即取即用的 AI-Ready 医疗数据集库

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医学影像 AI-Ready 数据集

CT MRI 病理 X光

电子病历与文本数据集

电子病历病历文本

病灶分割与标注数据集

病灶分割数据标注

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图像分类目标检测语义分割

共 1354 个数据集

医学问答与基准医疗NLP医学考试医学问答评测基准

MedQA — 中美医学执照考试问答数据集

6.1 万道多语言选择题18 本医学教科书语料61,097 道医学考试题

MIT CSAIL & 华中科技大学 https://github.com/jind11/MedQA 91

医学影像医学问答与基准MRI挑战赛数据集肿瘤学

ATLAS — 肝肿瘤 CE-MRI 分割基准

["90 例 CE-MRI""训练 60 例测试 30 例""NIfTI 三分类标签""CC BY-NC-SA 4.0""注册后下载"]90 名不可切除肝细胞癌患者（训练 60 例 + 测试 30 例）

90 例不可切除 HCC 对比增强 MRI 的肝脏与肿瘤双标签分割基准

name: "法国第戎大学医院与勃艮第大学 ICMUB（ATLAS Challenge 组委会）" url: "https://atlas-challenge.u-bourgogne.fr/" 65

基因组学与多组学表观基因组测序数据

BLUEPRINT — 欧盟血液表观基因组计划

约 3,500 个数据集2,558 个实验100+ 种细胞类型BigWigBigBedGTF 格式处理后数据开放下载约 200 名健康献血者队列（另有 AML、CLL、DLBCL 等血液病患者样本）

约 3,500 个造血与免疫细胞表观基因组数据集的欧洲参考图谱

BLUEPRINT Consortium（EU FP7，Radboud University 牵头） url: http://dcc.blueprint-epigenome.eu/ 88

医学影像医学图像分割挑战赛数据集心血管疾病

CAMUS — 心脏超声多结构分割金标准

4.8 GB NIfTI 序列500 名患者2,000 帧手工标注非商业研究免费下载500 名患者（450 例带标注 / 50 例无标注测试集）

500 例患者、2,000 帧手工标注的心尖两腔与四腔心超声序列

CREATIS 实验室（里昂大学 / INSA Lyon）与圣艾蒂安大学医院心血管科 url: https://camus.creatis.insa-lyon.fr/challenge/ 87

医学影像内窥镜影像手术视频

Hamlyn Datasets — 腹腔镜手术视觉数据集

约 21 段体内手术视频单目+立体双模态Libelas 深度参考（部分序列）官方页免费下载2005-2017 年贡献序列官方未公布具体患者例数（人体体内手术视频 + phantom/验证序列）

帝国理工 Hamlyn Centre 单目/立体腹腔镜手术视频集（约 21 段体内序列）

帝国理工学院 Hamlyn Centre（Imperial College London） url: http://hamlyn.doc.ic.ac.uk/vision/ 104

医学影像内窥镜影像手术视频

C3VD — 结肠镜 3D 深度真值视频基准

22 段注册视频10,015 帧配对真值1350×1080 PNGTIFFCC BY-NC-SA 4.0 开放下载非患者队列：硅胶 phantom 实验室采集，另含 4 段真实筛查结肠镜视频

22 段注册视频 / 10,015 帧像素级深度真值的结肠镜 3D 视觉基准

Johns Hopkins University Durr Lab url: https://durrlab.github.io/C3VD/ 63

医疗NLP命名实体识别生物医学文献知识图谱

MedMentions — 35 万提及 UMLS 实体链接语料

4,392 篇 PubMed 摘要352,496 个实体提及34,724 个唯一 UMLS 概念CC0 免费公开PubTator 纯文本格式0 名患者（公开发表的文献摘要语料，不涉及患者数据）

4,392 篇 PubMed 摘要、352,496 个 UMLS 概念链接提及的开放 CC0 语料

Chan Zuckerberg Initiative (CZI) url: https://github.com/chanzuckerberg/MedMentions 46

医学影像手术视频内窥镜影像

MultiBypass140 — 多中心胃旁路手术视频集

140 台 LRYGB 手术视频12 阶段 + 46 步骤标注5 类术中不良事件 797 例约 770,701 个 1 fps 标注帧免费公开下载（CC BY-NC-SA 4.0）140 例手术患者（每中心 70 例）

140 台多中心腹腔镜胃旁路手术视频，12 阶段 + 46 步骤全量标注

CAMMA International（IHU Strasbourg / Inselspital Bern） url: https://github.com/CAMMA-public/MultiBypass140 83

医学影像手术视频内窥镜影像医学图像分割

AutoLaparo — 腹腔镜子宫切除术三任务数据集

21 台手术视频83,243 帧阶段标注1,800 帧 9 类分割 mask300 个运动 clipsCC-BY-NC-SA 4.0 学术专用21 例（单中心全子宫切除术患者）

21 台全子宫切除术完整视频，83,243 帧逐帧阶段标注，阶段识别/运动预测/器械分割三任务一体

The Chinese University of Hong Kong（香港中文大学） url: http://autolaparo.github.io/ 72

医学影像手术视频内窥镜影像医学图像分割

Endoscapes — 腹腔镜手术安全视野评估基准

201 例手术视频58,813 帧图像11,090 帧 CVS 标注1,933 帧边界框标注493 帧实例分割CC BY-NC-SA 4.0201 例患者（单中心手术视频）

201 例腹腔镜胆囊切除术、58,813 帧手术场景分割与 CVS 评估基准

CAMMA 研究组（IHU Strasbourg） url: https://github.com/CAMMA-public/Endoscapes 79

医学影像手术视频内窥镜影像

JIGSAWS — 手术手势与技能评估

103 段手术试验76 维运动学 @ 30 Hz640×480 立体视频15 类手势标注免费注册获取8 名外科医生受试者（台式模型，无患者数据）

103 段达芬奇手术试验，76 维运动学与手势标注的技能评估金标准

Johns Hopkins University CIRL Laboratory × Intuitive Surgical, Inc. url: https://cirl.lcsr.jhu.edu/research/hmm/datasets/jigsaws_release/ 106

医疗NLP生物医学文献关系抽取命名实体识别知识图谱

BioRED — 生物医学文档级关系抽取黄金标准

600 篇 PubMed 摘要6,503 条人工标注关系20,419 个实体提及6 类实体 8 类关系PubTator 格式免费开放下载不适用（公开文献摘要语料，不含患者级数据）

600 篇 PubMed 摘要、6 类实体、8 类非方向性关系的文档级关系抽取金标准语料

NCBI（NLM/NIH）/ BioRED 语料团队 url: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/bionlp/Tools/BioRED/ 56

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