即取即用的 AI-Ready 医疗数据集库

千方医数集致力于为医疗 AI 研究人员找到合适的数据集，让你的 AI 感知模型能够更快地学习、更准确地运行，并无缝适应现实世界的环境。

医学影像 AI-Ready 数据集

CT MRI 病理 X光

电子病历与文本数据集

电子病历病历文本

病灶分割与标注数据集

病灶分割数据标注

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图像分类目标检测语义分割

共 1346 个数据集

基因组学与多组学药物发现与化学知识图谱

Open Targets Platform — 靶点-疾病证据整合

78,691 个靶点47,080 种疾病与表型1,720 万条关联4,239 万条证据CC0 公共领域开放不适用（聚合公开文献与数据库的知识库，无直接患者个体数据）

78,691 靶点 × 47,080 疾病的开放靶点-疾病证据知识库

Open Targets（EMBL-EBI、Wellcome Sanger Institute、GSK 等） url: https://platform.opentargets.org 80

基因组学与多组学药物发现与化学化学信息学脑影像转录组

LINCS L1000 — 扰动转录组参考图谱

约 300 万扰动表达谱978 landmark 基因12,328 基因空间GCTxHDF5 格式免费公开下载不适用（细胞系扰动数据；Phase 1 含 140 万+ 样本实例）

百万级小分子与基因扰动表达谱，重塑药物发现的连接性图谱

NIH LINCS Program / Broad Institute Connectivity Map url: https://clue.io/data 84

神经科学生理信号脑机接口挑战赛数据集脑电信号

BCI Competition IV-2a — 四类运动想象 EEG 基准

18 个 GDF 文件（zip 约 420 MB）9 名受试者 × 5,184 试次22 EEG + 3 EOG 通道 @250 Hz4 类均衡标注免费下载 + 引用条款9 名健康受试者

9 受试者 · 22 通道 EEG · 4 类运动想象 · 引用 1,500+ 的经典基准

Graz University of Technology（脑机接口实验室） url: https://www.bbci.de/competition/iv/ 120

医学影像内窥镜影像手术视频

m2cai16-tool — 腹腔镜手术器械识别

15 段手术视频23,000 帧 presence 标注7 类器械25 fps 单目腹腔镜申请制获取15 段腹腔镜胆囊切除术视频（每段对应一例手术）

15 段腹腔镜胆囊切除视频 23,000 帧器械 presence 标注

CAMMA / University Hospital of Strasbourg（ICube, CNRS, IHU Strasbourg） url: http://camma.u-strasbg.fr/datasets 71

生理信号神经科学脑机接口步态与运动脑电信号

EEGMMIDB — 运动想象脑电基准数据集

1,500+ 段 EDF+ 记录109 名健康受试者64 通道 160 Hz3.4 GB 开放下载109 名受试者

109 名受试者 · 64 通道 · 1,500+ 段运动执行/想象 EEG 记录

PhysioNet（Wadsworth Center 脑机接口研发项目） url: https://physionet.org/content/eegmmidb/1.0.0/ 83

药物发现与化学化学信息学药物安全

EPA ToxCast — 化学物体外高通量毒性筛选

9,559 种化学物1,496 个检测终点26 个 assay 来源MySQLCSV 开放下载美国公共领域非患者数据，化学物毒性数据

9,559 种化学物 × 1,496 个体外检测终点的开放 HTS 毒性活性数据库

U.S. EPA 国家计算毒理学与暴露中心（ToxCast/Tox21 计划） url: https://www.epa.gov/comptox-tools/exploring-toxcast-data 125

医学影像MRI脑肿瘤肿瘤学

UCSF-PDGM — 术前弥漫性胶质瘤多序列 MRI

501 例术前 MRI 检查495 名唯一患者约 142 GB NIfTI12,030 个 MRI 序列CC BY 4.0 开放获取495 名患者（501 例术前 MRI 检查）

501 例术前 3T 多序列脑 MRI 与 WHO 2021 分子分型

UCSF Center for Intelligent Imaging（加州大学旧金山分校智能影像中心），TCIA 托管 url: https://www.cancerimagingarchive.net/collection/ucsf-pdgm/ 66

基因组学与多组学蛋白质组学知识图谱

STRING — 蛋白互作网络权威数据库

59,309,604 个蛋白12,535 个物种275 亿+ 条互作边7 类证据通道全库 TSV 压缩约 547 GBCC BY 4.0 开放下载不适用——非人类受试者数据（蛋白网络数据库，无患者记录）

12,535 个物种、5,930 万蛋白的已知与预测蛋白互作网络数据库

STRING Consortium（University of Zurich / SIB / Novo Nordisk Foundation Center for Protein Research / EMBL） url: https://string-db.org/ 60

医学影像眼科影像医学图像分割图像分类皮肤影像糖尿病视网膜病变

FGADR — 细粒度糖网分割与分级基准

2,842 张眼底彩照1,842 张像素级病灶掩码六类 DR 病灶五级 ICDR 分级PNG 图像 + CSV 标签免费下载（研究协议）约 2,842 名患者（每名患者仅收录 1 张图）

2,842 张眼底彩照：六类病灶像素级分割 + 五级 DR 分级联合基准

Inception Institute of Artificial Intelligence（IIAI） url: https://csyizhou.github.io/FGADR/ 90

医疗NLP药物发现与化学临床文本药物安全

Drug Reviews (UCI) — 21.5 万条患者药品评论

215,063 条评论7 字段 TSV约 109.7 MBCC BY 4.0 开放获取2008-2017 十年跨度约 21.5 万条患者评论（独立患者数官方未披露）

215,063 条患者药品评论与 1-10 分自报评分的医疗 NLP 基准语料

UCI Machine Learning Repository url: https://archive.ics.uci.edu/dataset/462/drug+review+dataset+drugs+com 85

公共卫生与流行病学电子健康记录医保理赔卫生服务研究真实世界数据药物安全

MarketScan — 美国商业医保理赔研究库

2.93 亿+ 名独特患者200 亿+ 条服务记录SASCSV 结构化理赔付费商业 DUA 授权1989 年起 30+ 年2.93 亿+ 名独特患者（1995 年以来累计，截至 2025-11）

2.93 亿+ 患者纵向理赔，美国观察性研究与真实世界证据基石

Merative（前 IBM Watson Health / Truven Health Analytics） url: https://www.merative.com/healthcare-analytics/benchmarking-in-healthcare 71

基因组学与多组学GWAS测序数据

GWAS Catalog — 全基因组关联权威目录

625,113 条 lead 关联8.5 万个汇总统计数据集~56 TB sumstats双周滚动更新CC0开放获取累积数百万 GWAS 参与者，最大单研究 N=5,519,491

62.5 万条 SNP-性状权威关联，8.5 万个全基因组汇总统计数据集

NHGRI & EMBL-EBI url: https://www.ebi.ac.uk/gwas/ 103

定制数据集服务

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