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医学影像 AI-Ready 数据集

CT MRI 病理 X光

电子病历与文本数据集

电子病历病历文本

病灶分割与标注数据集

病灶分割数据标注

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图像分类目标检测语义分割

共 628 个数据集

药物发现与化学分子对接化学信息学

PDBbind — 蛋白-配体结合亲和力数据库

约 4GB（v2020 免费版）23,496 个复合物KdKiIC50 实验值注册免费获取CASF 金标准基准每年更新（v2021+ 商业版）2.3 万+ 复合物

蛋白-配体亲和力金标准数据库 · 2.3 万复合物 · CASF 基准发源地

复旦大学药学院王任小团队（PDBbind-CN / PDBbind+） url: http://www.pdbbind.org.cn/ 192

电子健康记录基因组学与多组学GWAS医疗登记队列研究

FinnGen — 芬兰全国基因组与健康队列

519,972 名参与者21,311,644 个插补变异2,755 个公开疾病终点汇总统计免费下载519,972 名参与者（R13 总基因型个体，截至 2026-09）

52 万芬兰生物银行个体的基因组-全国登记联动队列 · 2,755 个疾病终点 GWAS

FinnGen（芬兰生物银行公私合作伙伴项目，THL / 赫尔辛基大学 FIMM / Broad Institute） url: https://www.finngen.fi/en 78

电子健康记录重症监护临床电子病历

MIMIC-BR — 巴西 ICU 匿名化 OMOP 临床数据库

约 2.88 万名成人患者11 张 OMOP-CDM 核心表约 408 万行结构化记录CSV + ATHENA 词汇表免费申请审核获取2.88 万名成人患者（28,799）

2.88 万名成人患者、3.42 万次住院的巴西首个公开 ICU 匿名化 EHR 数据库

Hospital Israelita Albert Einstein（PhysioNet 托管） url: https://physionet.org/content/mimic-br/1.0.1/ 100

医学影像公共卫生与流行病学全球健康医学图像分割目标检测眼科影像

E-ophtha — 眼底微动脉瘤与硬性渗出病灶级标注

463 张眼底彩照1,306 个微动脉瘤实例2,278 个渗出实例四种分辨率 JPEG+PNG 掩码免费申请获取463 次检查就诊（同一患者可多次就诊，独立患者数未公开）

463 张眼底彩照，微动脉瘤与硬性渗出像素级标注的远程筛查病灶金标准库

TeleOphta 联盟（OPHDIAT 网络 / MINES ParisTech / ADCIS） url: https://www.adcis.net/en/third-party/e-ophtha/ 78

医学影像医学问答与基准皮肤影像皮肤癌评测基准

DDI — 多样皮肤图像跨肤色公平性基准

656 张临床照片570 名患者78 种病理确认诊断PNG + CSV 元数据注册后免费获取570 名独特患者（656 张图像、78 种诊断）

656 张病理确认照片，78 种诊断，Fitzpatrick 全谱

Stanford Center for Artificial Intelligence in Medicine & Imaging（AIMI） url: https://aimi.stanford.edu/datasets/ddi-diverse-dermatology-images 58

电子健康记录药物发现与化学临床电子病历真实世界数据药物安全重症监护

THIN — 英国初级保健 EHR 数据库

约 1,970 万累计患者850+ 全科诊所5 张核心数据表Read code 层级编码申请审核 + 商业许可1994 年起纵向记录累计约 1,970 万患者（现役约 290 万）

覆盖约 6% 英国人口的 1,970 万人初级保健电子病历库

IQVIA（The Health Improvement Network / IQVIA Medical Research Data） url: https://www.the-health-improvement-network.com/ 60

药物发现与化学电子健康记录药物安全真实世界数据评测基准

TWOSIDES — 药物相互作用副作用权威数据集

4,651,131 药物对-副作用关联63,473 个药物组合645 种药物1,301 种 MedDRA 副作用CSV 开放下载不适用（FAERS 自发报告聚合数据；覆盖 645 种药物）

645 药物 × 63,473 药物对，465 万药物对-副作用关联

Tatonetti Lab（斯坦福大学，后哥伦比亚大学，现 Cedars-Sinai） url: http://tatonettilab.org/resources/tatonetti-stm.html 87

药物发现与化学电子健康记录药物安全疾病监测真实世界数据

FAERS — 全球最大自发药物警戒库

FDA 公开免费下载季度非累计 ASCIIXMLMedDRA 编码七表 PRIMARYID 关联含重复报告需去重去标识化公开数千万条报告（含重复，FDA 仪表盘 2026-03 约 3,282 万条）

FDA 不良事件自发报告系统 · 累计报告 3,000 万+ · 公开免费

U.S. Food and Drug Administration (FDA) url: https://fis.fda.gov/extensions/FPD-QDE-FAERS/FPD-QDE-FAERS.html 60

医学影像医学图像分割图像分类病理图像眼科影像

PALM — 病理性近视眼底多任务分割

1,200 张眼底彩照400/400/400 官方划分4 项任务多标签研究用途注册获取720 名受试者 / 1,200 只左眼眼底照

1,200 张眼底照 · 病理性近视分类＋病灶/视盘分割＋中央凹定位

iChallenge / Zhongshan Ophthalmic Center & Baidu（IEEE DataPort / FigShare 存档） url: https://palm.grand-challenge.org 86

基因组学与多组学测序数据转录组

FANTOM5 — 哺乳动物转录调控元件图谱

2,832 个 CAGE 样本201,802 个人类 CAGE 峰65,423 个增强子CC BY 4.0 开放获取核心表达表 4.1 GB2,832 个样本（1,816 人 + 1,016 小鼠，phase 1+2）

975 人类样本启动子图谱 + 43,011 增强子，CAGE 单碱基分辨率转录调控参考

FANTOM Consortium / RIKEN Center for Integrative Medical Sciences url: https://fantom.gsc.riken.jp/5/ 69

生理信号电子健康记录重症监护临床电子病历

MC-MED — 斯坦福急诊多模态监护基准

118,385 次急诊就诊70,545 名患者83,623 次就诊含波形7 张主表约 5,800 万行CSV + WFDB 格式7.05 万名患者 / 11.84 万次急诊就诊

118,385 次急诊就诊的 EHR、生命体征与波形多模态基准

斯坦福大学医学院（Stanford Health Care / STARR）与 Nightingale Open Science、PhysioNet 联合托管 url: https://physionet.org/content/mc-med/1.0.1/ 54

生理信号电子健康记录可穿戴传感心电信号重症监护

PulseDB — 无袖带血压估计基准波形库

约 5,245,454 段 10 秒波形5,361 名受试者约 213.4 GB 压缩包MAT v7.3 格式官方 Calib 与 CalibFree 划分5,361 名受试者（MIMIC-III 2,423 + VitalDB 2,938）

5,361 名受试者、524 万段 PPG/ECG/ABP 配对波形的血压估计基准库

Rutgers University Integrated Systems and NeuroImaging Laboratory（PulseDB 官方仓库） url: https://github.com/pulselabteam/PulseDB 84

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