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医学影像 AI-Ready 数据集

CT MRI 病理 X光

电子病历与文本数据集

电子病历病历文本

病灶分割与标注数据集

病灶分割数据标注

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共 219 个数据集

放射影像图文多模态报告生成经典基准

OpenI / IU X-ray — 经典胸片-报告图文对数据集 AI-Ready Wikipedia | 千方病案医数集

约 1.3GB PNG约 75GB DICOM7,470 张胸片 + 3,955 份报告CC BY-NC-ND 4.0免申请直接下载2015 年发布后未更新3,955 名患者

首个开放胸片-报告图文对数据集 · 3,955 份报告 · 7,470 张影像

美国国家医学图书馆（NLM/NIH）与印第安纳大学医学院 url: https://openi.nlm.nih.gov/faq 19

重症监护电子健康记录时序数据经典基准

MIMIC-III — 经典重症监护数据库 AI-Ready Wikipedia | 千方病案医数集

约 6.2GB CSV约 48GB PostgreSQL46,520 名患者2001-2012 年数据ICD-9 编码已停更 v1.4需 CITI 培训4.6 万名患者

医疗 AI 领域被引用最多的开放 ICU 数据集 · 4.6 万患者 · 引用 10,000+

MIT 计算生理学实验室 & 贝斯以色列女执事医疗中心 url: https://physionet.org/content/mimiciii/ 14

NLP文本挖掘文献语料库COVID-19传染病信息检索问答系统

CORD-19 — COVID-19 开放研究数据集 AI-Ready Wikipedia | 千方医数集

100万+篇论文索引37万+篇全文约18.7GB（最终版）JSONCSV格式文献语料库，非患者级数据

全球最大COVID-19文献语料库 · 100万+篇论文

Allen Institute for AI url: https://www.semanticscholar.org/cord19 38

开放数据门户公共卫生医保理赔流行病学地理空间数据

HealthData.gov — 美国联邦健康开放数据门户 AI-Ready Wikipedia | 千方医数集

23,000+ 数据集Public Domain 许可REST API 免费覆盖美国 3.3 亿人口

美国HHS开放数据门户 · 23,000+数据集 · 全免费

美国卫生与公众服务部首席数据官办公室（HHS OCDO） url: https://healthdata.gov/ 50

神经影像脑科学数据共享fMRIEEGMEG开放科学BIDS标准

OpenNeuro — 开放神经影像数据共享平台 AI-Ready Wikipedia | 千方医数集

1,763公开数据集·79,748名参与者7模态(MRIEEGMEGPETiEEGNIRSNIH)79,748名参与者（1,763个公开数据集）

BIDS标准化·1,763数据集·7.9万参与者·6模态·CC0公有领域·免费开放

Stanford Center for Reproducible Neuroscience url: https://openneuro.org 42

癌症登记生存分析公共卫生结构化临床数据美国数据

SEER (NCI) — 美国癌症监测流行病学与最终结局数据库 AI-Ready Wikipedia | 千方医数集

约1880万肿瘤记录22个登记区·48%美国人口覆盖1975-2023年·49年纵向追踪约1880万肿瘤记录

22登记区·48%美国人口·1880万肿瘤记录·1975-2023·49年纵向追踪

美国国家癌症研究所 (NCI) Surveillance Research Program url: https://seer.cancer.gov/ 46

脑连接组学多模态神经影像功能连接结构连接图神经网络

Human Connectome Project (HCP) — 多模态脑连接组学影像数据集 AI-Ready Wikipedia | 千方医数集

1,206名健康青年约 76TB 数据量91,282 灰质体3T+7T MRI+MEG1,206名健康青年成人（非患者队列）

1,206名健康青年 · 3T+7T MRI+MEG · CIFTI灰质体 · 91,282灰质体 · ~81TB

WU-Minn-Ox Consortium url: https://www.humanconnectome.org/ 32

临床试验多模态预测建模药物研发结构化表格

TrialBench — 多模态临床试验预测 AI-Ready 数据集 AI-Ready Wikipedia | 千方医数集

480,000+ 试验记录23 个子数据集8 预测任务5 模态特征融合CC BY-NC-ND 许可48 万+临床试验

23数据集 · 8预测任务 · 50万+试验 · 5模态融合 · ClinicalTrials.gov · CC BY-NC-ND

HKUST(GZ) · Nanjing University · Harvard · Stanford · IQVIA url: https://huyjj.github.io/Trialbench/ 55

计算毒理学毒性预测高通量筛选多任务分类分子图神经网络

TOX21 — 计算毒理学高通量筛选基准数据集 AI-Ready Wikipedia | 千方医数集

约 7,831 化合物12 毒性终点约 25MB 下载公共领域许可体外高通量筛选数据集

7,831化合物 · 12毒性终点 · qHTS · 多任务分类 · MoleculeNet标准基准 · 公共领域

NIEHS/NTP · EPA · NIH/NCATS · FDA url: https://tripod.nih.gov/tox21/ 40

药物安全不良反应药物知识库药物重定位

SIDER — 药物副作用资源数据库 AI-Ready Wikipedia | 千方医数集

1430 种药物5868 种副作用约 50MB 总下载TSV 格式药物-副作用关联数据库，无患者级数据

1430药物 · 5868副作用 · 14万药-ADR对 · 全球首个机器可读ADR数据库 · EMBL

EMBL Heidelberg — sideeffects.embl.de url: https://sideeffects.embl.de 55

药物数据库药物-靶点相互作用DDI 预测药物重定位药理学

DrugBank — 药物与药物靶点知识库 AI-Ready Wikipedia | 千方医数集

约 1.2 万药物条目约 141 万药物-药物相互作用约 4900 靶点药物知识库，非患者数据集

1.2万药物 · 140万药物相互作用 · 4900靶点 · 11监管区 · 20年持续运营

University of Alberta & OMx Personal Health Analytics | https://go.drugbank.com 37

NIHNCBI公共领域

PubChem / PCBA — 全球最大化学信息数据库与分子机器学习基准 AI-Ready Wikipedia | 千方医数集

1.19亿化合物2.95亿生物活性167万实验 ·2.95 亿生物

PubChem（NIH）全球最大化学库，含1.19亿化合物、2.95亿活性数据、167万实验；PCBA为其MoleculeNet基准128实验，43.8万化合物

美国国立卫生研究院（NIH）维护的全球最大公开化学信息数据库 74

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