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医学影像 AI-Ready 数据集

CT MRI 病理 X光

电子病历与文本数据集

电子病历病历文本

病灶分割与标注数据集

病灶分割数据标注

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图像分类目标检测语义分割

共 1226 个数据集

医学影像手术视频内窥镜影像医学图像分割

AutoLaparo — 腹腔镜子宫切除术三任务数据集

21 台手术视频83,243 帧阶段标注1,800 帧 9 类分割 mask300 个运动 clipsCC-BY-NC-SA 4.0 学术专用21 例（单中心全子宫切除术患者）

21 台全子宫切除术完整视频，83,243 帧逐帧阶段标注，阶段识别/运动预测/器械分割三任务一体

The Chinese University of Hong Kong（香港中文大学） url: http://autolaparo.github.io/ 78

医学影像手术视频内窥镜影像医学图像分割

Endoscapes — 腹腔镜手术安全视野评估基准

201 例手术视频58,813 帧图像11,090 帧 CVS 标注1,933 帧边界框标注493 帧实例分割CC BY-NC-SA 4.0201 例患者（单中心手术视频）

201 例腹腔镜胆囊切除术、58,813 帧手术场景分割与 CVS 评估基准

CAMMA 研究组（IHU Strasbourg） url: https://github.com/CAMMA-public/Endoscapes 84

医学影像手术视频内窥镜影像

JIGSAWS — 手术手势与技能评估

103 段手术试验76 维运动学 @ 30 Hz640×480 立体视频15 类手势标注免费注册获取8 名外科医生受试者（台式模型，无患者数据）

103 段达芬奇手术试验，76 维运动学与手势标注的技能评估金标准

Johns Hopkins University CIRL Laboratory × Intuitive Surgical, Inc. url: https://cirl.lcsr.jhu.edu/research/hmm/datasets/jigsaws_release/ 107

医疗NLP生物医学文献关系抽取命名实体识别知识图谱

BioRED — 生物医学文档级关系抽取黄金标准

600 篇 PubMed 摘要6,503 条人工标注关系20,419 个实体提及6 类实体 8 类关系PubTator 格式免费开放下载不适用（公开文献摘要语料，不含患者级数据）

600 篇 PubMed 摘要、6 类实体、8 类非方向性关系的文档级关系抽取金标准语料

NCBI（NLM/NIH）/ BioRED 语料团队 url: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/bionlp/Tools/BioRED/ 57

医疗NLP命名实体识别生物医学文献

JNLPBA — 五类生物实体 NER 金标准

2,404 篇 MEDLINE 摘要59,963 个实体标注IOB2 格式5 类生物实体CC-BY-3.0 开放下载不适用（公开文献文本语料，不含患者数据）

2,404 篇 MEDLINE 摘要、59,963 个实体标注的五类生物 NER 基准

GENIA 项目（日本国立情报学研究所 NII / 东京大学） url: http://www.geniaproject.org/shared-tasks/bionlp-jnlpba-shared-task-2004 46

医学影像内窥镜影像手术视频

SCARED — 手术场景深度估计数据集

约 280 GB TIFFPNGMP4,9 个数据集（7 训练 + 2 测试）每数据集 4-5 个 keyframes1280×1024 立体视频申请审核获取不适用（猪尸体实验数据，无人类患者）

MICCAI 2019 内窥镜深度估计基准 · 9 个数据集 · 约 280 GB

Intuitive Surgical（MICCAI EndoVis 2019 SCARED 子挑战） url: https://endovissub2019-scared.grand-challenge.org/ 114

医学影像病理图像乳腺癌

ACROBAT — 乳腺癌多染色 WSI 配准

4,212 张 WSI1,153 例患者482 GB 金字塔 TIFFCC-BY 开放下载54,800 个人工 landmark1,153 例女性原发性乳腺癌患者

4,212 张全切片 / 1,153 例乳腺癌，H&E-IHC 多染色配准基准

Karolinska Institutet（瑞典国家数据服务 SND 托管） url: https://researchdata.se/en/catalogue/dataset/2022-190-1 82

医学影像MRI肿瘤学挑战赛数据集目标检测

PI-CAI — 前列腺 MRI 癌症 AI 基准

1,500 例 bpMRI 检查约 27.6GB MHA 压缩包CC BY-NC 4.0 非商业病灶级 AP + 患者级 AUROC1,500 例 MRI 检查（9,129 名患者的完整队列子集）

1,500 例多中心前列腺 bpMRI，csPCa 检测与 PI-RADS 分级基准

Radboud University Medical Center（Diagnostic Image Analysis Group，PI-CAI Consortium） url: https://pi-cai.grand-challenge.org/ 69

医学影像MRI医学图像分割挑战赛数据集心血管疾病

EMIDEC 挑战赛数据集 — 延迟增强心脏 MRI 心肌梗死评估

NIfTI 图像 + NIfTI 标签 + 临床文本（每例 3 个文件）150 例（50 正常100 急性心梗）150 例检查（训练 100 例 67P/33N + 分割测试 50 例 33P/17N；分类赛另有未公开独立测试集）

150 例成人急性心梗 DE-MRI · 心肌/梗死/无复流三区手工标注 · MICCAI 2020 STACOM 分割与分类双赛

勃艮第大学 ImViA 实验室 & 第戎大学医院（University of Burgundy, ImViA Laboratory & University Hospital of Dijon, France） url: https://emidec.com/dataset 49

医学影像病理图像肿瘤学

Munich BMC — 慕尼黑骨髓细胞分类数据集

["171,374 张单细胞图像""945 例患者""21 个形态学类别""6.8GB JPG""CC BY 4.0 开放获取"]945 名患者

最大公开专家标注骨髓细胞图谱 · 17.1 万单细胞 · 945 例患者 · 21 类

name: "The Cancer Imaging Archive (TCIA) / Helmholtz Munich" url: "https://www.cancerimagingarchive.net/collection/bone-marrow-cytomorphology_mll_helmholtz_fraunhofer/" 56

医学影像神经科学病理图像脑影像

BigBrain — 超高分辨率人脑图谱

7,404 张组织学切片20 µm 各向同性 3D 重建原始扫描约 1 TBMINCNIfTI 双格式CC BY-NC-SA 4.0 开放下载1 名捐献者（65 岁男性，7,404 张切片）

7,404 张切片重建的 20 µm 级细胞分辨 3D 人脑参考图谱

Forschungszentrum Jülich（INM-1） & McGill University Montreal Neurological Institute url: https://bigbrainproject.org 45

医学影像医学图像分割挑战赛数据集儿科

HC18 — 胎儿头围超声测量基准

1,334 张 2D 超声999 训练 + 335 测试176.8 MB ZIPCC-BY-4.0 开放下载551 名孕妇

1,334 张胎儿头部标准切面 2D 超声，999 训练 + 335 测试

Radboud University Medical Center url: https://hc18.grand-challenge.org/ 63

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