即取即用的 AI-Ready 医疗数据集库

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医学影像 AI-Ready 数据集

CT MRI 病理 X光

电子病历与文本数据集

电子病历病历文本

病灶分割与标注数据集

病灶分割数据标注

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图像分类目标检测语义分割

共 1224 个数据集

基因组学与多组学转录组测序数据

GENCODE — 人类与小鼠参考基因注释

78,733 个人类基因（v50）644,292 条人类转录本GTFGFF3 + FASTA开放无限制下载每年最多 4 次更新不适用（参考基因组注释，非患者队列）

78,733 个人类基因、644,292 条转录本的参考注释（v50，截至 2026-09）

EMBL-EBI（GENCODE 项目，NIH/NHGRI U41HG007234 资助） url: https://www.gencodegenes.org 277

基因组学与多组学代谢组学转录组

Metabolomics Workbench — 代谢组 NIH 国家存储库

4,570 项公开研究6,125 个分析（2025-10 口径）164,000+ 化合物结构mwTabJSONmzML 格式免费开放获取官方未披露全库累计样本数（5,106 项研究，覆盖人、动物、植物与微生物）

NIH 资助：4,570 项公开代谢组研究与 RefMet 标准命名中枢

UCSD San Diego Supercomputer Center（NIH Common Fund NMDR） url: https://www.metabolomicsworkbench.org/ 109

基因组学与多组学公共卫生与流行病学队列研究

China Kadoorie Biobank — 中国慢性病队列

512,891 名参与者10 地区（5 城 5 乡）随访近 20 年10 万人基因分型申请审核获取中国大陆香港学术免费51.2 万名参与者

全球最大中国人群前瞻队列 · 51.2 万参与者 · 随访近 20 年

牛津大学人口健康系 & 北京大学公共卫生学院 & 中国医学科学院 url: https://www.ckbiobank.org/ 153

电子健康记录医疗NLP医疗登记真实世界数据

AACT — 临床试验注册结构化聚合数据库

601,524 项注册研究2.37 GB PostgreSQL 快照52 张关系表每日增量更新免费注册开放获取601,524 项注册研究（截至 2026-09-03，以研究为单位，非个体患者队列）

60 万+ 项临床试验注册与结局数据的 PostgreSQL 结构化镜像

Clinical Trials Transformation Initiative (CTTI) url: https://aact.ctti-clinicaltrials.org/ 120

医学影像眼科影像医学图像分割

IDRiD — 像素级病灶标注眼底数据集

516 张眼底彩照81 张像素级病灶掩码4288×2848 JPGCC BY 4.0 开放获取2009-2017 采集516 张图像（自数千次检查精选，患者级人数未公开）

516 张眼底彩照，像素级 DR 病灶分割与分级标注

IEEE DataPort（SGGS IE&T Nanded 等） url: https://ieee-dataport.org/open-access/indian-diabetic-retinopathy-image-dataset-idrid 112

内窥镜影像手术视频时序数据

Cholec80 — 腹腔镜胆囊切除术视频数据集

80 例手术视频7 阶段 + 7 器械标注非商业许可需申请获取80 例手术

CAMMA Research Group, University of Strasbourg url: https://camma.unistra.fr/datasets/ 161

药物发现与化学公共卫生与流行病学

MedDRA 监管活动医学词典

27,361 PT91,082 LLT27 个 SOC230 个 SMQ双年发布不适用（术语标准资源；无患者数据）

27,361 首选术语 · 91,082 低层级术语 · 27 个系统器官分类：全球药物警戒的通用语言

https://www.meddra.org 63

医学影像生理信号手术视频内窥镜影像步态与运动肿瘤学

SARAS-ESAD — 内窥镜术者动作检测

53,370 帧手术视频帧46,325 个动作实例21 个动作类别约 13 GB JPG+TXTCC BY-NC-SA 免费下载4 台真实 RARP 手术（前列腺癌患者，获录制与分发同意）

4 台真实 RARP 手术 53,370 帧内窥镜动作检测标注

SARAS 项目（牛津布鲁克斯大学视觉人工智能实验室等） url: https://saras-esad.grand-challenge.org 51

药物发现与化学虚拟筛选肿瘤学

NCI-ALMANAC — 抗癌药联用筛选数据库

104 种 FDA 抗癌药5,232 个药物对60 个 NCI-60 细胞系2,809,671 个剂量组合观测免费公开下载不适用（体外细胞系数据，无人类受试者）

104 种 FDA 抗癌药 × 5,232 药物对 × NCI-60，281 万剂量组合点

美国国家癌症研究所（NCI）Developmental Therapeutics Program（DTP） url: https://dtp.cancer.gov/ncialmanac 65

电子健康记录重症监护时序数据

MIMIC-IV-ED — 急诊科临床数据库

约 0.5GB CSV42.5 万次急诊就诊2011-2019 年数据星型 6 表结构需 CITI 培训Demo 免认证21 万名患者

全球最大公开急诊科 EHR 数据库 · 42.5 万就诊 · MIMIC-IV 官方急诊模块

MIT 计算生理学实验室 & 贝斯以色列女执事医疗中心 url: https://physionet.org/content/mimic-iv-ed/ 130

基因组学与多组学测序数据微生物组队列研究

American Gut Project — 全球最大公民科学微生物组参考库

15,096 个微生物组样本11,336 名参与者16S V4 测序 + 问卷元数据开放获取11,336 名参与者（15,096 个样本，截至 2017-05）

11,336 名公民科学家贡献 15,096 个 16S 样本的开放人类微生物组参考库

UC San Diego Knight Lab / The Microsetta Initiative url: https://microsetta.ucsd.edu/ 52

医疗NLP药物发现与化学知识图谱代谢组学化学信息学

ChEBI — 生物医学化学实体本体

201,471 条实体（release 244）61,961 条全人工整理>439,000 条跨库交叉引用OWLOBOSDFSQL 开放下载CC BY 4.0 免费获取不适用（化学实体本体，非患者数据）

超 20 万条目手工整理化学实体本体，小分子 AI 研究的语义底座

EMBL-EBI（欧洲生物信息学研究所） url: https://www.ebi.ac.uk/chebi/ 75

定制数据集服务

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