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医学影像 AI-Ready 数据集

CT MRI 病理 X光

电子病历与文本数据集

电子病历病历文本

病灶分割与标注数据集

病灶分割数据标注

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图像分类目标检测语义分割

共 1364 个数据集

医学影像病理图像医学图像分割结直肠癌肿瘤学

CRAG — 结直肠腺癌腺体实例分割基准

213 张 H&E 病理图像38 位患者全切片实例级腺体掩码约 2.2 GB PNG免费研究获取（须引用）38 位患者（38 张 WSI 每例 1 张，年龄与性别未公布）

213 张 H&E 病理图像、38 位患者，GlaS 姊妹腺体实例分割基准

University of Warwick TIA Centre（Colorectal Adenocarcinoma Gland Dataset） url: https://warwick.ac.uk/fac/cross_fac/tia/data/mildnet/ 63

图像分类病理图像结直肠癌

MHIST — 结直肠息肉 H&E 组织学二分类

3,152 张 H&E patch224×224 PNGHP vs SSA 二分类约 354 MB免费申请获取未公布（3,152 张 patch 源自 328 张 WSI，患者级信息已脱敏剥离）

3,152 张 7 位病理学家多数投票标注的结直肠息肉 H&E 二分类基准

Dartmouth College BMIRDS & Dartmouth-Hitchcock Medical Center url: https://bmirds.github.io/MHIST/ 51

生理信号时序数据睡眠信号脑电信号

MASS — 蒙特利尔睡眠研究档案

200 例整夜 PSG256 Hz 采样SS1-SS5 五子集EDF+ 格式需伦理批准申请AASMR&K 双分期手册200 名受试者（97 男 / 103 女）

200 例实验室 PSG 睡眠分期基准 · 5 子集 · 256 Hz · 引用 443+

Université de Montréal / CÉAMS (Centre d'études avancées en médecine du sommeil) url: https://borealisdata.ca/dataverse/MASS 82

公共卫生与流行病学调查数据公共卫生统计

BRFSS — 全球最大健康行为电话调查

433,323 条访谈（2023 年）345 个变量（XPT）ASCIIXPT 免费Public Domain433,323 名成人受访者（2023 年，历年 40 万+/年）

CDC 主持、每年 40 万+ 成人访谈、覆盖美国 50 州的健康行为监测金矿

U.S. Centers for Disease Control and Prevention（CDC） url: https://www.cdc.gov/brfss/annual_data/annual_data.htm 50

基因组学与多组学药物发现与化学化学信息学蛋白质组学评测基准

PLINDER — 44.9 万蛋白-配体系统评测资源

449,383 个蛋白-配体系统750+ 维注释系统约 300GB 压缩（不含 scores）免费开放下载非患者数据，结构生物学数据集

449,383 个蛋白-配体系统，750+ 维注释与防泄漏划分

PLINDER 项目组（巴塞尔大学 & SIB、VantAI/Proxima、NVIDIA、MIT CSAIL） url: https://www.plinder.sh 72

药物发现与化学医学问答与基准分子性质预测化学信息学评测基准

MoleculeNet — 分子机器学习基准套件

17 个子数据集约 78.3 万化合物849 个任务SMILES + 3D 坐标MIT（聚合层）DeepChem 一行加载免费获取78.3 万个化合物

分子 ML 的 ImageNet · 17 个子数据集 · 78 万化合物 · 849 个任务

斯坦福大学 Pande Lab & Schrödinger url: https://moleculenet.org/ 85

电子健康记录重症监护临床电子病历队列研究

OUTCOMEREA — 法国多中心 ICU 队列

24,298 次 ICU 住院12-23 家法国 ICU1997-2020 持续采集每日 SOFA 严重度ICD-10CCAM 编码合作申请获取约 2.4 万名患者（24,298 次 ICU 住院，1997-2020）

24,298 次 ICU 住院的法国多中心前瞻研究队列

OUTCOMEREA Study Group（Inserm UMR 1137 IAME / Université Paris Cité） url: https://www.outcomerea.org/ 92

神经科学公共卫生与流行病学单细胞基因组学

BICCN — 哺乳动物脑细胞普查多模态图谱

数百万细胞 · 多模态跨小鼠狨猴人类运动皮层CC BY 4.0 开放NeMOBILDANDI 档案biccn.org 门户浏览运动皮层细胞普查图谱（细胞级数据，非患者队列）：小鼠/狨猴/人类供体数百万细胞

NIH BRAIN 计划跨物种运动皮层细胞普查图谱 · 数百万细胞 · 多模态

BRAIN Initiative Cell Census Network (BICCN) / BRAIN Cell Data Center (BCDC), Allen Institute url: https://www.biccn.org 55

生理信号可穿戴传感时序数据步态与运动神经退行性疾病帕金森病

gaitpdb — 帕金森病步态数据库

166 名受试者100 Hz × 19 列 VGRF 文本约 300 MB 免费下载ODC-BY 1.0 开放许可166 名受试者（93 例帕金森病 + 73 名健康对照）

93 例帕金森患者 + 73 名对照 · 100 Hz 足底 VGRF 步态信号数据库

PhysioNet（Tel-Aviv Sourasky 医疗中心步态与神经动力学实验室） url: https://physionet.org/content/gaitpdb/1.0.0/ 71

电子健康记录公共卫生与流行病学重症监护COVID-19临床电子病历

NWICU — 芝加哥多院区 COVID 时代 ICU EHR

约 597MB CSV.GZ25,342 名患者28,566 次 ICU 住院12 张表凭证化申请25,342 名患者

25,342 名患者、28,566 次 ICU 住院的芝加哥多院区 ICU EHR 数据库

MIT Laboratory for Computational Physiology × Northwestern University（PhysioNet 托管） url: https://physionet.org/content/nwicu-northwestern-icu/ 73

电子健康记录儿科时序数据重症监护

PIC — 儿科重症监护数据库

12,881 名患儿13,941 次 ICU 入住2010-2018 年数据ICD-10CN 编码中英双语字典需 CITIGCP 培训1.3 万名患儿

全球首个大规模儿科重症公开数据库 · 1.3 万患儿 · MIMIC 儿科版

浙江大学医学院附属儿童医院 & 国家儿童健康与疾病临床医学研究中心 url: https://physionet.org/content/picdb/ 75

医疗NLP临床文本命名实体识别

PharmaCoNER — 西班牙语药物实体识别语料

1,000 篇临床病例7,624 条实体标注396,988 词CC-BY-4.0 免费获取1,000 篇临床病例（非患者级数据）

1,000 篇西语临床病例、7,624 条药物/化学实体标注

Barcelona Supercomputing Center (BSC) Text Mining Unit url: https://www.qianfanghub.com/ai-ready-dataset/pharmaconer/0 57

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