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电子病历与文本数据集

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共 277 个数据集

AlphaFold Protein Structure Database — 蛋白质结构预测数据库 | 千方医数集

蛋白质结构预测结构生物学深度学习药物发现

AlphaFold Protein Structure Database — 蛋白质结构预测数据库 | 千方医数集

PDBmmCIFpLDDTPAEAlphaFold2覆盖 2.14 亿+ 蛋白质序列

Google DeepMind + EMBL-EBI, 基于 UniProt 蛋白质序列 31

1000 Genomes Project — 千人基因组计划全球遗传变异图谱 | 千方医数集

群体遗传学全基因组测序GWAS基因型填补生物信息学

1000 Genomes Project — 千人基因组计划全球遗传变异图谱 | 千方医数集

VCF分阶段单倍型GRCh37GRCh38开放获取2,504 人 (Phase 3), 3,202 人 (2022 30×)

26 个全球群体, Wellcome Sanger Institute + Broad Institute + BGI-Shenzhen 等 37

CZ CELLxGENE — 单细胞转录组标准化数据平台 | 千方医数集

单细胞组学转录组学scRNA-seq空间转录组AI 预训练

CZ CELLxGENE — 单细胞转录组标准化数据平台 | 千方医数集

H5AD AnnDataTileDB-SOMA约 17,651 名人类供体

CZI Single-Cell Biology, 社区贡献 34

UniProt — Universal Protein Resource 通用蛋白质资源 | 千方医数集

蛋白质组学生物信息学序列数据库功能注释AI 基础数据

UniProt — Universal Protein Resource 通用蛋白质资源 | 千方医数集

FASTAXMLRDFUniRef50/90/100蛋白质序列与功能数据库

EMBL-EBI (英国) + SIB (瑞士) + PIR (美国) 三方联盟 23

DepMap / CCLE — 癌症依赖图谱与癌细胞系百科全书 | 千方医数集

癌症基因组学功能基因组学CRISPR 筛选合成致死药物敏感性

DepMap / CCLE — 癌症依赖图谱与癌细胞系百科全书 | 千方医数集

Chronos 分数RNA-seq突变拷贝数2,000+ 癌细胞系（24+ 癌种）

Broad Institute Project Achilles + CCLE, 全球多中心贡献 38

gnomAD — Genome Aggregation Database 基因组聚合数据库 | 千方医数集

基因组学群体遗传学变异解读罕见病精准医学

gnomAD — Genome Aggregation Database 基因组聚合数据库 | 千方医数集

VCFCC0HailGCPAWSAzure约 30TB807,162 名个体（v4.1）

Broad Institute of MIT and Harvard, 60+ 国际研究项目合作 23

BBBC — Broad Bioimage Benchmark Collection 显微图像分析基准集 | 千方医数集

生物图像分析显微成像药物筛选核分割基准数据集

BBBC — Broad Bioimage Benchmark Collection 显微图像分析基准集 | 千方医数集

TIFFPNG荧光明场DICCC0 为主CellProfiler 兼容细胞/显微结构图像

Broad Institute Imaging Platform (Anne Carpenter Lab) 40

CAMELYON16/17 — 乳腺癌淋巴结转移全切片检测基准数据集 | 千方医数集

计算病理学全切片图像乳腺癌淋巴结转移深度学习基准

CAMELYON16/17 — 乳腺癌淋巴结转移全切片检测基准数据集 | 千方医数集

bigTIFF WSIXML 标注CC0AWS 公开数据约 400 名乳腺癌患者 (CAMELYON16) + 200 名人造患者 (CAMELYON17, 5 张/人

荷兰 5 家医学中心 (RUMC, UMCU, CWZ, LPON, RST) 21

CIMA — 结直肠癌免疫微环境 CODEX 高维空间成像数据集 | 千方医数集

空间生物学结直肠癌免疫微环境高维成像CODEX

CIMA — 结直肠癌免疫微环境 CODEX 高维空间成像数据集 | 千方医数集

TIFF 56 通道细胞空间坐标258K 细胞CC BY 4.0约 2TB35 名结直肠癌患者

斯坦福大学 Nolan 实验室 + 伯尔尼大学病理研究所, TCIA 公开归档 49

CytoImageNet — 微观成像领域大规模弱标签预训练数据集 | 千方医数集

生物图像分析迁移学习显微成像预训练数据集药物发现

CytoImageNet — 微观成像领域大规模弱标签预训练数据集 | 千方医数集

显微镜图像PNG 灰度弱标签荧光明场无患者数据，细胞/微生物/显微结构图像

BBBC + IDR + Recursion + Kaggle + CIL 5 大数据库 40 个公开数据集 26

MoNuSeg — 多器官细胞核分割基准数据集 | 千方医数集

计算病理学细胞核分割H&E实例分割多器官基准数据集

MoNuSeg — 多器官细胞核分割基准数据集 | 千方医数集

显微镜图像TIFXML 标注TCGA 来源约 97 MB44 张图像（来自约 44 名独特患者）

TCGA (The Cancer Genome Atlas)，18 家医院多中心 41

ANHIR (自动非刚性组织学图像配准) — 数字病理配准基准数据集 | 千方医数集

数字病理全切片图像挑战赛

ANHIR (自动非刚性组织学图像配准) — 数字病理配准基准数据集 | 千方医数集

355 张全切片图像481 个配准对18 种染色约 50GB 大小多物种 (小鼠/人类)

CTU Prague / grand-challenge.org · https://anhir.grand-challenge.org/ 20

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