人腹主动脉瘤近端瘤颈差异基因表达数据集

本研究的目的是评估取自人腹主动脉瘤(AAA)瘤颈活检组织的基因表达谱。对来自 14 例 AAA 患者的 AAA 瘤颈标本进行了全基因组表达分析(平均最大主动脉直径=62.6±18.0 mm)

biostudies
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基因组回归心血管系统疾病腹主动脉瘤基因表达谱差异表达转录组主动脉瘤颈
Differential gene expression in the proximal neck of human abdominal aortic aneurysm

基本信息

模态
基因组
任务类型
回归
创建/更新时间
2026-10-07

资源简介

人腹主动脉瘤近端瘤颈差异基因表达数据集

本数据集聚焦于人类腹主动脉瘤(AAA)瘤颈部位的基因表达特征,旨在通过全基因组表达分析揭示该区域在动脉瘤发生发展中的分子变化。研究对来自14例AAA患者的瘤颈活检标本进行了表达谱检测,这些患者的平均最大主动脉直径为62.6±18.0 mm,同时以8例器官捐献者的主动脉标本作为对照,进行相对基因表达的比较。数据集归类于心血管系统疾病下的腹主动脉瘤方向,来源于ebi.ac.uk。整体而言,该数据集为理解AAA瘤颈区域的转录组改变提供了基础性资源,有助于后续探索瘤颈在动脉瘤病理过程中的作用。

【数据集背景】

腹主动脉瘤是一种以主动脉局部扩张为特征的血管疾病,其瘤颈区域作为瘤体与正常主动脉之间的过渡带,在临床评估和手术决策中具有重要地位。然而,针对该特定区域基因表达谱的系统性研究相对有限。本数据集所依托的研究正是以评估人AAA瘤颈活检组织的基因表达谱为核心目标,试图从全基因组层面刻画瘤颈部位的分子特征。通过将AAA瘤颈标本与器官捐献者的对照主动脉标本进行对比,研究期望识别与动脉瘤相关的表达差异,从而为理解瘤颈在AAA病理生理中的角色提供线索。该数据集的分类归属为心血管系统疾病/腹主动脉瘤,来源站为ebi.ac.uk,其研究背景直接指向AAA瘤颈的转录组分析需求。

【数据内容】

数据集的核心内容为全基因组表达分析数据,具体来源于14例AAA患者的瘤颈标本。这些患者的平均最大主动脉直径为62.6±18.0 mm,表明所纳入的病例具有明确的主动脉扩张特征。对照样本为8例器官捐献者的主动脉标本,用于计算相对基因表达水平。数据内容涵盖上述样本之间的基因表达比较结果,旨在反映AAA瘤颈相对于对照主动脉组织的表达差异。关于具体的基因数量、表达值范围、差异表达基因列表、统计显著性指标等细节,源站未提供。此外,样本的年龄、性别、合并症、用药情况等临床元数据,源站未提供。

【采集与来源】

数据集的采集对象为人类AAA瘤颈活检标本,来自14例AAA患者,同时采集了8例器官捐献者的主动脉标本作为对照。研究通过全基因组表达分析技术对上述标本进行检测,并比较AAA瘤颈与对照主动脉之间的相对基因表达。数据来源站为ebi.ac.uk。关于具体的样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、活检的具体解剖位置界定、RNA提取与芯片或测序平台等实验细节,源站未提供。样本的纳入与排除标准、患者的人口学特征及临床背景信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于心血管系统疾病特别是腹主动脉瘤领域的转录组研究。潜在应用包括:探索AAA瘤颈区域与正常主动脉之间的基因表达差异,识别与瘤颈病理相关的候选基因或通路;作为AAA分子机制研究的参考数据,用于假设生成或与其他AAA数据集进行整合分析;在比较不同主动脉区域(如瘤体、瘤颈、正常主动脉)的表达特征时,提供瘤颈部分的基线信息。此外,该数据集也可用于方法学层面的表达谱分析流程验证或作为教学示例。但需注意,其适用性受限于样本量及源站所提供信息的完整程度,具体分析场景需结合研究目的审慎评估。

【使用方法】

数据集可通过来源站ebi.ac.uk获取。关于具体的数据下载方式、文件格式、数据组织架构、是否提供原始数据或处理后数据、访问权限要求、是否需要注册或申请等操作细节,源站未提供。使用者在获取数据后,可依据全基因组表达分析的一般流程进行预处理、归一化及差异表达分析,但需注意对照样本与AAA样本的匹配情况。由于源站未提供详细的实验平台和数据处理参数,使用者在跨数据集比较或重新分析时,应谨慎评估批次效应和技术差异。建议在使用前查阅来源站提供的原始记录或相关文献以获取更完整的实验背景。

【质量与限制】

该数据集基于14例AAA患者和8例对照的标本,样本量相对有限,可能影响统计功效及结果的普遍性。患者平均最大主动脉直径为62.6±18.0 mm,提示纳入病例的主动脉扩张程度存在一定变异,但具体个体数据未提供。对照样本来自器官捐献者,其与AAA患者在年龄、基础疾病等方面的可比性未知。源站未提供关于数据质量评估、缺失值处理、标准化方法、差异表达分析的统计阈值等关键信息。此外,样本采集、处理及存储条件等可能影响表达谱的技术因素均未说明。因此,使用者在解释结果时需考虑上述限制,避免过度推断。该数据集仅反映瘤颈区域的表达特征,不能直接外推至瘤体或其他血管区域。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、文献出处、DOI、许可协议、使用条款及版权信息,源站未提供。使用者在引用或再利用该数据集时,应直接访问来源站ebi.ac.uk查询相关的引用要求和许可声明。在未获得明确许可信息前,不建议将数据用于商业用途或二次分发。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/biostudies/studies/S-DIXA-D-1154

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

S-DIXA-D-1154 心脏病集合 E-GEOD-47472 人腹主动脉瘤近端颈部的差异基因表达 本研究的目的是评估从人腹主动脉瘤颈部获取的活检组织的基因表达谱。腹主动脉瘤颈部的全基因组表达分析

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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