样硬化的相反效应。除肠道微生物组测序信息外,源站描述未提供更多数据类型、样本数量、文件格式或具体指标方面的细节。

【采集与来源】

数据来源于 ebi.ac.uk。实验对象为 8 周龄雄性 ApoE/LDLr-/- 小鼠,接受对照饮食 8 周。对照动物分为群养自由摄食(AL)与单独饲养自由摄食(stressAL、sAL)两种饲养方式,单独饲养的热量限制组接受比 AL 组少 30% 的饮食。肠道微生物组分析通过 V3-V4 16S rRNA 基因测序完成,使用 Illumina 技术,具体为 MiSeq 系统与 2x300bp 双端运行。

【适用场景】

该数据集适用于研究与热量限制相关的饮食干预对心血管疾病尤其是动脉粥样硬化影响的场景,也适用于关注饲养方式(群养与单养)对实验参数潜在影响的动物实验研究。由于包含肠道微生物组 V3-V4 16S rRNA 基因测序内容,还可用于涉及小鼠肠道菌群与饮食干预关系的分析场景。具体适用分析类型与下游应用,源站未提供。

【使用方法】

源站未提供具体的使用方法说明,包括数据下载方式、文件组织、分析流程或推荐工具等均未在源站描述中给出。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量、质控指标或使用限制的说明。就已有信息而言,该研究为小鼠实验,实验分组涉及群养与单养两种饲养方式以及热量限制处理,相关结论的外推范围需结合实验设计加以考虑;源站描述未给出样本量、测序深度等质量相关参数。

【引用与许可】

源站未提供引用方式与许可信息。

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源站:https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA1029759

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

热量限制(CR)已被证明是导致与肥胖相关的心血管疾病(CVD)减少的最有效饮食干预措施。因此,本研究评估了热量限制对年轻ApoE/LDLr-/-小鼠动脉粥样硬化发展的影响。8周龄雄性小鼠接受对照饮食8周。为了评估单独饲养动物是否影响所测试的参数,对照动物被饲养在群体笼中(AL)或单独饲养(应激组stressAL,sAL),并自由采食。单独饲养的热量限制(CR)小鼠接受的饮食比AL组少30%。通过Illumina技术(MiSeq系统及2x300bp双端测序)对这些小鼠的肠道微生物组进行了V3-V4 16S rRNA基因测序分析。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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